科研产出
睡莲品种保罗蓝花器官不同部位的转录组测序分析
《植物遗传资源学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为探究热带睡莲花器官不同部位的花香代谢通路及参与萜类香气物质生物合成的差异表达基因,本研究借助转录组测序技术,以热带睡莲品种保罗蓝为研究对象,对其花器官的花瓣(PE,petal)、雄蕊(ST,stamen)和雌蕊(PI,pistil)3个部位进行转录组测序分析.差异表达基因分析结果显示,花瓣相对于雌蕊(PE-vs-PI)、雄蕊相对于雌蕊(ST-vs-PI)和雄蕊相对于花瓣(ST-vs-PE)的差异表达基因数目分别为7853个、7501个和2526个.GO分类和富集分析显示,3个比较组的差异表达基因主要参与了生物调节、细胞过程、代谢过程和刺激应答的生物学过程;KEGG分类和富集分析显示,PE-vs-PI的差异表达基因显著富集的KEGG通路最多,其次为ST-vs-PI,ST-vs-PE最少.从3个比较组共有的794个差异表达基因中筛选出98个参与萜类物质代谢差异表达基因,富集于4条萜类物质合成通路,且PE-vs-PI和ST-vs-PI的差异表达基因数目均高于ST-vs-PE.已知的金合欢醛和二萜贝壳杉烯合成关键基因HMGR和DXS在花瓣和雄蕊的表达量均高于雌蕊.从98个差异表达基因中随机选取了 6个基因进行qRT-PCR验证,基因表达变化趋势与转录组测序一致.研究结果为热带睡莲萜类香气物质生物合成分子机制研究提供了科学参考.
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番茄响应南方根结线虫侵染相关转录因子的初步分析
《华中农业大学学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为明确番茄接种根结线虫后基因种类和表达量在转录水平的变化规律,利用RNA-seq对未接种及接种南方根结线虫2龄幼虫6、12、24和48 h的番茄进行转录组测序,探究番茄响应南方根结线虫侵染相关的关键转录因子,并采用qRT-PCR方法对测序结果进行验证.结果显示,接种南方根结线虫后6、12、24和48 h分别有350、390、580、1154个基因差异表达,其中差异表达转录因子分别为11、11、19、50个.这些转录因子属于15个家族,其中数量最多的为MYB家族和bHLH家族(均为20个),其次是ERF家族19个、WRKY家族15个、bZIP家族9个.南方根结线虫侵染过程差异表达最明显的主要为ERF、WRKY、MYB和bHLH家族转录因子,其中Solyc03g005520、Solyc02g094270和Solyc09g066350显著上调,接种后48 h log2FC分别为9.16、6.49和6.33;Solyc02g079280、Solyc12g100140和Solyc04g072460显著下调,接种后48 h log2FC分别为-2.60、-1.72和-1.70.qRT-PCR验证结果显示,6个随机选取基因的表达趋势与测序结果基本一致.以上结果表明,ERF、WRKY、MYB和bHLH家族转录因子可能参与番茄与南方根结线虫互作,在番茄响应南方根结线虫侵染反应中发挥着重要的调控作用.
关键词： 番茄 转录因子 南方根结线虫 线虫侵染 qRT-PCR
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荧光定量PCR特异性曲线的表述情况调查及错误原因分析
《科技传播 》 2022
摘要：对荧光定量PCR特异性曲线在中文科技期刊中的表述情况进行调查,并分析其错误原因.分析发现,该曲线在生物学、农学、医学等综合类期刊中主要有3种不同的表述方式,分别为"熔解曲线""溶解曲线""融解曲线",且大多数期刊均使用过这3种表示方式,"熔解曲线"和"溶解曲线"的使用频率较高.结合术语在线和高等教科书可知,"核酸在加热条件下发生解链,称为熔解,且随着解链程度增加可形成熔解曲线",证明"溶解曲线""融解曲线"为不规范表述,造成错误的原因主要为读音相同且字义相近、未结合专业知识判断、外界因素影响、编辑和作者缺乏规范使用科技术语的意识、政府有关部门科技术语使用管理不严等.
