科研产出
广西辣椒病毒的sRNA深度测序和RT-PCR鉴定
《园艺学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：采用小RNA(sRNA)深度测序技术,结合RT-PCR技术对广西9个辣椒主产区具有典型病毒病症状的病样进行检测,共发现10种病毒,其中小米椒内源RNA病毒1(Capsicum frutescens endornavirus 1,CFEV 1)、辣椒潜隐病毒 2(pepper cryptic virus 2,PCV 2)、烟草轻型绿花叶病毒(tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)和辣椒黄脉病毒(pepper vein yellows virus,PeVYV)是在广西辣椒上首次发现,且CFEV 1在中国是首次发现.10种病毒在75份辣椒病样中的总检出率为8.00%~66.67%,前5位依次为辣椒脉斑驳病毒(chilli veinal mottle virus,ChiVMV,66.67%)、甜椒脉斑驳病毒(pepper veinal mottle virus,PVMV,62.67%)、黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV,41.33%)、CFEV 1(32.0%)以及PCV 2(26.67%).ChiVMV、PVMV、CMV和CFEV 1在广西7~9个辣椒主产区广泛分布,推测为优势病毒.除桂林外,其他8个辣椒主产区均含以上4种优势病毒中的1~3种,但在桂林,这4种病毒的检出率偏低或检不出,其优势病毒种类是PMMoV和PCV2.广西辣椒病毒病复合侵染率为94.66%,3种(检出率42.67%)和4种(检出率24.00%)病毒复合侵染是主要形式.3种复合侵染中以ChiVMV+PVMV+CMV 和 ChiVMV+CFEV 1+ChiRSV 占比最高(均为 18.75%),4 种复合侵染中以 ChiVMV+PVMV+CMV+CFEV 1 占比最高(16.67%).
关键词： 辣椒 病毒病 小RNA 深度测序 RT-PCR 分子鉴定
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西瓜与枯萎病菌非亲和互作相关基因的分离及表达分析
《植物病理学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：从整体水平阐明西瓜对西瓜枯萎病菌1号生理小种的抗病分子机制和抗病相关基因的表达特征,以高抗枯萎病菌1号生理小种的西瓜品种"卡红(Calhoun Gray)"为试材,接种西瓜枯萎病菌和蒸馏水的根尖组织作为测验方(Tester)和驱动方(Driver),构建西瓜枯萎病菌胁迫的SSH-c DNA正向文库。利用反向Northern斑点杂交技术对文库中克隆进行杂交筛选。随机测序300个阳性克隆,序列比对分析,利用RT-PCR技术分析抗病相关基因的表达特性。259条EST成功测序,167条与已知基因具有较高的同源性,占全部ESTs的65.5%,其中与抗病和防卫相关的有64条23种,占24.7%;卡红对枯萎病菌1号生理小种的抗性相关基因主要涉及抗病信号传导、抗病防卫、转录因子、次生代谢合成和细胞保护等方面;Aquaporin和Peroxidase基因在接种后表达量均增加。Calhoun Gray对枯萎病菌侵染作出的反应是全方位多方面的,抗病相关基因主要集中在系统获得性抗性反应中,获得了一些Calhoun Gray与野生西瓜PI296341在与枯萎病生理小种1互作中差异表达的基因,为深入研究西瓜与枯萎病菌互作的分子机制以及关键基因的功能分析奠定基础。
关键词： 西瓜 枯萎病 抑制消减杂交 表达序列标签 RT-PCR
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广西蔗区甘蔗花叶病病毒种群分析
