科研产出
基于SNP标记揭示广西糯玉米地方品种的遗传多样性与群体遗传结构
《植物遗传资源学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了挖掘优异糯玉米种质资源，提高糯玉米育种效率，本研究利用10K玉米基因芯片对207个广西糯玉米地方品种和6份参考自交系进行全基因组扫描，解析广西糯玉米地方品种之间的遗传多样性与群体遗传结构。结果表明，广西糯玉米种群总体的遗传多样性较高，平均期望杂合度（He）为0.31，平均观察杂合度（Ho）为0.23，多态信息含量（PIC）平均值为0.25，最小等位基因频率（MAF）平均值为0.23。种群水平上，桂中区域的遗传多样性水平最高（He=0.32,Ho=0.24,MAF=0.24,PIC=0.26）。群体遗传结构分析将地方品种划分为4大类群，种群间遗传关系和类群归属与地理位置不完全相关，品种间总体遗传相似系数偏低，遗传多样性丰富。分子变异方差分析结果显示99%的遗传变异来自种群内。群体间遗传分化系数（FST）为0.008，群体间分化程度较低。研究结果确定了广西不同区域糯玉米地方品种多态性及亲缘关系，为广西糯玉米种质改良和指导新品种培育提供理论依据。
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基于SRAP分子标记的147份睡莲属植物遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】对147份睡莲属植物的遗传多样性及亲缘关系进行分析，为睡莲属种质资源保护、开发利用及新品种选育的亲本选择提供科学参考。【方法】筛选获得扩增条带清晰、多态性好的SRAP引物，对112份睡莲属植物种质和35份杂交后代进行多态性扩增，基于扩增结果构建0/1矩阵，利用Popgene 1.32计算遗传多样性相关参数。最后采用NTSYS 2.1的非加权组平均法（UPGMA）计算遗传相似系数和遗传距离并构建聚类图。【结果】利用筛选的10个引物对从147份睡莲属植物材料中扩增出207个条带，其中多态性条带207条，多态性比率100%，平均每对引物扩增20.7条。147份睡莲属植物的观测等位基因数（Na）为2.0000，有效等位基因数（Ne）为1.1777～1.3339，平均为1.2535,Shannon信息指数（I）为0.2459～0.3703，平均为0.3155,Nei’s遗传多样性指数（H’）为0.1345～0.2230，平均为0.1835。在遗传相似系数0.65和遗传距离为1.12时，均可将147份睡莲属植物材料划分为六大类，并依据10个引物对扩增的0/1矩阵构建了147份睡莲属植物材料的DNA分子身份证。【结论】睡莲属植物具有丰富的遗传多样性。采用SRAP分子标记可有效鉴定睡莲属植物材料的亲缘关系远近，有助于提高亲本选择率和育种进程。筛选出的10个引物对能有效地鉴定35份杂交后代。
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国内甘蔗种质资源表型性状的遗传多样性分析
《热带作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：对我国甘蔗种质资源表型性状进行分析,研究其遗传变异规律,为甘蔗遗传育种亲本的选择、核心种质群体的构建提供理论依据.以来自国内 8 个不同地区的 160 份甘蔗品种/亲本为材料,参照《甘蔗种质资源描述规范和数据标准》进行表型性状评价.结果表明:大部分性状表现出丰富的遗传多样性,20 个质量性状的多样性指数在 0.07~1.40之间,平均为 0.84,以芽型最大,茎形最小;5 个数量性状的变异系数(CV)在 8.74%~38.26%之间,平均为 17.69%,有效茎的变异系数最大(38.26%),株高的变异系数最小(8.74%),多样性指数(H')分布在 1.46~1.83 之间,平均为1.64,株高的多样性指数最高(1.83),有效茎的多样性指数最低(1.46);不同地区供试材料的平均变异系数为 13.56%~22.33%,来自海南的品种群体的变异系数最大(22.33%),数量性状的离散程度最大;来自福建的品种群体的变异系数最小(13.56%).以 4 个数量性状为基础的聚类分析将 160 份种质材料分为 7 类,其中,第 5 类占总资源量的 90.62%,该类群资源具有高产高糖的特性.该研究结果为甘蔗种质资源的利用、亲本选择及品种选育等提供重要参考.
