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基于SNP分子标记的128份糯玉米种质遗传多样性和类群结构分析

文献类型: 中文期刊

作者: 钟 昌松 1 ; 方 辉 2 ; 卢 生乔 2 ; 覃 宏宇 2 ; 陈 坤 2 ; 周 锦国 2 ; 弓 雪 2 ; 张 述宽 3 ; 刘 亚利 2 ; 黄 安霞 2 ;

作者机构: 1.广西农业科学院玉米研究所/广西农业科学院

2.广西农业科学院玉米研究所

3.广西农业科学院

关键词: 糯玉米;遗传多样性;SNP分子标记

期刊名称:

ISSN: 2095-1191

年卷期: 2025 年 56 卷 5 期

页码: 1379-1389

摘要: 目的分析不同基因型糯玉米种质的遗传多样性和类群结构,为广西糯玉米种质创新利用提供参考依据。方法利用10K芯片对128份糯玉米种质进行全基因组扫描,分析其遗传多样性和类群结构,并调查植株、花期和果穗的13个性状,分析不同类群种质的性状差异。结果7561个SNP分子标记基本均匀覆盖整个玉米基因组,主要等位基因频率(MAF)为0.500~0.969,平均为0.702;基因多样性(GD)为0.061~0.500,平均为0.388;多态信息含量(PIC)为0.059~0.375,平均为0.307。聚类分析和PCoA分析均可将128份糯玉米种质划分为3个类群, 分别为地方种类群、京科—中糯类群、本地糯类群;地方种类群和本地糯类类群的GD分别为0.354和0.343,PIC分别为0.282和0.280,低于京科—中糯类群的GD(0.377)和PIC(0.298),表明地方种类群和本地糯类类群的遗传多样性较低,且类群划分结果具有一定的地理和生态区域特征;甜糯玉米与糯玉米划分在同一类群,其原因是甜糯玉米是从糯玉米中选育的一种新型鲜食玉米。分子方差分析(AMOVA)结果显示,不同类群间存在明显的遗传变异,占总遗传变异的10.8%,自交系间的遗传变异为73.1%,自交系内的遗传变异为16.1%。相关分析结果显示,花期对京科-中糯类种质具有较突出的负向调控作用,而株高、穗位高等植株性状对本地糯类种质的正向调控作用较大。对于京科-中糯类温带种质,花期延迟对雄花性状及穗行数和穗粗等果穗性状有负调控作用,这可能是亚热带生态气候环境对温带血缘种质影响的结果。而对于本地糯类热带种质,株高、穗位高对果穗穗行数和行粒数正向调控作用更大,但过高的穗位高也易导致产量性状穗粗下降。结论不同类型的糯玉米种质遗传多样性存在一定差异,具有一定的地理和生态区域特点,在植株、花期和果穗等性状的相关性和互作机制也存在明显差异。

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