科研产出
基于BSA重测序的辣椒CMS恢复基因连锁分子标记开发
《热带作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：三系配套是辣椒育种的主要研究方向,鉴定并开发辣椒恢复基因连锁标记是利用分子标记辅助选育恢复系的难点.本研究以自主选育的辣椒胞质雄性不育系 014A 和恢复系 014C 为亲本构建 F2 分离群体,经 χ2 测验可育与不育的分离比例符合 3∶1,表明辣椒胞质雄性不育育性恢复性状受 1 对显性基因控制.采用 BSA 法构建可育和不育极端DNA混池,全基因组重测序并与参考基因组比对,通过SNP-index法和Fisher检验将辣椒胞质雄性不育恢复基因定位于辣椒第 6 号染色体顶端 1.44~8.28 Mb的区域内.根据亲本间SNP/InDel差异设计引物,在亲本和极端池筛选多态性引物,得到能稳定扩增出特异条带的分子标记PP5 和OP59.这 2 个标记在极端群体验证中准确率均达到 100%;标记OP59 是共显性标记,位于恢复基因的候选基因T459-15819间区 17232 bp,该标记在不育群体准确率为 100%,在可育群体准确率为 97.21%;标记PP5 位于恢复基因的候选基因T459-15819下游 318 bp,该标记在不育群体和纯合可育群体准确率均为 100%,不能区分杂合可育类型.该研究获得与恢复基因紧密连锁 2 个标记为加速选育辣椒CMS恢复系奠定基础.
关键词： 辣椒 全基因组重测序 胞质雄性不育 恢复基因 分子标记
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禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1全基因组变异分析
《南方农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探究禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1的全基因组变异情况,为调控荔枝果实成熟期、解析焦核发生分子机制及选育焦核品种提供理论支持。【方法】通过荔枝种质资源普查发现1个禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1,对禾荔和GLL-1开展全基因组重测序（测序深度50×）,对比分析GLL-1全基因组变异情况。【结果】与禾荔相比,GLL-1果实明显较大,品质优良,特晚熟,种子变为焦核,可食率明显提高。从GLL-1基因组获得320858674个高质量的Clean reads,定位到荔枝参考基因组的高质量Clean reads数占比为96.07%,正确识别率大于Q20的碱基占比为96.48%,正确识别率大于Q30的碱基占比为91.38%,基因组GC含量为35.28%,覆盖度（大于1×的碱基占比）为97.62%。检测到9306084个单核苷酸多态性（SNP）位点和759887个小片段插入和缺失（Indel）位点,共导致12621个基因发生变异,其中发生非同义SNP突变的基因8451个,发生Indel的基因4170个。许多与花色素苷生物合成相关的MYB、bHLH、WD40转录因子家族基因及参与ABA信号转导的重要家族基因（bZIP、WRKY、MAPK及PPR）均发生突变。【结论】MYB、bHLH、WD40、bZIP、WRKY、MAPK及PPR等家族基因的突变可能是导致GLL-1果实特晚熟及焦核发生的一个主要原因,推测其在调控荔枝果实发育和焦核发生中发挥关键作用。
关键词： 荔枝 焦核突变体 全基因组重测序 变异分析 SNP Indel
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