科研产出
热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小及Survey测序分析
《南方农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征，为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2～3 cm长的幼嫩根尖和3～5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料，以已知基因组大小的玉米为内参植物，采用流式细胞术检测并估算保罗蓝睡莲的基因组大小，并与已公开发表的二倍体睡莲蓝星进行比较，初步判断保罗蓝睡莲的染色体倍型。采用荧光原位杂交法分析保罗蓝睡莲染色体数目、长度等，并结合基于K-mer分析的全基因组Survey测序和生物信息学方法，进一步明确保罗蓝睡莲基因组大小、倍性、杂合率、重复率等信息。【结果】流式细胞术估算保罗蓝睡莲基因组大小为0.82 Gb，对比二倍体蓝星睡莲基因组，可初步判断出其为四倍体。利用基因组DAPI荧光染色及荧光原位杂交进一步证明保罗蓝睡莲基因组为四倍体，具有56条染色体，长度为0.45～1.50μm，核型公式为2n=4x=56。利用BGI测序平台对保罗蓝睡莲进行Survey测序分析，获得原始序列615552560条，有效碱基共92.33 Gb，其中GC含量为39.45%,Q20为97.08%,Q30为91.97%；有效序列（Cleanreads）615552500条，有效碱基共89.17Gb，其中Cleanreads中GC含量为39.00%,Q20为97.11%,Q30为92.05%。Survey总测序深度为106.9X，通过K-mer(K=19)分析修正后的保罗蓝睡莲基因组大小为834.12Mb，杂合率为1.95%，重复率为68.48%。Smudgeplot分析结果也表明保罗蓝睡莲为四倍体，其中以四倍体AAAB出现的频率最高，为0.43。【结论】保罗蓝睡莲基因组属于高杂合高重复的复杂四倍体基因组，推测其基因组结构为AAAB，具有3套同源单倍型基因组，组装难度较高。
关键词： 保罗蓝睡莲 流式细胞术 荧光原位杂交 Survey测序 K-mer分析
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玉米和类玉米杂交后代异染色质纽重复序列的遗传稳定性
《南方农业学报 》 2013 CSCD
摘要：【目的】探究异染色质纽在玉米、类玉米及其杂种后代染色体上分布的特点及遗传稳定性。【方法】利用组成玉米异染色质纽的180-bp重复序列和TR-1元件对二倍体多年生类玉米(Zea diploperennis,DP)、玉米自交系330及其远缘杂交后代异源种质纯系540的有丝分裂中期染色体进行荧光原位杂交,观察杂交信号在3个材料染色体上的位置、强弱及分布数量。【结果】玉米自交系330的第2、3、5、6、7号染色体长臂的近末端区显示较强杂交信号。DP的第2、3、5、6、7、8、9号染色体的长臂末端检测出异染色质纽,其中2号染色体在短臂的末端也检测到异染色质纽杂交信号。杂交后代540的第2、5、7染色体长臂近末端区检测到较强的杂交信号;3个材料的第6染色体短臂末端的随体上均显示强杂交信号。【结论】玉米大部分异染色质纽成分不能稳定遗传,其表现出来的多态性可以作为鉴定玉米和类玉米杂种后代的细胞学标记。
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一种新的六倍体细胞类型水生薏苡的细胞遗传学鉴定
《植物学报 》 2004 CSCD
摘要：通过醋酸洋红压片和荧光原位杂交技术(包括基因组原位杂交技术),确定在我国广西西南部地区广泛分布着的水生薏苡(COIX AQUATICA ROXB.)属于一种新的六倍体细胞类型.这种水生薏苡与已报道的几种水生薏苡细胞类型的染色体数目均不相同,它的染色体数目是2N=30,在减数分裂前期Ⅰ和中期Ⅰ的细胞中形成10个二价体和10个单价体.基因组原位杂交结果表明,这种水生薏苡的20条染色体与四倍体的薏苡(C.LACRYMA-JOBI,2N＝20)的基因组DNA是高度同源的.45S和5S RDNA分别杂交到这种水生薏苡的两条染色体上,其中各有一条染色体与薏苡中携带45S和5S RDNA杂交信号的染色体具有相同的形状和信号的分布状态.据此推测:四倍体的薏苡可能是这种新的水生薏苡细胞类型的一个亲本,它的另一个亲本可能是八倍体的水生薏苡(C.AQUATICA,2N＝40),因为这种八倍体的水生薏苡在核型、植株形态及生长环境等方面与新的六倍体细胞类型的水生薏苡相似.
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