文献类型： 中文期刊

作者： 丁峰 ¹ ; 李浩然 ¹ ; 王金英 ² ; 彭宏祥 ³ ; 何新华 ² ; 黄小雄 ¹ ; 李平 ⁴ ; 钟敏芝 ⁴ ; 覃燕 ⁴ ; 张树伟 ¹ ;

作者机构： 1.广西农业科学院/广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室

2.广西大学农学院/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室

3.广西农业科学院园艺研究所

4.桂平麻垌镇农业技术推广站

关键词： 荔枝;焦核突变体;全基因组重测序;变异分析;SNP;Indel

期刊名称： 南方农业学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 007 期

页码： 1780-1789

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】探究禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1的全基因组变异情况,为调控荔枝果实成熟期、解析焦核发生分子机制及选育焦核品种提供理论支持。【方法】通过荔枝种质资源普查发现1个禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1,对禾荔和GLL-1开展全基因组重测序（测序深度50×）,对比分析GLL-1全基因组变异情况。【结果】与禾荔相比,GLL-1果实明显较大,品质优良,特晚熟,种子变为焦核,可食率明显提高。从GLL-1基因组获得320858674个高质量的Clean reads,定位到荔枝参考基因组的高质量Clean reads数占比为96.07%,正确识别率大于Q20的碱基占比为96.48%,正确识别率大于Q30的碱基占比为91.38%,基因组GC含量为35.28%,覆盖度（大于1×的碱基占比）为97.62%。检测到9306084个单核苷酸多态性（SNP）位点和759887个小片段插入和缺失（Indel）位点,共导致12621个基因发生变异,其中发生非同义SNP突变的基因8451个,发生Indel的基因4170个。许多与花色素苷生物合成相关的MYB、bHLH、WD40转录因子家族基因及参与ABA信号转导的重要家族基因（bZIP、WRKY、MAPK及PPR）均发生突变。【结论】MYB、bHLH、WD40、bZIP、WRKY、MAPK及PPR等家族基因的突变可能是导致GLL-1果实特晚熟及焦核发生的一个主要原因,推测其在调控荔枝果实发育和焦核发生中发挥关键作用。