用于克隆及分子标记分析的甘蔗高质量基因组DNA提取方法

熊发前; 刘菁; 罗丽; 丘立杭; 刘丽敏; 吴建明; 刘红坚; 刘欣; 卢曼曼; 何毅波; 李松; 《分子植物育种 》 2019 北大核心 CSCD

摘要：甘蔗是世界上重要的糖料作物,其遗传背景复杂,基因组庞大复杂。但基因组测序尚未完成,严重制约了甘蔗分子生物学研究进展。为构建成熟完善的甘蔗高质量基因组DNA提取方法,本研究采用四种改良CTAB法提取甘蔗基因组DNA,先通过紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检测提取所得甘蔗基因组DNA的质量,再使用8对转座子保守区同源克隆扩增引物和8种基于单引物扩增反应的分子标记技术的78条单引物对提取的甘蔗基因组DNA的质量进行扩增验证。结果表明:(1)结合甘蔗基因组DNA的质量数据以及甘蔗转座子保守区同源克隆扩增和分子标记技术研究的验证结果来看,四种改良CTAB法的DNA提取效果表现依次为:方法三>方法四>方法二>方法一。但方法三和方法四均使用到强腐蚀性的平衡酚而不安全环保,而方法二和方法一则分别使用了二次和一次氯仿抽提,根据样品的实际状态,本研究认为后两者中的一种可作为甘蔗基因组DNA的最佳提取方法;(2)建立了甘蔗6类转座子保守区同源克隆和8种基于单引物扩增反应的分子标记技术的扩增体系。本研究为以后开展甘蔗转座子的克隆鉴定利用和分子标记研究提供了帮助。

关键词： 甘蔗 同源克隆 分子标记技术 基因组DNA 转座子