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通过嫁接传染的不同阶段黄龙病对椪柑转录组的影响
《基因组学与应用生物学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：黄龙病(huanglongbing, HLB)是华南柑橘产区最严重的病害之一,主要通过柑橘木虱和嫁接等方式传播,不同的感病方式对寄主的影响可能有所差别.本研究通过嫁接的方式,研究黄龙病对椪柑在感病早期和发病晚期转录组的影响.在早期(14 wpi),总共有6 467个基因出现了显著差异表达,而在晚期(22 wpi),总共有9 625个基因出现了显著差异表达.对差异表达的基因进行KEGG富集分析,发现14 wpi组的差异表达基因总共有14个通路出现了富集,而22 wpi组的差异表达基因总共有24个通路出现了富集.对8个差异表达的基因进行荧光定量PCR验证,结果表明这些基因在两个阶段的表达变化趋势与转录组的数据基本一致.本研究通过研究黄龙病不同发病阶段的差异基因表达,为探究黄龙病的发病机理提供了一定的理论基础.
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百合鳞茎发育过程中淀粉合成相关酶基因的克隆及表达分析
《广西植物 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：该研究通过同源克隆技术克隆腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)、颗粒结合淀粉合酶(GBSS)和可溶性淀粉合酶(SSS) 3类百合淀粉合成关键酶基因,分析这三类淀粉合成关键酶基因的表达变化,测定百合鳞茎膨大发育中淀粉含量变化。结果表明:(1) AGPase具有GlgC家族蛋白PLN02241蛋白结构特征及cl11394家族蛋白ADP_Glucose_PP与NTP_transferase结构域,获登录号KP751443; GBSS与SSS具有cl10013家族蛋白Glyco_transf_5,GT1_Glycogen_synthase_DULL1_like结构域,获登录号分别为KP751444、KP751445。(2)百合鳞茎形成与膨大发育过程中,淀粉含量呈现递增趋势,鳞茎盘开始分化茎杆时其淀粉含量最高,达到44.52%。鳞茎与叶片部位的三个淀粉合成相关酶基因表达量均逐渐增加;在鳞茎膨大后茎杆分化阶段,三个淀粉合成相关酶基因表达量达到最高,AGPase、GBSS、SSS在鳞片中的表达量分别为10.79,6.92和5.12,叶片中的表达量分别为6.79,5.22和4.41,鳞片中的表达量大幅度高于叶片;淀粉合成相关酶基因的表达量变化与淀粉含量、鳞茎的膨大发育成正相关。这为鳞茎的繁殖生产提供了可通过调节淀粉合成关键酶基因表达促进百合鳞茎膨大发育的思路。
关键词： 百合 淀粉合成 鳞茎膨大 腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶 荧光定量PCR
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水稻苗期感染SRBSDV后赤霉素相关基因表达量及赤霉素含量的变化
《植物保护学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为明确水稻在苗期被南方水稻黑条矮缩病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)浸染后植株体内赤霉素合成相关基因表达量和赤霉素含量的变化情况,利用q RT-PCR技术检测水稻在3叶期感染SRBSDV后的5个时期Os01g0883800、Os03g0856700、Os07g0169700三个赤霉素的生物合成基因表达量;采用高效液相色谱法检测GH998和Y11植株感染SRBSDV后的赤霉素含量;观察GH998病株施用外源赤霉素后病症的缓解效果。