科研产出
番茄响应南方根结线虫侵染相关转录因子的初步分析
《华中农业大学学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为明确番茄接种根结线虫后基因种类和表达量在转录水平的变化规律,利用RNA-seq对未接种及接种南方根结线虫2龄幼虫6、12、24和48 h的番茄进行转录组测序,探究番茄响应南方根结线虫侵染相关的关键转录因子,并采用qRT-PCR方法对测序结果进行验证.结果显示,接种南方根结线虫后6、12、24和48 h分别有350、390、580、1154个基因差异表达,其中差异表达转录因子分别为11、11、19、50个.这些转录因子属于15个家族,其中数量最多的为MYB家族和bHLH家族(均为20个),其次是ERF家族19个、WRKY家族15个、bZIP家族9个.南方根结线虫侵染过程差异表达最明显的主要为ERF、WRKY、MYB和bHLH家族转录因子,其中Solyc03g005520、Solyc02g094270和Solyc09g066350显著上调,接种后48 h log2FC分别为9.16、6.49和6.33;Solyc02g079280、Solyc12g100140和Solyc04g072460显著下调,接种后48 h log2FC分别为-2.60、-1.72和-1.70.qRT-PCR验证结果显示,6个随机选取基因的表达趋势与测序结果基本一致.以上结果表明,ERF、WRKY、MYB和bHLH家族转录因子可能参与番茄与南方根结线虫互作,在番茄响应南方根结线虫侵染反应中发挥着重要的调控作用.
关键词： 番茄 转录因子 南方根结线虫 线虫侵染 qRT-PCR
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荔枝RAV家族转录因子的全基因组鉴定及表达分析
《植物生理学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：RAV是AP2/ERF家族中的一类转录因子,在植物的生长发育中发挥重要作用.本研究通过全基因组分析鉴定到荔枝(Litchi chinensis)4个RAV基因(LcRAV).系统进化和保守结构域分析表明LcRAV蛋白可分为3个亚族,同时包含AP2和B3保守结构域.无规则卷曲在二级结构中占比较大.顺式作用元件分析发现荔枝LcRAV基因启动子含有多种调控元件,其中光响应元件最多,其次分别是激素响应元件、非生物胁迫响应元件和生长发育相关元件.预测发现LcRAV1、LcRAV2、LcRAV3和LcRAV4分别含有2、4、1和1个miRNA靶位点.表达分析发现,LcRAV1和LcRAV3在荔枝果皮着色过程中表达明显上调.LcRAV1、LcRAV2和LcRAV3在乙烯利和环剥去叶处理诱导荔枝果实脱落、烯效唑控花、百草枯促花过程明显上调以及在矮化品种'紫娘喜'顶芽中表达较高.LcR4V1和LcRAV3在荔枝果实采后直接常温贮藏的前期表达明显高于经预冷处理后再常温贮藏的果实.研究结果暗示LcRAV在荔枝生长发育以及采后贮藏过程的重要作用.本研究为深入研究LcRAV基因功能调控机制提供参考.
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低温胁迫处理对甘蔗转录因子表达的影响
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为探明低温胁迫处理对不同甘蔗转录因子表达的影响,以'桂糖08-1180'和'ROC22'为试验材料,进行低温和常温处理,经转录组测序后,对转录因子基因的差异表达进行了分析.结果表明:测序共获得360 404条Transcripts,183 515个Unigenes.低温胁迫下'桂糖08-1180'获得了566个差异表达转录因子基因,隶属于61类转录因子家族.'ROC22'获得了769个差异表达转录因子基因,隶属于71类转录因子家族.2个品种的差异表达转录因子基因表现为上调表达基因数多于下调表达基因数.ROC22在MYB、AP2-EREBP、GRAS、WRKY、NAC、Orphans、bZIP、FAR1、C3H、C2H2等家族中具有较多的转录因子基因:'桂糖08-1180'在AP2-EREBP、WRKY、MYB、Orphans、b ZIP、NAC、GRAS、C2H2、FAR1、bHLH等家族中具有较多转录因子基因.有60个转录因子家族包含了2个品种的差异表达转录因子基因,而BES1、CAMTA、CPP等仅含有'ROC22'的差异表达转录因子基因,CSD仅含有'桂糖08-1180'的差异表达转录因子基因.从差异表达倍数来看,2个品种中均以表达倍数在10倍以下的转录因子基因最多.在'ROC22'中,差异倍数较大的转录因子主要分布在AP2-EREBP、Tify和WRKY家族,在'桂糖08-1180'中,差异倍数较大的转录因子主要分布在MYB、WRKY和AP2-EREBP家族.本研究为甘蔗抗寒相关转录因子的挖掘及甘蔗抗寒性机理研究提供帮助.
关键词： 甘蔗(Saccharum L.) 低温胁迫 转录因子
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植物WRKY转录因子家族研究进展
《植物学通报 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：WRKY是植物特有的一类转录因子家族,因含有由WRKYGQK7个氨基酸组成的保守序列而得名,在拟南芥(Arabidopsisthaliana)中共发现了74个成员。WRKY蛋白能与TTGAC序列(又称W-box)专一结合调节基因转录,其表达主要受病原菌、损伤和信号分子SA的诱导。除主要与植物的抗逆反应和衰老有关外,WRKY也参与植物其他发育和代谢的调控。在植物的抗逆反应过程中,WRKY的表达通常发生在诱导的早期,且不需要蛋白质的重新合成。
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