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广西乐业野生春兰iPBS遗传多样性分析与指纹图谱构建
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析广西乐业县野生春兰种质资源的遗传多样性，构建其DNA指纹图谱，为野生春兰种质资源的分类和鉴定提供科学依据。【方法】采用iPBS分子标记分析收集于广西乐业县81份野生春兰种质资源和4个春兰栽培品种的多态性位点比率（PPL）、多态性信息含量（PIC）、观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性（He）和Shannon信息指数（I）。从83条iPBS引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物，对供试85份春兰种质的基因组DNA进行PCR扩增，统计凝胶电泳特征性谱带；采用POPGEN 1.32计算各野生春兰种质的遗传多样性指数，并基于其遗传相似系数进行UPGMA聚类；利用引物扩增条带多态性位点构建春兰种质数字指纹图谱。【结果】筛选出的6条引物扩增获得105条清晰谱带，其中，多态性条带95条，多态性比例为90.48%;85份春兰种质的平均PIC、平均Na、平均Ne、平均He和平均I分别为0.8050、1.7923、1.2204、0.2765和0.4590。供试春兰种质间的遗传相似性系数变辐为0.690～0.981,在相似系数0.704处，可将85份春兰种质划分为4个类群，其中，79个广西乐业野生春兰种质分布在第Ⅰ类群，第Ⅱ类群包括4个栽培品种，第Ⅲ和第Ⅳ类群分别只有1份广西乐业野生春兰种质。数字指纹图谱构建结果表明，利用2对iPBS引物（2249和2076）组合扩增的多态性位点即可将85份春兰种质全部区分，由此构建的乐业野生春兰种质数字指纹图谱可为野生春兰种质的鉴定提供科学依据。【结论】81份广西野生春兰种质表现出丰富的遗传多样性，基因交流较频繁，遗传背景相似。iPBS分子标记可用于春兰种质的鉴别及遗传多态性分析。
关键词： 野生春兰 iPBS 遗传多样性 DNA指纹图谱 广西乐业县
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基于ISSR与SCoT分子标记的赤苍藤种质遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《分子植物育种 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了选育赤苍藤优良品种，本研究利用ISSR与SCoT分子标记技术对24份赤苍藤种质资源进行遗传多样性分析。结果表明，11条ISSR引物共扩增出91个条带，其中多态性带条73个，平均每条引物扩增多态性条带6.6个；10条SCoT引物共扩增出102个条带，其中多态性条带86个，平均每条引物扩增多态性条带8.6个。基于ISSR与SCoT标记的遗传相似系数的范围分别是0.560 4～0.857 1和0.529 4～0.882 4，说明赤苍藤种内具有较为丰富的遗传变异，其遗传多样性的表现与地理位置的相关性不显著。ISSR与SCoT标记分别在遗传相似系数0.72和0.69处可将24份赤苍藤种质聚为3类，两种分子标记的聚类结果基本相同。此外，在此研究基础上通过2条ISSR引物组合（UBC824, UBC827）和2条SCoT引物组合（SCoT-2, SCoT-27）分别构建了赤苍藤种质的DNA指纹图谱。本研究为赤苍藤种质资源的保护与利用、品种的鉴定与分类、选育与改良提供了理论依据。
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广西壮瑶药瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系建立及引物筛选
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】建立瘤果紫玉盘SCoT-PCR最佳反应体系，并筛选出适宜的SCoT引物，为瘤果紫玉盘种质鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析提供理论参考。【方法】以广西河池、百色、柳州、南宁4份瘤果紫玉盘野生种质为试材，通过单因素试验和正交试验对瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系的DNA模板用量、引物用量和Mix预混液用量3个因素进行优化，并使用优化后最佳反应体系进行SCoT引物筛选。最后将SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的引物用于瘤果紫玉盘种质的遗传多样性分析。【结果】单因素试验结果显示，DNA模板用量为40～70 ng，引物（10μmoL/L）用量为1.0～1.4μL,Mix预混液用量为9.0～12.0μL范围内扩增效果较好，通过L16（4~3）正交试验确定瘤果紫玉盘的SCoT-PCR最佳反应体系20.0μL:DNA模板（40 ng/μL）1.0μL，引物（10μmoL/L）1.2μL,Mix预混液10.0μL,7.8μL ddH2O。利用最佳反应体系筛选出26条适用于瘤果紫玉盘的SCoT引物，并确定了各引物最适的退火温度。26条SCoT引物在4份瘤果紫玉盘材料中共扩增出305个基因位点，其中多态性位点204个，多态性比率为66.89%，平均每条引物扩增出11.7个基因位点，有8.7个多态性位点。4份瘤果紫玉盘种质的平均等位基因数（Na）为1.7377，平均有效等位基因数（Ne）为1.5344,Nei’s基因多样性指数（H′）为0.3053,Shannon指数（I）为0.4449。4份瘤果紫玉盘间的遗传相似系数为0.5443～0.6492，遗传距离为0.4320～0.6083，说明4份瘤果紫玉盘种质间存在较大的遗传变异，遗传多样性水平较高。【结论】建立的SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的26条SCoT标记引物扩增效果较好，可用于瘤果紫玉盘种质资源的鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析。
