科研产出
基于SLAF-seq技术的石斛兰SNP标记开发及亲缘关系分析
《生物技术通报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：利用SNP标记技术对收集的石斛兰种质资源进行亲缘关系分析,为新品种选育亲本选择提供理论依据.以 60 份石斛兰种质资源为对象,用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)对种质进行SNP标记开发及亲缘关系分析.通过对各样品的测序数据进行统计,共获得 157.34 Mb Clean Reads数据,各样本Reads数据在 576 195-5 359 710 之间.样本平均测序质量值Q30为 93.85%,平均GC含量为 40.16%.通过测序数据分析,共获得 1 337 217 个SLAF标签,标签的平均测序深度为 9.63×,其中具多态性的SLAF标签有1 049 638个.共开发得到11 248 186个群体SNP标记,每个样品的SNP 标记数目介于694 015-6 367 379之间,SNP标记完整度为 2.71%-24.89%,杂合率为 1.13%-5.74%.对群体SNP 过滤,共获得 31 499 个高度一致性的有效SNP 标记.利用筛选获得的SNP标记构建系统发育树,60 份石斛兰种质资源被分为 3 个亚群,这 3 个亚群分别包含材料为 Q1:3 份,Q2:21份,Q3:36 份.种质聚类结果与形态学分类结果基本一致.利用SLAF-seq技术能高效、精确地开发出适用于石斛兰种质遗传分析的SNP标记,开发的SNP标记可为石斛兰育种、遗传图谱构建、品种鉴定以及农艺性状的关联分析等研究提供分子基础.
关键词： 石斛兰 SLAF-seq SLAF标签 SNP标记 群体结构 发育树 亲缘关系 遗传分析
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基于ISSR标记的火龙果种质资源遗传多样性分析
《热带作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为明确火龙果种质资源的遗传多样性水平和亲缘关系,以69份火龙果核心种质为研究对象,采用ISSR分子标记进行火龙果遗传分析。结果表明:13条ISSR引物共检测到247个位点,其中多态性位点数为232个,多态性条带百分比（PPB）为93.93%,平均多态性信息含量（PIC）为0.9189;平均观测等位基因数（Na）为1.9084,有效等位基因数（Ne）为1.4606,期望杂合度（He）为0.2750,Nei氏基因多样性（H）为0.2616,香农信息指数（I）为0.4190。火龙果种质资源的遗传距离为0.0707～0.6741。基于遗传距离聚类分析结果,火龙果种质资源分为6大类群,第Ⅰ类群为红皮白肉类型,包括25份种质;第Ⅱ类群有19份种质,全部为红肉或紫红肉类型,包括红皮、青皮、橘黄皮类型;第Ⅲ类群包含类型较杂,包括粉肉、双色类型和水晶系列品种;第Ⅳ大类为黄皮白肉类型;第Ⅴ类和第Ⅵ类群均仅有一个种质,单独自聚一类。研究结果为火龙果种质资源的分类、保存与利用、遗传进化等研究及杂交组合选配提供理论指导和技术支持。
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基于SCoT分子标记的金花茶组植物种质资源遗传多样性分析
《中草药 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.10e计算种质间的遗传相似系数,用非加权平均距离法（UPGMA）进行聚类分析,构建系统发育进化树。结果从100条SCoT引物中筛选出13条引物共扩增出566条条带,其中多态性条带549条,多态性比率为97%,平均每条SCoT引物扩增的总条带数和多态性条带数分别为43.54、42.23条,多态性比率为89.74%～100.00%,平均为96.82%;27份金花茶组植物种质间的遗传相似系数为0.367～0.754。聚类分析结果显示,遗传相似系数在0.480处可将27份金花茶种质划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5组,遗传相似系数在0.511处第Ⅰ组被划分为a、b亚组,在0.517处第Ⅱ组被划分为c、d亚组,在0.508处第Ⅳ组被划分为e、f亚组。结论不同金花茶组植物种质间的遗传多样性丰富,SCoT分子标记多态性高,重复性好,可有效用于金花茶组植物种质资源遗传多样性分析,为金花茶组植物种质资源的鉴定保护、分子辅助育种和开发利用提供理论依据。
关键词： 金花茶组 种质资源 亲缘关系 遗传多样性 SCoT分子标记
