文献类型： 中文期刊
作者： 曲俊杰 1 ; 孙嘉曼 1 ; 尹玲 1 ; 潘凤英 ;
作者机构： 1.广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室
关键词： 葡萄;miR169基因;靶基因;NF-YA转录因子;生物信息学
期刊名称： 南方农业学报
ISSN： 2095-1191
年卷期： 2017 年 48 卷 08 期
页码： 1329-1334
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 【目的】明确葡萄miR169(vvi-miR169)基因家族在葡萄生长发育及逆境胁迫响应中的重要作用,为其在葡萄分子育种和抗逆新品种选育中的应用提供参考依据。【方法】利用miRNA、Phytozome、NCBI等数据库及Clustal X2.1、MEGA 6.0、RNAfold Web Server、ps RNATarget等在线软件对vvi-miR169基因家族的序列分布、定位特征、二级结构、发育进化树和靶基因调控功能进行生物信息学分析。【结果】在miRBase中搜索到25条vvi-miR169基因同源序列,分别分布在6条染色体上,其中以位于Chr11上的序列最多,共有17条,位于Chr01、Chr04和Chr14上各有2条,而在Chr08和Chr17上各有1条。vvi-miR169基因家族成熟序列的碱基保守性很高,其前体序列均可形成稳定的二级茎环结构,且位于同一条染色体上的miR169基因序列显示出相对更近的亲缘关系。vvi-miR169基因家族共预测到21个靶基因,绝大部分miRNA都有多个靶基因,且不同miRNA具有相同的靶基因,其中有22个miRNA靶基因均含有GSVIVT01015120001(NF-YA转录因子)。【结论】vvi-miR169基因家族序列保守性较高,家族特征明显,且具有相似的调控功能;NF-YA转录因子是vvi-miR169基因家族最主要的靶基因,也是葡萄生长发育过程中抗逆境胁迫的主要调控元件。
- 相关文献
[1]甘蔗SoNIN1基因结构及其内含子信息分析. Niu Junqi,牛俊奇,Wu Chaoxing,吴朝兴,Yang Litao. 2015
[2]中国莲PHT1家族成员的生物信息学分析. . 2020
[3]罗汉果3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶基因的克隆及表达分析. 荆礼,赵欢,莫长明,苏航,唐秋竹,张鹤. 2020
[4]澳洲坚果bHLH基因家族成员MibHLH48的结构与功能分析. 王文林,陈海生,张涛,郑树芳,樊松乐,王萌,谭秋锦,韦媛荣,黄锡云. 2021
[5]野生种花生钙依赖蛋白激酶基因家族的生物信息学分析. 石鹏,贺梁琼,杨伟波,符海泉,徐中亮. 2017
[6]荔枝多胺氧化酶(PAO)基因家族的全基因组鉴定与表达分析. 唐丽雯,张月,岳晓琦,丁峰,胡福初,周开兵,马武强. 2023
[7]野生花生Hsp70基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析. 徐日荣,熊发前,唐兆秀. 2016
[8]荔枝RAV家族转录因子的全基因组鉴定及表达分析. 岳晓琦,杨成坤,张月,唐丽雯,胡福初,王祥和,丁峰,马武强,周开兵. 2022
[9]葡萄霜霉菌糖基水解酶基因的表达模式与功能分析. 潘凤英,曲俊杰,刘露露,孙大运,郭泽西,韦晓丽,韦淑梅,尹玲. 2023
[10]甘蔗MAP激酶基因SoMAPK4克隆与生物信息学分析. 滕峥,刘开雨,桑洪玉,卢双楠,方位宽,梁朝旭,刘晓静,何姗珊,刘芳,邱永福,李鸣,李容柏. 2012
[11]葡萄霜霉菌糖基水解酶基因家族的生物信息学分析. 刘露露,曲俊杰,潘凤英,孙大运,郭泽西,尹玲. 2021
[12]栽培种西番莲基因组序列及比较基因组分析. 吴艳艳,刘洁云,田青兰,黄永才,黄伟华,夏秀忠,杨行海,牟海飞. 2020
[13]甘蔗ATP结合蛋白基因克隆及其干旱胁迫下的表达特性分析. 蒋胜理,黄诚梅,邓智年,吴凯朝,徐林,罗海斌,陆珍,魏源文. 2017
[14]水稻纹枯病菌谷氨酸合成酶RsGLT1基因的克隆及生物信息学分析. 曾泉,史国英,叶雪莲,胡春锦. 2022
[15]甘蔗耐寒相关miRNA的生物信息学分析及其靶基因预测. 朱鹏锦,宋奇琦,谭秦亮,程琴,李佳慧,庞新华,周全光,吕平,欧克纬,卢业飞,农泽梅,唐桓伟,龙盛风. 2022
[16]水稻ARAB-1类似基因的电子克隆及生物信息学分析. 刘卫东,李冬波. 2015
[17]香蕉磷脂酶C基因生物信息学及表达分析. 殷菲胧,廖玲燕,刘云芬,孙健,郑培君,李丽,帅良. 2024
[18]荔枝转录因子LcZAT12的克隆与表达分析. 卿昊炜,张树伟,莫啸,易晨歆,郭慧勤,韦金菊,吴子昂,徐炯志,贾海锋,邱海吉,张艳青,丁峰. 2024
[19]甜瓜果实细胞壁修饰相关基因的筛选和分析. 梁任繁,黄皓,文俊丽,廖云云,高小凤,韦传义,张曼,吴永升,周国列,周生茂. 2025
[20]罗汉果SgTCP6基因克隆、生物信息学分析及转录激活研究. 林孝东,莫长明,穆德添,赵欢,黄华学,邵瑛瑛,陈文强,刘代,梁任繁,唐其. 2025
作者其他论文 更多>>
-
葡萄霜霉菌效应因子PvCRN91功能分析
作者：孙大运;刘露露;郭泽西;韦淑梅;潘凤英;曲俊杰;尹玲
关键词：葡萄霜霉菌;PvCRN91基因;效应因子;Crinkler结构域;防卫反应
-
圆叶葡萄Warden果皮微生物多样性分析
作者：孙大运;尹玲;郭泽西;黄羽;曲俊杰
关键词：圆叶葡萄;果皮微生物;16S;ITS
-
卷丹百合LlAGPS1基因克隆与表达分析
作者：张进忠;孙嘉曼;孙明艳;黄绍力
关键词：卷丹百合;珠芽;腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶;LlAGPS1;基因表达
-
圆叶葡萄和欧亚种葡萄叶片提取物对葡萄霜霉病的防治作用
作者：郭泽西;韦淑梅;李旭东;刘露露;潘凤英;孙大运;尹玲;黄羽;曲俊杰
关键词：葡萄霜霉病;叶片提取物;圆叶葡萄;欧亚种葡萄;预防
-
基于WGS构建葡萄高密度遗传图谱及抗炭疽病QTL定位
作者：潘凤英;曲俊杰;黄羽;韦荣福;郭泽西;尹玲;孙大运
关键词：葡萄;遗传图谱;抗炭疽病;QTL定位
-
耐高温黄果西番莲新品种钦果9号(曾用名:钦蜜9号)的选育
作者：黄永才;陈格;黄显雅;桂杰;蒋萍;廖芬;张洁;苏美鉴;孙嘉曼;龙秀琴;吴阔;郑雪;杨柳
关键词：黄果西番莲;新品种;钦果9号;钦蜜9号;耐高温
-
查尔酮合成酶在植物抗病中的研究进展
作者：郭泽西;刘露露;孙大运;潘凤英;曲俊杰;尹玲
关键词：查尔酮合成酶;抗病;表达调控