关键词： 瘤果紫玉盘 SCoT-PCR 反应体系优化 引物筛选 遗传多样性
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基于SSR荧光标记构建睡莲核心种质
《园艺学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：采用SSR荧光标记技术对240份睡莲资源进行遗传多样性分析;利用Structure软件分析其群体结构,采用主成分分析和聚类分析进行验证;基于最小距离逐步取样法构建核心种质并进行t筛选验证。结果表明,16对SSR荧光引物共检测到205个等位基因,平均Shannon’s信息指数（I）为0.2036,Nei’s基因多样性指数（H）为0.1168,有效等位基因数（Ne）为1.1697,表明睡莲的遗传多样性丰富。Structure软件分析结果显示最优的群体数K值为3,群体间有少量种质混杂;群体结构分析将240个睡莲品种（种）分为3个类群。采用最小距离逐步取样法,按70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%和10%的比例取样,各个核心子集遗传多样性指数总体上变化不明显;最终确立了15%的取样比例,包含36个睡莲品种（种）核心种质,其中Shannon’s信息指数（I）保留率为117%,Nei’基因多样性指数（H）保留率为118%,有效等位基因数（Ne）保留率为102%。t检验结果表明,构建的包含36个睡莲品种（种）的核心种质与原始种质的遗传参数无显著差异,能充分代表原始种质的多样性。
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29个兜兰属物种的表型多样性及亲缘关系研究
《植物遗传资源学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：兜兰属植物花型奇特、色彩绚丽、观赏期长，极具观赏价值和经济价值。兜兰属的分类存在较大争议。本研究对迁地保存的29个兜兰属物种的27个表型性状进行了多样性分析和相关性分析，并在此基础上分析了29个兜兰属物种的亲缘关系。结果表明，兜兰属植物表型性状多样性十分丰富。17个数量性状的遗传多样性指数（H’）变化范围为0.7834～2.0318，其中遗传多样性指数大于2.0的强变异性状是花自然长度和花自然宽度，遗传多样性指数小于1.0的弱变异性状是着花数；10个质量性状的遗传多样性指数变化范围为0.5098～1.1241，其中花瓣形态和唇瓣主色多样性指数较高，均超过了1.0，较小的是假雄蕊底部有无凹缺和花药特征。从多样性分析结果可以看出，29个兜兰属物种的表型性状种间差异较大，具有较高的多样性。17个数量性状的变异系数（CV）在18.22%～59.09%之间，其中花瓣长/花瓣宽和花葶长变异系数均超50%，说明兜兰种间表型性状的离散程度较大。相关性分析表明不同种各个表型性状关系密切且复杂。主成分分析筛选出5个特征值大于1的主成分，累计贡献率达84.176%，能够反映兜兰表型性状的绝大部分信息，且花部器官的性状和指标对表型多样性影响很大。亲缘关系分析表明，29种兜兰被分为6大类群，与前人其他分类方法结果相似，但也存在一定的差异。
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SSR荧光标记毛细管电泳分析24个广西常规香稻品种的遗传多样性
《热带作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：分析香稻品种的遗传多样性和理清香稻品种之间的亲缘关系，可为选育优质香稻品种提供参考。为分析广西审定的24个常规香稻品种的遗传多样性，明确其遗传差异，本研究利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对24个广西常规香稻品种进行遗传多样性分析。结果表明，48对SSR引物共检测出170个等位基因位点；遗传多样性参数中观测等位基因数（Na）变化幅度为1～9，平均为3.54；有效等位基因数（Ne）的变化幅度为1～4.5534，平均为2.0736，其中有效等位基因数最高是RM21，其次是RM481、RM493和RM258，说明这4对引物有较高的检测效率；Shannon’s指数（I）的变化幅度为0～1.7942，平均为0.7726；多态信息含量（PIC）值的变化幅度为0～0.7541，平均为0.3732，属于中度多态位点，说明24个广西常规香稻品种具有一定的遗传变异。24个品种遗传相似系数范围为0.3299～0.9600，其中‘三香628’与‘农香32’遗传相似系数最小，说明这2个品种遗传基础差异最大，亲缘关系最远，‘万香696’与‘广粮香2号’遗传相似性系数最大，说明这2个品种遗传基础差异较小，亲缘关系接近。聚类分析结果显示24个广西常规香稻品种在相似系数0.504处可以分为3个大类群和4个亚类群，第Ⅰ大类2个品种，第Ⅱ大类19个品种，第Ⅲ大类3个品种；第Ⅱ大类在相似系数0.624处可分为4个亚类，第ⅰ亚类1个品种，第ⅱ亚类14个品种，第ⅲ亚类3个品种，第ⅳ亚类1个品种。研究结果表明24个广西常规香稻品种具有一定的遗传多样性，但不够丰富。以数字编码形式构建24个广西常规香稻品种的DNA指纹图谱。其分析结果可为广西常规香稻品种选育和鉴定提供参考。
关键词： 广西 常规香稻 SSR荧光标记 毛细管电泳 遗传多样性
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