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栽培种西番莲完全型SSR的高通量鉴定及标记开发

文献类型： 中文期刊

作者： 吴艳艳 1 ; 黄伟华 1 ; 黄永才 1 ; 刘洁云 1 ; 田青兰 1 ; 牟海飞 1 ; 李小泉 1 ;

作者机构： 1.广西农业科学院生物技术研究所

关键词： 西番莲;完全型SSR;高通量;分子标记

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2018 年 16 卷 20 期

页码： 6738-6743

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： SSR标记具有多态性高、重复性好、共显性等特点,易被用来开发高效简单实用的分子标记。为了丰富栽培种西番莲分子标记的种类和数量,本研究利用生物信息学方法对栽培种西番莲基因组中的完全型SSR进行高通量鉴定,获得13 104个完全型SSR。SSR核心序列结构主要为2～4个碱基,数量最多的为TA、AT、TC和AG,重复次数最高达到20次。利用生物信息学软件开发出12 934对SSR标记,并选取了其中20对标记在西番莲MTX与WJ10中进行了扩增特异性评估,结果显示多态率达60%。西番莲栽培种SSR标记的大量开发为西番莲种质资源的高效利用、品种的遗传改良及分子育种提供了技术支持。

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