结果表明,感染SRBSDV后在GH998叶片中,以在第0天为对照组,Os01g0883800和Os07g0169700相对表达量最大分别下调25.6倍和21.1倍,Os03g0856700在第3天相对表达量下调20.5倍,在第6天上调2.3倍;在茎中,Os01g0883800、Os07g0169700、Os03g0856700的相对表达量在第3天分别下调8.5倍、6.4倍和1.4倍。在Y11叶片中Os01g0883800、Os03g0856700和Os07g0169700相对表达量最大下调分别为6.6倍,42.7倍和16.9倍;在茎中,Os01g0883800、Os07g0169700相对表达量最大下调分别为5.3倍和10.5倍;Os03g0856700在第3天时表达量上调1.5倍,在第12天下调2.8倍。GH998感染SRBSDV后植株体内赤霉素含量显著降低;施用外源赤霉素能缓解SRBSDV部分病症,表现为株高、剑叶长、剑叶宽和根长等均增加。
关键词： 南方水稻黑条矮缩病毒 赤霉素生物合成基因 荧光定量PCR 高效液相色谱 外源赤霉素
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褐飞虱热胁迫下内参基因的筛选及热激蛋白基因表达分析（英文）
《昆虫学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】褐飞虱Nilaparvata lugens(Stl)是为害水稻的重要害虫之一,温度是影响其暴发、迁飞的主要环境因子之一。本研究旨在探讨研究褐飞虱对高温胁迫适应性的热激蛋白基因表达调控模式。【方法】分别以不同的高温(30℃~40℃)处理褐飞虱雌、雄虫1 h和2 h,利用荧光定量PCR技术检测其体内的β-actin 1,β-actin2,β-actin3,28S rRNA,18S rRNA和α-2-tubulin 6个内参基因的表达量,用geN orm和BestK eeper软件分析确定最稳定表达的内参基因,并检测热胁迫后hsp70和hsp90基因在处理褐飞虱成虫体内的表达模式。【结果】geN orm软件分析结果表明,热胁迫后褐飞虱内参基因稳定性在雌虫体内为:β-actin1=β-actin3>28S rRNA>α-2-tubulin>18S rRNA>β-actin2;在雄虫体内为:β-actin1=β-actin3>α-2-tubulin>28S rRNA>18S rRNA>β-actin2。BestK eeper软件分析结果显示,在热胁迫的雌、雄虫体内β-actin1均最稳定,18S rRNA次之,β-actin2最不稳定。两种软件分析结果基本一致。以β-actin1为校正内参基因,荧光定量PCR分析hsp70和hsp90在不同热胁迫条件下的表达模式,结果表明,各高温处理下hsp70表达量与对照26℃下的表达量没有显著性差异;而hsp90基因表达模式表现为被高温诱导上调表达,在雌、雄虫体内表达量达到最高的处理条件分别为40℃和38℃处理2 h。【结论】β-actin1基因可以作为热胁迫下褐飞虱雌雄虫体内基因表达模式分析的校正内参基因使用。褐飞虱hsp90基因能被高温诱导表达,该基因可能在褐飞虱适应热胁迫过程中起着重要的作用。
关键词： 褐飞虱 热激蛋白 表达模式 内参基因 荧光定量PCR
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岩溶地貌部位对土壤微生物丰度与酶活性的影响
《水土保持通报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：以中国地质科学院岩溶地质研究所桂林丫吉岩溶试验场为研究区,单氨加氧酶的编码基因amoA的部分序列作为氨氧化细菌(AOB)指示基因,利用荧光定量PCR技术,结合平板菌落计数法和土壤酶活性测定,探讨了岩溶地貌部位及土壤成因对微生物群落丰度和酶活性的影响。结果发现,受岩溶地貌部位和土壤成因的影响,土壤酶活性、土壤微生物总数在垭口、坡地、洼地呈增加的趋势,而氨氧化细菌丰度则呈现降低的趋势。结果表明,土壤氨氧化细菌丰度与真菌数呈极其显著的正相关,而与蔗糖酶活性呈极其显著负相关。
关键词： 岩溶地貌 酶活性 微生物群落丰度 荧光定量PCR 氨氧化细菌
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