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资源类型

中文期刊 (2 )

收录级别

CSCD (1)
北大核心(1)

年份

2025 (1)
2024 (1)

期刊名称

西南农业学报 (1)

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作者

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机构

广西农业科学院生物技术研究所 (2)

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资源类型: 中文期刊

关键词:基因家族(模糊匹配)

共2条记录

赤苍藤WRI1基因家族的全基因组鉴定及表达模式分析

黄诗宇; 田姗姗; 杨天为; 高曼熔; 张尚文; 2025

摘要：目的鉴定赤苍藤WRI1转录因子，为进一步探究WRI1在油脂合成中的作用提供基础。方法基于赤苍藤全基因组数据利用生物信息学方法，鉴定赤苍藤中的WRI1转录因子，基于转录组数据分析WRI1在赤苍藤不同组织中的表达模式。结果在赤苍藤鉴定出17个含有2个AP2保守结构域的WRI1蛋白（EsWRI1-1-EsWRI1-17），氨基酸数为359-776，平均分子量为56 kD，多为偏酸性不稳定亲水性蛋白。亚细胞定位显示其多位于细胞核，17个EsWRI1s成员不均匀分布在8条染色体上；蛋白序列系统发育分析结果将17个WRI1蛋白分为9个亚家族（Grooup1-Group9），其中Group3成员与拟南芥、大豆亲缘关系较近，EsWRI1-10与拟南芥亲缘关系最近。EsWRI1s基因家族启动子分析显示，含有较多的生物与非生物胁迫、植物激素响应及植物生长发育相关的基序，其中生长发育相关的元件最多。基因表达模式分析显示，EsWRI1-10、EsWRI1-14、EsWRI1-16基因在未成熟种仁中的表达量高于其他组织，其中EsWRI1-10基因在赤苍藤种仁形成中发挥主要作用；EsWRI1-11、EsWRI1-17、EsWRI1-7在赤苍藤的不同组织中均有较高表达。RT-qPCR验证与转录组数据一致。结论共鉴定出17个WRI1基因，编码蛋白均具有良好的热稳定性和亲水性且预测主要定位于细胞核；EsWRI1s基因家族与拟南芥、大豆、蒜头果WRI1都具有较高的同源性；特定基因在未成熟种仁特异性表达，暗示其对种仁生长发育有重要作用，可能在赤苍藤油脂合成中发挥着关键作用。

关键词：赤苍藤 WRI1转录因子 基因家族 油脂药食同源植物油酸表达模式分析

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请求原文

赤苍藤WRKY基因家族的全基因组鉴定及表达模式分析

黄诗宇; 杨天为; 张向军; 田姗姗; 高曼熔; 李婷; 石前; 张尚文; 《西南农业学报》 2024 北大核心 CSCD

摘要：[目的]探究赤苍藤WRKY转录因子在不同组织及其生长发育过程中的功能作用,为深入解析赤苍藤生长发育的分子调控机制提供理论依据.[方法]利用生物信息学方法对赤苍藤WRKY基因家族进行全基因组鉴定,分析赤苍藤WRKY基因家族成员的结构和功能,并通过转录组测序分析WRKYs基因在不同组织的表达模式.[结果]共鉴定66个EsWRKYs基因,在11条染色体中均有分布,亚细胞定位预测有62个EsWRKY蛋白定位在细胞核,系统发育分析将赤苍藤WRKY蛋白家族成员分为三大类(Ⅰ~Ⅲ),分别有18、44和4个成员,其中Ⅱ类可分为5个亚类(Ⅱa~Ⅱe),分别有3、7、18、8和8个成员,66个EsWRKYs基因的外显子有2~11个,保守基序分析结果显示Motif1和Motif3包含WRKY结构域,Motif1是EsWRKYs蛋白最主要的保守基序,Es-WRKYs基因家族成员启动子区有与生长发育、逆境响应、激素响应等相关的19种顺式作用元件.表达模式分析显示EsWRKY14、EsWRKY22、EsWRKY29、EsWRKY30、EsWRKY47和EsWRKY61可能参与赤苍藤茎叶的生长发育过程,多数EsWRKYs基因在种仁发育过程中显著下调,表明这些EsWRKYs基因可能在种仁发育前期发挥主要作用.[结论]66个赤苍藤WRKY基因家族成员的理化性质具有较大差异,均具有WRKY保守结构域,EsWRKYs基因在不同组织中表达模式不同,在生长发育、逆境胁迫及次生代谢过程等方面可能发挥重要作用.

关键词：赤苍藤 WRKY转录因子 基因家族 生物信息学分析表达模式分析