基于SLAF-seq技术的石斛兰SNP标记开发及亲缘关系分析

崔学强; 黄昌艳; 邓杰玲; 李先民; 李秀玲; 张自斌; 《生物技术通报 》 2023 北大核心 CSCD

摘要：利用SNP标记技术对收集的石斛兰种质资源进行亲缘关系分析,为新品种选育亲本选择提供理论依据.以 60 份石斛兰种质资源为对象,用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)对种质进行SNP标记开发及亲缘关系分析.通过对各样品的测序数据进行统计,共获得 157.34 Mb Clean Reads数据,各样本Reads数据在 576 195-5 359 710 之间.样本平均测序质量值Q30为 93.85%,平均GC含量为 40.16%.通过测序数据分析,共获得 1 337 217 个SLAF标签,标签的平均测序深度为 9.63×,其中具多态性的SLAF标签有1 049 638个.共开发得到11 248 186个群体SNP标记,每个样品的SNP 标记数目介于694 015-6 367 379之间,SNP标记完整度为 2.71%-24.89%,杂合率为 1.13%-5.74%.对群体SNP 过滤,共获得 31 499 个高度一致性的有效SNP 标记.利用筛选获得的SNP标记构建系统发育树,60 份石斛兰种质资源被分为 3 个亚群,这 3 个亚群分别包含材料为 Q1:3 份,Q2:21份,Q3:36 份.种质聚类结果与形态学分类结果基本一致.利用SLAF-seq技术能高效、精确地开发出适用于石斛兰种质遗传分析的SNP标记,开发的SNP标记可为石斛兰育种、遗传图谱构建、品种鉴定以及农艺性状的关联分析等研究提供分子基础.

关键词： 石斛兰 SLAF-seq SLAF标签 SNP标记 群体结构 发育树 亲缘关系 遗传分析