科研产出
大语言模型在蛋白质设计中的应用综述
《基因组学与应用生物学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：在蛋白质设计领域，人工智能技术的应用已经催生了一些大模型。蛋白质的计算设计是指利用计算机技术辅助确定蛋白质的氨基酸序列，实现预设的结构和功能的过程。基于计算的蛋白质设计可进行改造设计或从头设计。特定功能的蛋白质快速生成，对生物医学研究、药物开发和生物工程等领域的发展具有重要意义。本文首先从传统计算方法、机器学习方法和深度学习方法对蛋白质的计算设计进行了梳理概述，然后介绍大语言模型的核心架构Transformer,重点分类介绍了蛋白质大语言模型的研究应用，最后对未来的研究重点进行了展望。
关键词： 蛋白质序列 蛋白质结构 大语言模型 Transformer架构
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地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)外切葡聚糖酶CelB基因的发掘及功能鉴定
《生物技术通报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：从地衣芽孢杆菌的基因组数据中寻找与外切葡聚糖酶相似性高的DNA序列,发现在地衣芽孢杆菌基因组中CelB DNA片段具有很高的序列相似性。在大肠杆菌中对来自地衣芽孢杆菌的CelB基因DNA片段进行表达并纯化蛋白质。CelB蛋白质对纤维素底物具有活性。根据糖基水解酶家族48的保守活性位点设计突变策略对CelB进行突变,突变体丧失对底物的活性,说明它具有糖基水解酶家族48的外切葡聚糖酶的典型活性位点。
关键词： 外切葡聚糖酶 基因组信息学 地衣芽孢杆菌 蛋白质结构 定点突变
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