科研产出
潮汕地区柑桔黄龙病菌及虫媒柑桔木虱的发生与种群研究
《中国南方果树 》 2022 北大核心
摘要：2020年8—12月，在柑桔黄龙病（Citrus Huanglongbing）及柑桔木虱起源地之一的潮汕地区，选择3种防控水平（有针对虫媒管理、无针对虫媒管理和无管理）蕉柑果园，调查对比植株黄龙病发病率，柑桔木虱发生量、种群类型、带菌率和阳性样品带菌量，黄龙病菌16S rDNA和前噬菌体序列。结果表明，有针对虫媒管理的果园，植株发病率最低，病级为轻度，仅见柑桔木虱成虫，且数量最低、不带黄龙病菌；无针对虫媒管理的果园，植株发病率显著提高，病级为轻度、中度或重度，柑桔木虱卵和若虫的数量及总虫数均最多，带菌率和带菌量均较低；无管理果园，植株发病率最高，病级主要为重度，柑桔木虱成虫数量最多，带菌率和带菌量均最高。3种防控水平果园的发病植株叶片和带菌柑桔木虱样品均携带黄龙病菌亚洲种Type 2原噬菌体类型，柑桔木虱均属于单一种群。
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普通野生稻线粒体蛋白质编码基因密码子使用偏好性的分析
《植物科学学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：以普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)线粒体基因组为对象,分析其蛋白质编码基因的密码子使用特征及与亚洲栽培稻(O. sativa L.)的差异,探讨其密码子偏性形成的影响因素和进化过程。结果显示:普通野生稻线粒体基因组编码序列第1、第2和第3位碱基的GC含量依次为49.18%、42.67%和40.86%;有效密码子数(Nc)分布于45.32～61.00之间,其密码子偏性较弱; Nc值仅与GC_3呈显著相关,密码子第3位的碱基组成对密码子偏性影响较大;第1向量轴上显示9.91%的差异,其与GC_(3s)、Nc、密码子偏好指数(CBI)和最优密码子使用频率(Fop)的相关性均达到显著水平;而GC_3和GC_(12)的相关性未达到显著水平。因此,普通野生稻线粒体基因组密码子的使用偏性主要受自然选择压力影响而形成。本研究确定了21个普通野生稻线粒体基因组的最优密码子,大多以A或T结尾,与叶绿体密码子具有趋同进化,但是与核基因组具有不同的偏好性。同义密码子相对使用度(RSCU)、PR2偏倚分析和中性绘图分析显示,普通野生稻线粒体基因功能和其密码子使用密切相关,且线粒体密码子使用在普通野生稻、粳稻(O. sativa L. subsp. japonica Kato)和籼稻(O. sativa L. subsp.indica Kato)内具有同质性。
关键词： 普通野生稻 线粒体基因组 密码子偏好性 最优密码子
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基于线粒体基因片段核苷酸多态性的亚洲栽培稻起源进化研究
《植物遗传资源学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：亚洲栽培稻的祖先是普通野生稻,已成为世界公认的观点,然而亚洲栽培稻的2个亚种:粳稻和籼稻是一次起源还是二次起源仍存在很大争议,其起源地是国内还是国外依然是国际学者间争论的焦点。本文通过对184份亚洲栽培稻和203份普通野生稻3段基因序列cox3、cox1、orf 224和2段基因间序列ssv-39/178、rps2-trnfM的多样性研究,验证了以下观点:1)粳稻起源于中国,籼稻起源于中国和国外;2)亚洲栽培稻的起源为二次起源,即普通野生稻存在偏籼和偏粳2种类型,亚洲栽培稻的2个亚种籼稻和粳稻在进化过程中分别由偏籼型的普通野生稻和偏粳型的普通野生稻进化而来。
mtDNA COI和ND5基因用于鉴别常见嗜尸性蝇类
《中国法医学杂志 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：目的对蝇类mtDNA 523bp COI和347bp ND5基因片段进行序列分析,评价其在以嗜尸性蝇类种属鉴定中应用的可行性。方法从广州(广东省)、湛江(广东省)、韶关(广东省)、沈丘(河南省)及蜂蛹寨(四川省)采集7种嗜尸性蝇类标本,进行形态学种属鉴定,取其腹部肌肉提取DNA,利用基因特异性引物对线粒体COI、ND5基因进行PCR扩增,产物经纯化后进行测序,MEGA 3.0软件对DNA序列进行碱基组成、进化分歧率和系统发育分析。结果进化分歧率ND5基因种内小于1.83%,种间大于2.62%;种间与种内进化分歧率范围间没有交叉;COI基因种间在0.48%～14.8%之间,种内在0.24%～8.3%之间,种内进化分歧范围与种间进化分歧范围存在交叉。结论 ND5基因片段可在种水平有效鉴别常见嗜尸性蝇类,也可鉴别近缘种。而单独运用COI基因不能有效进行种属鉴定。
关键词： 法医昆虫学 嗜尸性蝇类 种属鉴定 mtDNA ND5 COI
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