科研产出
百香果(Passiflora edulis)R2R3-MYB基因家族的结构和功能分析
《果树学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：[目的]探究R2R3-MYB转录因子在代谢、发育等多种生物学过程中发挥的调控作用.对百香果R2R3-MYB基因家族进行表达分析并探究其在花果发育过程中的调控机制,对深入研究R2R3-MYB转录因子在百香果中的生物学作用中具有重要意义.[方法]基于百香果全基因组数据,通过HMM搜索对R2R3-MYB家族成员进行筛选鉴定,并利用实时荧光定量PCR分析其在百香果花不同组织中的表达模式.[结果]从百香果基因组中鉴定出99个R2R3-MYB基因,根据系统进化分析将其分为36个亚组.99个R2R3-PeMYB基因随机分布在9条百香果染色体上.基序和基因结构分析表明,R2R3-PeMYB在同一亚组中具有相对保守的结构特征.共线性分析表明,片段复制事件促进了百香果R2R3-MYB家族的扩张.基于转录组数据和qRT-PCR分析,发现R2R3-PeMYB基因在百香果花的不同组织的不同发育阶段中表现出差异的表达模式,说明R2R3-PeMYB基因在花不同组织和果实的发育过程中发挥重要作用,尤其是PeMYB62和PeMYB63在百香果果皮转色期的高表达,说明其可能参与百香果花青素的合成.同时8个R2R3-PeMYB基因在非生物胁迫(冷、热、盐和渗透压)下也表现出不同的反应,说明R2R3-PeMYB基因还受到非生物胁迫的诱导.[结论]鉴定了99个R2R3-PeMYB基因家族成员,发现其在百香果花果发育和胁迫诱导方面发挥重要作用,为今后研究百香果R2R3-MYB基因在花果发育中的功能和进化提供了有价值的线索.
关键词： 百香果 R2R3-MYB转录因子 系统发育分析 花果发育
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濒危植物秀丽兜兰叶绿体基因组特征与系统发育分析
《热带作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：秀丽兜兰(Paphiopedilum venustum)具有较高的观赏价值和保护生物学价值,野外资源濒临灭绝,叶绿体基因组(cpDNA)具有基因组小、结构稳定、高度的保守性等优点被广泛用于植物系统发育和物种鉴定,了解秀丽兜兰的叶绿体基因组结构,对揭示兜兰属植物的系统进化关系具有重要意义.本研究通过二代高通量测序技术获得秀丽兜兰叶绿体全基因组序列,利用 GeSeq、blast 和 hmmer 软件对叶绿体基因组进行注释,采用 MISA、CodonW、fasttree等生物信息学软件对其基因组结构、基因数目、序列重复、密码子偏好性和系统发育进行分析.结果表明:秀丽兜兰叶绿体基因组结构保守,具有典型的环状四分体结构,一对反向重复区(IRs)将大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)分开,全长 158 298 bp,GC含量为 35.4%,共注释得到 129 个基因,包括 79 个蛋白编码基因,38 个tRNA基因、8 个rRNA基因和 4 个假基因;检测到 78 个SSR位点,以单核苷酸重复和二核苷酸重复为主,分别占 84.62%和 10.26%,无五核苷酸重复,并且大多由A或T构成;确定了高频密码子 32 个,90.6%都以A或U结尾,编码亮氨酸(Leu)的密码子使用频率最高,而编码半胱氨酸(Cys)的密码子使用频率最低.通过比较 18 个兰科植物叶绿体基因组,构建系统进化树发现,紫花杓兰和西藏杓兰 2 个杓兰属植物被单独聚成一支,兜兰属被分成两大类,其中秀丽兜兰(P.venustum)与同属的紫纹兜兰(P.purpuratum)亲缘关系密切.本研究筛选出的 SSR 和核苷酸多态性能够作为兜兰属植物种质鉴定和遗传多样性的分子标记,可为珍稀濒危植物秀丽兜兰及其近缘种的种质鉴定、系统发育等提供理论依据,为兜兰属植物种群恢复、生物多样性保护、创新利用及新品种选育奠定基础.
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中国榕属榕亚属植物的系统发育初探
《广西植物 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：对分布于中国的榕亚属植物的15个种和2个变种(分别代表榕亚属的3个组)的nrDNA的ITS序列和系统发育关系进行分析。结果表明,榕亚属是非单系起源,其中榕组构成了一个独立的单系群,与无花果亚属有较近的亲缘关系,而与榕亚属其它组间并未表现出近缘关系。榕亚属的其它5个组构成一单系群并得到中度的支持率。来自中国的种类分别聚在相应的组内。但环纹榕组被分成2个单支,其中来自中国的大叶水榕(F.glaberrima)和环纹榕(F.annulata)构成一个分支,二者表现较近的亲缘关系。榕亚属的亚洲特有组印度榕组在ITS树中聚在环纹榕组的另一个分支中,但它与此组其它种的亲缘关系并不清楚。
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