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香蕉全基因组NBS抗病基因密码子使用偏好性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 曲俊杰 ; 孙嘉曼 ; 尹玲 ; 黄羽 ;

关键词： 香蕉;NBS;密码子偏好性

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2017 年 03 期

页码： 883-889

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了解香蕉NBS抗病基因的密码子使用特点,掌握其基因编码规律,以香蕉全基因组NBS基因的74条高置信蛋白编码信息为数据来源,借助Codon W等软件对蛋白质的每个氨基酸编码数据进行了统计分析。结果表明,G+C含量范围为32.8%~45.4%,共鉴定获得了GUC和UAC等8个最优密码子且全部以G或C结尾。中性绘图分析发现,大部分基因分布在对角线及其附近区域,ENC与GC3的关联分析显示大部分基因落在标准曲线附近,这些都表明密码子偏好性受到碱基突变影响较大。密码子各参数相关性分析表明,ENC和G3s、C3s的大小都呈显著负相关,在基因表达密码子使用时,更倾向于选择第三位碱基是G/C的同义密码子。本研究分析了香蕉全基因组NBS基因的密码子偏好性,为通过密码子优化来提高NBS基因在香蕉中的表达,对香蕉进行抗性改良具有十分重要的指导作用。

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