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广西莪术EST-SSR标记开发

文献类型： 中文期刊

作者： 郭嗣斌 1 ; 王建 1 ; 刘平武 1 ; 李孝琼 1 ; 苏伟敏 1 ; 靳雅慧 1 ;

作者机构： 1.柳州市妇幼保健院;广西农业科学院水稻研究所/广西水稻遗传育种重点实验室;广西中医药大学药学院;广西大学

关键词： 广西莪术;EST-SSR;引物开发

期刊名称： 现代中药研究与实践

ISSN： 1673-6427

年卷期： 2017 年 02 期

页码： 12-16

摘要： 目的利用NCBI公布的姜黄EST序列,挖掘SSR位点,开发近缘种广西莪术EST-SSR标记。方法下载NCBI公布的姜黄EST序列,利用SSR-FINDER搜索SSR位点,采用Primer5.0设计SSR引物,挑选30个表现型差异较大的广西莪术进行有效性及多态性检测。结果 12 678条EST序列含有SSR位点1 243个,其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多,分别占50.36%,31.54%,以AT/TA和CT/GA出现频率最高。利用Primer5.0设计引物共325对,PCR检测表明,104对引物可以扩增出稳定清晰的带型;在至少30份不同种质广西莪术中检测到48对SSR引物具有多态性,占设计引物的38.09%。结论姜黄EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR标记开发效率较高。

  • 相关文献

[1]广西莪术EST-SSR标记开发及其在遗传多样性分析中的应用. 杨妮,郭嗣斌,王建,刘平武,李孝琼,谢巍,苏伟敏,靳雅慧. 2017

[2]SSR分子标记的开发技术研究进展. 张君诚,吴为人. 2002

[3]EST sequencing and SSR marker development from cultivated peanut (Arachis hypogaea L.). Li, Meng Jun,Xiao, Han,Wang, Xing Jun,Xia, Han,Zhao, Chuan Zhi,Bi, Yu Ping,Tang, Rong Hua. 2010

[4]广西部分地区野生茶树遗传关系EST-SSR标记分析. . 2019

[5]不同耐寒甘蔗品种的SSR标记分析. 贤武,周会,梁强,桂意云,覃丽翻,杨荣仲. 2012

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