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基于CGE技术的甘蔗SSR-PCR反应体系优化

文献类型： 中文期刊

作者： 陈忠良 1 ; 秦翠鲜 1 ; 汪淼 1 ; 刘丽敏 1 ; 李杨瑞 1 ; 黄东亮 1 ;

作者机构： 1.广西农业科学院甘蔗研究所/中国农业科学院甘蔗研究中心/广西甘蔗遗传改良重点实验室/农业部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室

关键词： 甘蔗;SSR分子标记;毛细管凝胶电泳(CGE);反应体系;遗传分析

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2016 年 47 卷 09 期

页码： 1463-1469

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】优化基于毛细管凝胶电泳(CGE)技术的甘蔗SSR-PCR反应体系,为甘蔗遗传多样性和亲缘关系研究、分子辅助育种及遗传图谱构建提供技术支持。【方法】基于CGE技术,采用正交试验设计,选择dNTPs浓度、DNA聚合酶量、引物浓度和DNA模板量为考察因素进行优化,确定最佳SSR-PCR反应体系,并用于8个甘蔗种质资源材料的遗传多样性分析。【结果】最佳SSR-PCR反应体系(20μL):dNTPs浓度0.15 mmol/L,DNA聚合酶1.5 U,引物浓度0.50μmol/L,DNA模板量25 ng。利用该体系对8份来自不同国家地域的甘蔗种质材料进行遗传多样性分析,发现8对SSR引物共扩增出101个片段,其中多态性片段为93个,多态性比率为92.1%。聚类分析结果表明,参试材料间的遗传相似性系数为0.521~0.871,在相似性系数为0.614处,所有参试材料可分为两大类,3份国外种质材料PINDAR、CP72-1210、CP84-1198与ROC20、GT69-156聚为一类;而ROC26、GT02-237和GT97-69聚为另一类。【结论】基于CGE技术的SSR-PCR反应体系检测结果稳定,重复性好,适用于甘蔗的遗传分析及遗传作图。

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