广西药用野生稻遗传多样性分析及SSR引物数量对遗传多样性结果的影响研究

徐志健; 乔卫华; 郑晓明; 梁云涛; 丁膺宾; 刘莎; 齐兰; 公婷婷; 梁新霞; 王君瑞; 张丽芳; 程云连; 兰进好; 杨庆文; 《植物遗传资源学报 》 2017 北大核心 CSCD

摘要：采用25对SSR分子标记,对广西境内采集的1610份药用野生稻材料进行遗传多样性和聚类分析,其中检测到等位变异181个,有效等位基因数Ae范围为1.0094(RM240)~2.2674(RM488),平均值为1.3568;期望杂合度He范围为0.0093(RM240)~0.5591(RM448),平均值为0.2112;Shannon多样性指数I在0.0393~0.9296之间变动,平均值为0.3624。数据表明,广西药用野生稻遗传多样性较为丰富,12个药用野生稻地理居群按遗传多样性指数大小排序为:梧州-3>南宁-1>梧州-2>梧州-1>南宁-2>玉林-2>贵港-2>梧州-4>玉林-3>玉林-1>贺州>贵港-1,其中指数高的居群均分布于梧州市和南宁市两地,因此确定了这两地为广西药用野生稻的遗传多样性中心。通过不同数量的SSR引物对药用野生稻材料间相似系数矩阵进行相关性测验,结果显示当引物按照PIC值降序排列时,10对引物即达到较好聚类效果,升序排列时,21对引物即达到较好聚类效果。研究表明,在进行药用野生稻大居群聚类分析时,SSR引物适宜数量应多于21对,最低不得少于10对。

关键词： 药用野生稻 遗传多样性中心 聚类分析 SSR引物数量