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广西野生桃金娘亲缘关系的SRAP分析
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为弄清广西桃金娘资源的亲缘关系并发掘其优异种性,进行驯化或为将来选育种提供优异亲本材料。本研究采用SRAP技术对8份野生桃金娘种质进行亲缘关系分析,从99对SRAP引物中筛选出18对多态性好、分辨率高的引物。结果显示,18对引物共获得142条带,其中多态性位点107个,多态条带比率为75.35%,表明不同桃金娘种质基因型间存在着较丰富的遗传多样性;8份桃金娘种质的相似系数在0.680 0～0.795 0之间。在相似系数0.720 3处可将8份种质分为3大类群:类群1包括岑溪、昭平、容县;类群2包括北海、龙州小连城、桂林;类群3包括龙州大青山和龙州彬桥。试验材料中亲缘关系最近的是龙州大青山与龙州彬桥,亲缘关系最远的是桂林与岑溪。研究表明,SRAP分子标记可有效地应用于桃金娘种质亲缘关系研究,结果可为桃金娘种质的资源保存鉴定、亲本选配和遗传改良提供理论依据。
关键词： 桃金娘（Rhodomyrtus tomentosa） SRAP 亲缘关系
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8个番荔枝栽培品种的花粉形态扫描电镜观察
《南方农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：[目的]明确番荔枝常见栽培品种的花粉形态特征及各品种间的亲缘关系,为番荔枝品种的分类鉴定研究提供理论依据.[方法]利用冷场发射扫描电镜技术,对8个番荔枝栽培品种的花粉形状、花粉大小及花粉外壁纹饰等形态特征进行观察,并进行主成分和聚类分析.[结果]供试番荔枝品种的花粉外部形态均呈长球形,花粉以四合体形式存在,辐射对称,极面观呈近圆形或菱形或四角形,赤面观呈近椭圆形,无萌发沟;各品种的花粉形状、花粉大小及花粉外壁网孔密度和大小均存在差异,其中,花粉大小为489.46~721.80μm2,极轴长为25.85~31.10μm,赤道轴长为18.93~23.15μm;花粉外壁均为网状饰纹,网孔直径为0.22~0.33μm,网孔密度为1.61~2.60 n/μm2.非洲骄傲、吉夫纳和绿钻品种间的花粉大小、网孔直径和网孔密度等性状指标差异不明显,但与其他供试品种间存在显著差异(P<0.05).花粉大小、极轴长、赤道轴长等特征指标与花朵的长度、花径宽度、鲜重等性状指标呈负相关.主成分分析结果显示,花粉外壁纹饰、花粉大小和花粉形状的差异可作为番荔枝品种分类的参考依据.而聚类分析结果显示,非洲骄傲、吉夫纳和绿钻3个品种的亲缘关系较接近,归为一类;其余栽培品种归为另一类.[结论]花粉形状、花粉大小和花粉壁纹饰等性状指标的差异可用作番荔枝品种(系)间亲缘关系及分类鉴定的孢子学依据.
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金花茶组植物种质资源遗传多样性的iPBS分析
《西南农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：[目的]分析24份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源的鉴定和杂交育种提供参考依据.[方法]以毛瓣金花茶和夏石金花茶DNA样品进行引物筛选,从50条iPBS(Inter primer binding site)引物中筛选出稳定、清晰的引物对所有供试材料进行PCR扩增,利用非加权平均距离法(UPGMA)构建系统发育进化树,采用iPBS分子标记技术分析其遗传多样性.[结果]从50条iPBS引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在24份金花茶组植物种质资源中共扩增出280条条带,平均每条引物扩增条带数为28条,多态性条带268条,多态性比率为92.68%,平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon多样性信息指数(I)分别为1.9571、1.3544、0.2332和0.3767,表明金花茶组植物种质资源具有丰富的遗传多样性;24份金花茶组植物种质资源的遗传相似系数为0.543~0.836,在遗传相似系数0.680处,可将24份金花茶组植物种质资源聚为3组.[结论]iPBS分子标记多态性高,重复性好,便于操作,能有效进行金花茶组植物种质资源的遗传多样性分析,可供金花茶种质资源的品种鉴定、亲缘关系分析和分子辅助育种参考应用.
