芜菁花叶病毒广西大化菜心分离物全基因组序列特征分析

莫翠萍¹; 陈锦清¹; 李祐聪^1,2; 谢慧婷¹; 秦碧霞¹; 崔丽贤¹; 李飞飞³; 汤亚飞⁴; 蔡健和¹; 李战彪¹; 《植物保护 》 2025 北大核心 CSCD

摘要：为明确引起广西大化菜心表现花叶斑驳症状的病毒病原，从广西大化采集4个表现典型症状的菜心样品，采用反转录-聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR)、DNA分段克隆、cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends, RACE)和遗传进化树构建等方法对样品进行了检测鉴定、全基因组序列克隆和遗传进化分析。结果显示，利用马铃薯Y病毒属通用简并引物从4个菜心样品中均能扩增出目的片段，将所得PCR产物克隆并测序，所得序列与NCBI中报道的芜菁花叶病毒(turnip mosaic virus, TuMV)分离物具有较高的核苷酸相似性，结果初步证实所采集的菜心样品感染了TuMV;利用7对特异引物和5′/3′RACE引物对TuMV广西菜心分离物的全基因序列进行分段克隆、测序，最终获得一条大小为9 834 nt的全长基因组序列。BLAST分析发现，该序列与TuMV其他分离物的基因组序列一致性为77.84%～96.06%,其中与中国云南安宁分离物TuMV＿CHN229(登录号：LC537500.1)的一致性最高(96.06%),依据上述结果将该分离物命名为TuMV＿GXdh1(GenBank登录号：PP079014)。遗传进化分析结果显示，TuMV＿GXdh1与中国北京、山东、广东、台湾等分离物以及美国、日本等14个分离物聚集在一个大分支上，分属于world-B组，其中与中国云南安宁分离物和浙江杭州分离物(TuMV＿CHZH33A,GenBank登录号：LC537526.1)聚集在一个小分支，亲缘关系最近。综上，本研究首次获得TuMV广西分离物的全基因序列，并对其遗传进化等进行了分析。

关键词： 广西 菜心 芜菁花叶病毒 全基因组序列 world-B组