科研产出
芒果炭疽病病原亚洲炭疽菌(Colletotrichum asianum)特异性PCR检测
《植物病理学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：亚洲炭疽菌(Colletotrichum asianum)是一种能引发芒果炭疽病的优势病原菌.为建立一种能快速诊断该病原菌所引起的芒果炭疽病的PCR检测方法,本研究通过比较不同种类炭疽菌的全基因组DNA序列,获得了1条C.asianum特异性序列,设计并筛选得到1对特异性引物:caf1(5′-CCGTCAGACGGAATTATCAGC-3′)和car1(5′-CCGATCCTGTCTTTGAAATGG-3′).结果表明,引物caf1/car1可以从C.asianum中扩增出长度为419 bp的特异性目标条带,灵敏度可达到1 pg·μL-1.利用该引物能够从人工接种C.asianum YN55-1的芒果叶片以及田间发生炭疽病的芒果叶片样品中快速稳定地检测出长度为419 bp的目标条带.本研究建立的特异性PCR检测方法为C.asianum导致的芒果炭疽病的田间监测和快速诊断提供了技术支持.
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李树炭疽病病原果生刺盘孢特异性PCR检测
《植物病理学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：果生刺盘孢(Colletotrichum fructicola)是引起李树炭疽病的优势病原菌,属于胶孢刺盘孢复合群(C.gloeosporioides species complex).本研究对该复合群中36个菌株的ApMat序列进行比对,进而根据C.fructicola特异性位点设计了 1对针对该菌的特异性引物:F2(5'-CGTGACCCAGGAGGCGACCACGCATCTGT-3')和 R2(5'-GGTGATCTCCTAGCGTTCG-TACGTCTAAT-3'),在此基础之上建立了 PCR检测体系.结果表明,引物F2/R2可从C.fructicola基因组DNA中扩增出长度为132 bp的特异性目的条带,检测灵敏度达100 fg·μL-1.利用该检测体系可从人工接种C.fructicola HN47-2菌株的李树叶片以及田间自然染病的李树叶片样品中快速检测出目标条带.本研究针对C.fructicola建立的灵敏、快速的特异性PCR检测方法为该菌引起的李树炭疽病的田间早期诊断、动态监测和精准防控提供了重要的技术支撑.
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广西北海蔗区甘蔗白条病发生情况调查
《南方农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】对广西北海蔗区疑似发生甘蔗白条病的样本进行PCR检测鉴定,明确甘蔗白条病在广西北海的发生情况,为甘蔗白条病的防控提供科学依据。【方法】2016年11月,在广西北海合浦县、银海区和铁山港区采集疑似甘蔗白条病样本372份,涉及19个甘蔗品种/系,采用甘蔗白条病病原白条黄单胞菌[Xanthomonas albilineans(Ashby)Dowson]特异引物XAF1和XAR1对采集样本的DNA进行PCR检测。对部分有阳性条带的PCR产物进行切胶回收,并送样测序,然后在NCBI上进行BLAST比对分析。【结果】所采集的372份样本中,有78份样本扩增出目的条带,阳性检出率为20.97%;19个甘蔗品种中,有13个品种检测出阳性条带,检出率为68.42%,其中白叶病检出率较高的是柳城07-95、桂糖46号、桂糖42号和柳城07-536,检出率分别为75.00%、68.75%、48.15%和33.33%。部分阳性条带经克隆后测序,在NCBI上进行BLAST比对分析,发现其与广西白条病分离物KY315212.1的同源性为99%,表明它们均属于甘蔗白条病基因片段序列。【结论】甘蔗白条病已在广西北海蔗区发生危害,今后需加强检疫工作,防止从疫区调运感病蔗种,以控制病害进一步扩散蔓延。
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甘蔗宿根矮化病PCR检测技术优化分析
《南方农业学报 》 2012 CSCD
摘要：【目的】在PCR的基本程序上,以甘蔗宿根矮化病菌Lxx16S～23S rDNA内部转录间隔区特异性引物,优化PCR反应条件,以建立稳定、快速、灵敏度高的甘蔗宿根矮化病PCR检测技术。【方法】以Lxx基因组DNA为模板,采用TaKaRa的Ex Taq Polymerase和2×GCBufferⅡ,调整退火温度和引物浓度等主要因子,优化PCR反应体系;稀释Lxx基因组DNA模板的浓度,检测优化PCR的灵敏度;用优化的PCR对田间生长的甘蔗品种GT11叶片总DNA进行RSD测定。【结果】优化的PCR得到清晰特异的条带为Lxx16S～23S rDNA内部转录间隔区序列;能从稀释1000倍的Lxx基因组DNA(15.9pg/μL)中检测到Lxx,而常规的PCR只能从稀释100倍的Lxx基因组DNA(159pg/μL)中检测到Lxx,且出现假阴性,不稳定。对田间生长的甘蔗品种GT11叶片总DNA进行PCR检测,结果用优化后的PCR检测RSD感染率为66.7%,而常规的PCR检测RSD感染率为0。【结论】优化的PCR体系为:2×GCBufferⅡ12.5μL,Ex Taq DNA酶(5U/μL)0.2μL;dNTP(2.5mmol/L)1.5μL;Lxx1(10μmol/L)1.0μL,Lxx2(10μmol/L)1.0μL,DNA模板1.0μL,用ddH2O双蒸水补足至25.0μL。PCR反应程序为:95℃预变性10min,94℃15s,57℃15s,72℃30s,40个循环;72℃延伸10min。优化的PCR比常规PCR的灵敏度高、结果稳定、检测效率高,更适合于田间大批量样品快速检测。
关键词： 甘蔗 宿根矮化病 PCR检测 16S～23SrDNA 优化体系
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广西香蕉枯萎病病原菌4号生理小种的分子检测与鉴定
《南方农业学报 》 2012 CSCD
摘要：【目的】明确在广西个别香蕉产区发现的香蕉枯萎病病原种类,为防控该病害提供科学依据。【方法】从广西不同香蕉产区采集香蕉枯萎病病株样本,分离纯化获得6株菌株,以香蕉枯萎病1号和4号生理小种为阳性对照,采用特异PCR的方法,对分离到的6株菌株进行分子检测,并用盆栽香蕉和西贡蕉小苗接种进行菌株致病性鉴定。【结果】经ST1/ST2特异引物扩增,1号菌株与香蕉枯萎病菌1号生理小种扩增到约200bp片段;2～6号菌株和香蕉枯萎病菌4号生理小种扩增到约250bp片段。与标样对比结果表明,1号菌株为香蕉枯萎病1号生理小种,2～6号菌株为香蕉枯萎病4号生理小种;盆栽接种致病性鉴定结果与分子检测结果相同。【结论】广西个别蕉区已遭受香蕉枯萎病菌4号小种侵染,各级部门应高度重视。
关键词： 香蕉枯萎病菌 4号生理小种 PCR检测 鉴定 广西
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