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多年宿根甘蔗的转录组分析及差异基因挖掘

文献类型: 中文期刊

作者: 程琴 1 ; 李佳慧 1 ; 谭秦亮 1 ; 宋奇琦 1 ; 朱鹏锦 1 ; 欧克纬 1 ; 农泽梅 1 ; 卢业飞 1 ; 吕平 1 ; 周全光 1 ; 庞新华 1 ; 彭欣怡 1 ;

作者机构: 1.广西亚热带作物研究所

关键词: 甘蔗;宿根性;转录组;脱落酸

期刊名称: 中国生物工程杂志

ISSN: 1671-8135

年卷期: 2024 年 0Z1 期

页码: 25-38

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 甘蔗(Saccharum hybirds)宿根性直接关系到甘蔗生产成本和种植效益,品种、环境和栽培措施均会影响甘蔗宿根能力,但品种的种性是影响宿根性最关键因素。国内外从分子生物学层面解释甘蔗宿根性差异的文献鲜见报道,从转录水平分析不同宿根年限GR2号和ROC22号基因表达的差异。结果表明:转录组测序共得到100 558条转录本和25 582条Unigene。获得53 790条Unigene的注释结果,分别在NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、KOG、GO和Pfam数据库进行比对。GO功能注释共分成三大类,51小类,6年宿根蔗注释到1 029个差异基因,3年宿根蔗注释到3 391个差异基因。主要KEGG代谢通路有8条,分别涉及植物激素信号转导,淀粉和蔗糖代谢,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,苯丙素生物合成,同源重组,DNA复制,错配修复及植物病原体相互作用。筛选出脱落酸(ABA)相关差异基因6个,分别为脱落酸不敏感蛋白2基因(ABI2)、bZIP转录因子超家族蛋白、碱性亮氨酸拉链型转录因子基因(ABI5)、aba响应元件结合因子1基因(ABF1)、G-box结合因子基因(GBFs)、aba响应元件结合因子基因(ABF)。以上差异基因将作为后期进行基因表达和功能分析的参考基因,并联合蛋白质组学深入分析影响甘蔗宿根性的分子机制。

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