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香蕉枯萎病菌4号生理小种密码子使用偏好性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 曲俊杰 1 ; 孙嘉曼 1 ; 蒋胜理 1 ; 尹玲 2 ;

作者机构： 1.;广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室;广西农业科学院

2.;广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室;广西农业科学院;

关键词： 香蕉枯萎病;4号生理小种;密码子偏好性

期刊名称： 中国南方果树

ISSN： 1007-1431

年卷期： 2017 年 03 期

页码： 8-13

收录情况： 北大核心

摘要： 为了解香蕉枯萎病4号生理小种基因组的密码子使用特点,掌握其基因编码规律,以香蕉枯萎病4号生理小种基因组的13 303条高置信蛋白的编码信息为数据来源,借助CodonW等软件对蛋白质的每个氨基酸编码数据进行统计分析,研究获得了UCC和CCC等8个密码子为最优密码子,第三个碱基为C的密码子具有更高的选择性。进一步统计分析了mRNA的编码区长度,发现密码子使用偏好性随着编码区的延长而降低,较长编码区的基因对密码子的使用无显著偏好性,为建立和优化香蕉枯萎病菌的遗传转化系统具有直接的指导作用。

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