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SSR等位变异数对普通野生稻居群遗传结构分析的影响

文献类型： 中文期刊

作者： 陈成斌 1 ; 张万霞 2 ; 时津霞 2 ; 任军方 2 ;

作者机构： 1.广西农业科学院水稻研究所

2.中国农业科学院作物品种资源研究所

关键词： 普通野生稻;居群;微卫星;等位变异;遗传结构;矩阵相关检测

期刊名称： 中国水稻科学

ISSN： 1001-7216

年卷期： 2005 年 19 卷 04 期

页码： 297-302

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 运用矩阵相关检测及聚类分析比较相结合的方法,在对广西玉林普通野生稻居群进行遗传结构分析中,从260至60每降低20个等位变异进行梯度取样,研究了不同SSR等位变异相似系数矩阵与总等位变异相似系数矩阵之间的相关关系。结果表明:1)当等位变异数为200时,居群内个体间的遗传关系与总变异数为277时个体间遗传关系的相关系数高达99.5%,达到极显著标准;如果将等位变异数梯度降低到10,则所有4个群体分别在等位变异数为180、190、210和200时与总变异数为277时个体间遗传关系的相关系数达到99.5%。2)当等位变异数减少到60时,其相关系数也达到95.0%的显著相关。3)所有4个群体在其相似系数达到99.5%时的聚类图与总变异数为277时的聚类图基本一致,只有个别样品在聚类图中的位置略有变化,但其相似系数为95.0%时聚类图与总变异数为277时的聚类图差异非常明显。因此,在进行普通野生稻居群遗传结构分析时,选择均匀分布于基因组的SSR引物并得到200个左右的等位变异时就能精确地获得居群内个体间的遗传关系。由于水稻SSR引物在野生稻居群遗传结构分析中的平均等位基因数约为4,所以,50对引物即能反映居群内个体间的遗传关系。

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