关键词： 金花茶组植物 种质资源 iPBS分子标记 遗传多样性 亲缘关系
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基于ISSR标记的卡特兰种质资源遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：[目的]分析卡特兰属(Cattleya)植物的遗传多样性并评价其亲缘关系,为卡特兰的品种鉴别、分类、遗传图谱构建及分子育种打下基础.[方法]采用ISSR分子标记技术,从100条ISSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物对18份卡特兰种质资源进行PCR扩增,并利用GenAlEx 6.51计算各种间的遗传多样性参数;采用NTSYS 2.1的非加权算术平均聚类(UPGMA)法进行聚类分析.[结果]利用筛选出的6条引物对供试材料进行PCR扩增获得153条谱带,多态性条带比率达100%;遗传多样性参数中,平均观测等位基因数(Na)为2.000个,平均有效等位基因数(Ne)为1.207个,平均Nei's遗传多样性指数(He)为0.157,平均Shannon信息多样性指数(I)为0.281;卡特兰种质资源间的遗传相似系数在0.6514 ~0.8991;UPGMA聚类分析结果表明,在相似系数0.749处,可将18份卡特兰种质资源划分为6个类群.[结论]卡特兰种质资源间具有丰富的遗传多样性;UPGMA聚类分析结果与传统的形态学分类结果基本一致,18份卡特兰种质资源分别隶属于卡特亚属、波浪边亚属、类匈伯加亚属、镰刀形花亚属、因特美地亚属、藕茎花亚属和圈聚花兰属7个属.
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SCoT分子标记在猕猴桃遗传多样性分析与变异鉴定上的应用
《农业生物技术学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：我国猕猴桃(Actinidia)种质资源极其丰富,可为猕猴桃遗传改良和资源利用提供广泛的背景材料,而从实生苗群中筛选变种是猕猴桃新品种培育途径之一。本研究以17份猕猴桃品种(系)(其中2份红阳变异系、1份金桃变异系)为材料,采用目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,SCoT)对其遗传多样性和变异进行分析。结果表明,基于优化后的适宜于猕猴桃SCoT-PCR反应体系,从64条引物中筛选出42条引物对17份猕猴桃材料扩增出487条清晰的条带,其中多态性条带为470条带,平均多态性比率为95.1%。17份猕猴桃材料之间的遗传距离范围在0.153~0.693,平均值为0.492。变异株桂乐1号、桂乐2号与对照红阳的遗传距离分别为0.276和0.299,金桃变异与金桃的遗传距离为0.539,3个变异株系均与对照有一定的亲缘关系与遗传距离。聚类分析表明,在遗传距离为0.460的水平上,可以将17份猕猴桃材料分为4组。桂乐1号、桂乐2号与对照红阳归为第Ⅲ组,金桃变异与对照金桃则未能聚为同一组。SCoT分子标记可以对猕猴桃性状变异进行初步鉴定,为进一步开展变异新品种的早期鉴定和保护提供技术参考,以及为猕猴桃种质资源遗传多样性分析及其分类提供理论支持。
关键词： 猕猴桃 遗传多样性 亲缘关系 变异鉴定 SCoT分子标记技术
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不同基因型甘蔗种质遗传特性分析
《江苏农业科学 》 2018 北大核心
摘要：为探明7份甘蔗原种和11份土著种的遗传多样性和亲缘关系,筛选出优良甘蔗种质和优良杂交亲本,利用7个产量农艺性状和9个品质工艺性状,对18份甘蔗种质进行遗传特性分析和聚类分析。7个产量农艺性状存在着不同程度的遗传变异,表现出不同程度的遗传分化,变异系数最大的是单茎质量,为31.09%。品质工艺性状遗传变异主要来自还原糖分和甘蔗纤维分,变异系数分别为74.50%、34.07%。聚类结果表明,18份甘蔗种质分成两大类,Ⅰ类和Ⅱ类;2个亚类群A类和B类;3个小类群B_1、B_2、B_3。其中,Ⅰ类属于早熟低糖种质,B2类属于高糖早熟种质,A类属于优良的高纤维种质,B_1类具有较大的株高、茎径、单茎质量和甘蔗出汁率,是高产材料改良育种的目标。Ⅰ类最先分开,遗传关系与Ⅱ类中的B3最远。
关键词： 甘蔗原种 遗传多样性 产量农艺性状 品质工艺性状 亲缘关系 聚类分析
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