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慈姑球茎发育不同时期转录组特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 高美萍 1 ; 黄诚梅 2 ; 林志城 2 ; 江文 2 ; 蒋慧萍 2 ;

作者机构： 1.广西壮族自治区农业科学院生物技术研究所

2.广西农业科学院生物技术研究所

关键词： 慈姑;球茎;转录组;不同发育时期

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 20 卷 007 期

页码： 2271-2278

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了研究慈姑球茎发育过程中转录组功能基因表达情况,本研究对其不同时期进行转录组测序,获得表达基因信息,以探讨球茎发育相关基因的表达特征及淀粉合成代谢相关调控.结果显示,慈姑球茎测序组装后共获得63.53 Gb的Clean Reads,总共获得60 884个Unigene,平均长度为897.34 bp,N50为1.368 kb.使用五个公共数据库成功注释了总共36 590个Unigene.组装完整性较高,效果好.差异表达基因分析表明,慈姑匍匐茎膨大为球茎初期,差异基因最多,表现最为活跃.GO(Gene ontology)功能富集中,21 453个基因获得功能注释,分为分子功能、细胞组分和生物学过程3大类和54个亚类.COG(Clusters oforthologous groups)功能分类中,13 653个基因分布于25个功能区域,其中碳水化合物代谢占重要地位.KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)代谢通路注释中,14 226个基因获得功能注释,共有118条代谢途径,其中淀粉-蔗糖代谢占主要作用.本研究首次建立了丰富的慈姑球茎的转录组数据库,对进一步深化解析慈姑球茎淀粉生物合成的分子机制提供数据基础.

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