科研产出
蛋黄果SCoT-PCR反应体系的建立与优化
《中国南方果树 》 2024 北大核心
摘要：为建立和优化蛋黄果SCoT-PCR反应体系,以"仙桃1号"蛋黄果为试材,SCoT1为引物,采用L16(45)正交试验,对影响SCoT-PCR反应的DNA、Mg2+、dNTPs、引物及Taq聚合酶等因素进行优化;并选用3份地理位置相距较远的蛋黄果种质为模板,对优化反应体系进行验证.结果表明,不同因素对蛋黄果SCoT-PCR反应体系的影响存在差异,但不显著,其中最大的影响因素是Taq聚合酶含量,其次是dNTPs浓度、模板DNA含量、引物浓度和Mg2+浓度.蛋黄果SCoT-PCR 最佳反应体系(20 μL)为模板 DNA 80 ng、3 mmol/L Mg2+、0.25 mmol/L dNTPs、0.4 μmol/L引物、Taq 2 U.在该体系下,3份蛋黄果种质均能稳定扩增出清晰明亮、数目丰富且稳定性高的条带,说明优化的SCoT-PCR反应体系适用于蛋黄果SCoT分子标记.
关键词： 蛋黄果 SCoT-PCR 正交试验 Taq聚合酶 dNTPs浓度
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药食同源蔬菜赤苍藤SCoT分子标记体系的优化及引物筛选
《中国瓜菜 》 2023 北大核心
摘要：笔者以24份不同来源地的野生赤苍藤种质为试验材料,采用L9(33)正交试验对赤苍藤SCoT-PCR反应体系进行优化,并通过优化后的体系进行引物筛选,结果表明,PCR体系中各因素对多态性结果的影响程度排序为DNA模板量>引物用量>2×Taq Master Mix用量.最佳反应体系(20μL)为1μL DNA模板(50 ng·μL-1)、1.2μL引物(10μmoL·μL-1)、10μL 2×Taq Master Mix和7.8μL ddH2O.通过该体系从36条SCoT引物中筛选出14条稳定性好、多态性高的引物,并确定了最佳退火温度.该体系的建立和引物的筛选将为后续开展赤苍藤种质资源收集与保护、遗传多样性研究和分子育种提供参考依据.
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广西壮瑶药瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系建立及引物筛选
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】建立瘤果紫玉盘SCoT-PCR最佳反应体系，并筛选出适宜的SCoT引物，为瘤果紫玉盘种质鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析提供理论参考。【方法】以广西河池、百色、柳州、南宁4份瘤果紫玉盘野生种质为试材，通过单因素试验和正交试验对瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系的DNA模板用量、引物用量和Mix预混液用量3个因素进行优化，并使用优化后最佳反应体系进行SCoT引物筛选。最后将SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的引物用于瘤果紫玉盘种质的遗传多样性分析。【结果】单因素试验结果显示，DNA模板用量为40～70 ng，引物（10μmoL/L）用量为1.0～1.4μL,Mix预混液用量为9.0～12.0μL范围内扩增效果较好，通过L16（4~3）正交试验确定瘤果紫玉盘的SCoT-PCR最佳反应体系20.0μL:DNA模板（40 ng/μL）1.0μL，引物（10μmoL/L）1.2μL,Mix预混液10.0μL,7.8μL ddH2O。利用最佳反应体系筛选出26条适用于瘤果紫玉盘的SCoT引物，并确定了各引物最适的退火温度。26条SCoT引物在4份瘤果紫玉盘材料中共扩增出305个基因位点，其中多态性位点204个，多态性比率为66.89%，平均每条引物扩增出11.7个基因位点，有8.7个多态性位点。4份瘤果紫玉盘种质的平均等位基因数（Na）为1.7377，平均有效等位基因数（Ne）为1.5344,Nei’s基因多样性指数（H′）为0.3053,Shannon指数（I）为0.4449。4份瘤果紫玉盘间的遗传相似系数为0.5443～0.6492，遗传距离为0.4320～0.6083，说明4份瘤果紫玉盘种质间存在较大的遗传变异，遗传多样性水平较高。【结论】建立的SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的26条SCoT标记引物扩增效果较好，可用于瘤果紫玉盘种质资源的鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析。
关键词： 瘤果紫玉盘 SCoT-PCR 反应体系优化 引物筛选 遗传多样性
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葛根SCoT-PCR反应体系优化及引物筛选
《南方农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】优化葛根SCoT-PCR反应体系,筛选适用于葛根的SCoT引物,为利用SCoT分子标记进行葛根种质资源鉴定、遗传多样性分析及分子标记辅助育种提供技术支持。【方法】采用正交设计对SCoT-PCR反应体系中的DNA模板量、dNTPs浓度、Mg~(2+)浓度、Taq DNA聚合酶量和引物浓度5个因素进行优化,利用最佳SCoT-PCR反应体系筛选出适用于葛根的SCoT引物,并对该体系进行验证。【结果】最佳葛根SCoT-PCR反应体系20.00μL:DNA模板50.00 ng,dNTPs 0.25 mmol/L,Mg~(2+)1.50 mmol/L,引物0.80μmol/L,Taq DNA聚合酶0.50 U。利用该体系从36条SCoT引物中筛选出35条可从葛根中扩增出清晰条带的引物。使用3条引物对18个葛根材料进行PCR扩增,PCR产物表现出良好的重复性、稳定性和丰富的多态性。【结论】建立的最佳葛根SCoT-PCR反应体系和筛选获得的35条SCoT引物可适用于葛根种质资种鉴定、遗传多样性分析、相关分子标记开发等研究。
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