科研产出
热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小及Survey测序分析
《南方农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征，为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2～3 cm长的幼嫩根尖和3～5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料，以已知基因组大小的玉米为内参植物，采用流式细胞术检测并估算保罗蓝睡莲的基因组大小，并与已公开发表的二倍体睡莲蓝星进行比较，初步判断保罗蓝睡莲的染色体倍型。采用荧光原位杂交法分析保罗蓝睡莲染色体数目、长度等，并结合基于K-mer分析的全基因组Survey测序和生物信息学方法，进一步明确保罗蓝睡莲基因组大小、倍性、杂合率、重复率等信息。【结果】流式细胞术估算保罗蓝睡莲基因组大小为0.82 Gb，对比二倍体蓝星睡莲基因组，可初步判断出其为四倍体。利用基因组DAPI荧光染色及荧光原位杂交进一步证明保罗蓝睡莲基因组为四倍体，具有56条染色体，长度为0.45～1.50μm，核型公式为2n=4x=56。利用BGI测序平台对保罗蓝睡莲进行Survey测序分析，获得原始序列615552560条，有效碱基共92.33 Gb，其中GC含量为39.45%,Q20为97.08%,Q30为91.97%；有效序列（Cleanreads）615552500条，有效碱基共89.17Gb，其中Cleanreads中GC含量为39.00%,Q20为97.11%,Q30为92.05%。Survey总测序深度为106.9X，通过K-mer(K=19)分析修正后的保罗蓝睡莲基因组大小为834.12Mb，杂合率为1.95%，重复率为68.48%。Smudgeplot分析结果也表明保罗蓝睡莲为四倍体，其中以四倍体AAAB出现的频率最高，为0.43。【结论】保罗蓝睡莲基因组属于高杂合高重复的复杂四倍体基因组，推测其基因组结构为AAAB，具有3套同源单倍型基因组，组装难度较高。
关键词： 保罗蓝睡莲 流式细胞术 荧光原位杂交 Survey测序 K-mer分析
全文链接
请求原文
山金柑四倍体资源的发掘与鉴定
《园艺学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：在山金柑自然群体中通过流式细胞术发掘到1株四倍体植株,对其叶片、花朵、花粉、果实、种子等性状进行鉴定,并利用该材料自交创制新的四倍体材料。鉴定结果表明:四倍体相对于二倍体,叶片更宽、更厚、叶形指数变小,叶片气孔密度变小、气孔器更大;四倍体的花直径、整花长度、花瓣长度、花丝长度、雌蕊长度、花粉粒均极显著大于二倍体,花粉外壁纹饰密度极显著小于二倍体;四倍体的果形指数变大,果皮厚度增大,色泽指数无显著差异;四倍体种子横径与二倍体无显著差异,纵径极显著大于二倍体;其种子胚类型为多胚。四倍体山金柑自交后代均为四倍体,可作为柑橘育种和基础研究的资源。
全文链接
请求原文
同源四倍体黑皮冬瓜的诱导与倍性鉴定
《华南农业大学学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探索高效的同源四倍体黑皮冬瓜Benincasa hispida诱变方法组合和寻求简便、快速、大通量、准确的倍性鉴定方法。【方法】以二倍体自交系幼苗为材料,利用不同浓度的秋水仙素和Oryzalin在06:00—07:00、12:00—13:00、17:00—18:00共3个时间段"剥滴"处理幼苗生长点来诱变产生同源四倍体黑皮冬瓜,利用植株形态学、细胞学及流式细胞术鉴定法与根尖染色体计数鉴定法对变异株进行倍性鉴定。【结果】不同浓度的秋水仙素和Oryzalin在不同时间段处理幼苗,均有一定的诱变效果,但秋水仙素的诱变率整体高于Oryzalin处理,且以2 g·L~(-1)的秋水仙素在06:00—07:00处理的诱变率最高,达32.18%;集成植株形态学、细胞学及流式细胞术鉴定的结果与根尖染色体计数法倍性鉴定的结果一致。【结论】2 g·L~(-1)的秋水仙素在06:00—07:00"剥滴"处理为最高效的诱变组合方法;集成植株形态学、细胞学及流式细胞术鉴定方法能简便、快速、大通量、准确地进行倍性鉴定。
全文链接
请求原文
首页上一页1下一页尾页
