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香蕉基因组密码子使用偏好性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 黄羽 1 ; 卢江 2 ; 魏征 3 ; 尹玲 2 ;

作者机构： 1.广西农业科学院葡萄与葡萄酒研究所

2.广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室

3.中国农业大学食品科学与营养工程学院

关键词： 香蕉;基因组;密码子偏好性;最优密码子

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2017 年 48 卷 01 期

页码： 14-19

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】分析香蕉基因组的密码子组成及使用偏好性,探讨影响密码子偏好性形成的主要因素,为提高香蕉外源基因的表达水平及转基因抗病育种提供参考。【方法】以香蕉基因组的36242条高置信蛋白编码基因CDS序列为研究对象,运用Codon W 1.4.4统计分析香蕉基因组的密码子组成及使用参数,确定最优密码子,并分析密码子使用参数间相关性。【结果】从香蕉基因组数据中筛选获得36242个高置信蛋白编码基因CDS序列,平均长度为1035 bp,GC含量为3.0%~75.8%,其中低于20.0%的仅13个序列,全基因组中GC总含量为50.4%;同义密码子第3位出现G或C的频率为52.9%,比出现A或T的频率高。香蕉基因组的有效密码子数(ENC)介于20.0~61.0,平均为50.7;共有17个最优密码子,其中有15个密码子的第3位是G或C;基因编码区的长度和ENC存在正相关,随着基因编码区长度的增加,对以G或C结尾的密码子使用偏好性逐渐降低,且编码区长度为400~600 bp的基因具有较高的基因表达水平。【结论】香蕉基因组中多数基因的密码子使用偏好性较弱,但少部分基因具有强偏好性,偏好使用以G或C结尾的密码子,且偏好性受核苷酸组成、基因突变及自然选择等因素的影响。

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