《南方农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确引起广西蔗区甘蔗花叶病的病原,为甘蔗抗花叶病育种、种质筛选及病害防控提供科学依据。【方法】从广西主要蔗区采集不同品种显症或不显症甘蔗叶片,提取RNA后采用甘蔗花叶病毒(SCMV)、高粱花叶病毒(Sr MV)、玉米矮化病毒(MDMV)和约翰逊草花叶病毒(JGMV)特异引物进行一步法RT-PCR检测,将目的片段克隆并测序;病毒CP基因序列在Gen Bank数据库中进行比对分析。【结果】在收集的48份样品中检测出Sr MV阳性33份,SCMV阳性2份,SCMV和Sr MV复合侵染1份,未检测到MDMV和JGMV。花叶病的发病率为75.0%,其中,Sr MV、SCMV及两种病毒复合侵染的发病率分别为68.8%、4.2%和2.1%。台糖系列及其他引进品种的甘蔗花叶病感病率较高,桂糖系列品种的感病率相对较低。【结论】甘蔗花叶病已在广西大部分蔗区发生,其致病原以Sr MV为主,SCMV零星发生,由SCMV和Sr MV复合侵染的甘蔗花叶病发生机率较低。广西蔗区可能存在其他种类病原病毒引起的甘蔗花叶病。
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甘蔗蔗糖磷酸合成酶SPSⅢ基因表达的初步研究
《南方农业学报 》 2012 CSCD
摘要：【目的】了解蔗糖磷酸合成酶基因在甘蔗中表达特性及其对甘蔗糖分积累影响的作用机理。【方法】以甘蔗品种桂糖28号(GT28)、拔地拉、新台糖20号(ROC20)、新台糖22号(ROC22)为供试材料,选取0叶、+1叶、幼嫩叶鞘、幼茎,通过半定量RT-PCR法对甘蔗SPSIII基因的表达进行分析。【结果】SPSIII在4个甘蔗基因型中的0叶、+1叶、幼嫩叶鞘和幼茎中均有表达,在GT284个不同部位的表达量较低,在拔地拉4个不同部位表达较均匀,在ROC204个部位中以嫩叶鞘的表达较高,在ROC22中以幼茎的表达较高。【结论】SPSIII在4个甘蔗基因型中的0叶和+1叶、幼嫩叶鞘和幼茎中均有表达,但SPSIII表达因甘蔗基因型不同而有所差异。
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复合侵染甘蔗的病原病毒RT-PCR检测
《中国农学通报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：根据甘蔗花叶病毒(sugarcane mosaic virus,SCMV)、高粱花叶病毒(sorghum mosaic virus,SrMV)和甘蔗黄叶病毒(sugarcane yellow leaf virus,SCYLV)外壳蛋白(CP)基因序列分别设计合成3对特异引物SCMV-F/R、SrMV-F/R和SCYLV-F/R,以表现花叶和黄叶复合症状的甘蔗叶片总RNA为模板,分别进行3种病毒单一RT-PCR检测,在SrMV和SCYLV特异引物RT-PCR反应体系中分别扩增到约850bp和630bp特异性片段。序列测定及同源性比对结果显示,850bp片段测序所得序列与浙江象山、临平和余杭SrMV分离物(GenBank登录号分别为AJ310194、AJ310195和AJ310198)对应序列同源性95%,630bp片段测序所得序列与广东、广西、福建SCYLV分离物(GenBank登录号分别为GU190165、GU190162、GU190159)对应序列同源性99%,表明该样品同时感染SrMV和SCYLV。在此基础上建立同时检测SrMV和SCYLV的一步双重RT-PCR体系,可检测1×10-6g病叶组织中的病毒,田间样品检测效果良好。
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广西黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)黄瓜分离物的RT-PCR检测及CP基因序列分析
《激光生物学报 》 2010 CSCD
摘要：利用黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber Green Mottle Mosaic Virus,CGMMV)的特异性引物对来自广西一温室栽培的黄瓜病样进行RT-PCR检测,结果扩增得到了与预期大小相符的目的片段(650 bp)。序列分析表明,该目的片段包含有CGMMV完整的CP基因序列、部分运动蛋白基因(MP)及3'端非编码区(3'-UTR)序列,其中CP基因全长486 bp,与已报道的CP基因序列同源性为91.2%～99.4%。经系统发育分折,明确该GX-CS分离物与日本、法国、印度等分离物属于CGMMV同一类群,并推测该分离物与广西的葫芦(GX-BG)分离物具有相同的起源关系。
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