水稻ARAB-1类似基因的电子克隆及生物信息学分析

刘卫东; 李冬波; 《安徽农业科学 》 2015

摘要：[目的]对水稻Os ARAB-1基因进行电子克隆,并对其进行生物信息学分析。[方法]以NP 174188.1为查询探针,通过电子克隆获得Os ARAB-1基因全长c DNA,用生物信息学软件对其核苷酸序列和蛋白质序列进行生物信息学分析。[结果]获得了Os ARAB-1基因全长c DNA,基因编码区序列(CDS)全长1 086 bp。电子定位于第五染色体基因组序列NC 008398.2核苷酸序列6 769 813~6 773 213 bp区域。Os ARAB-1蛋白属于亲水性的胞外蛋白,比较稳定,偏碱性。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主。具有2个功能结构域:SGNH水解酶型酯酶、GDSL脂肪酶。有21个磷酸化位点、7个糖基化位点。推定的活性位点的氨基酸残基为Ser34、Gly107、Asn167、Asp333、His336。与玉米酯酶亚型B4FM12亲缘关系最近。Os ARAB-1基因的表达对水稻的发育和形态发生起重要作用,与水稻抗稻瘟病有关。[结论]该研究为用试验方法克隆该基因和功能鉴定奠定了基础。

关键词： 水稻 脂肪酶 生物信息学 氨基酸序列 Os ARAB-1基因