科研产出
基于SSR荧光标记构建睡莲核心种质
《园艺学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：采用SSR荧光标记技术对240份睡莲资源进行遗传多样性分析;利用Structure软件分析其群体结构,采用主成分分析和聚类分析进行验证;基于最小距离逐步取样法构建核心种质并进行t筛选验证。结果表明,16对SSR荧光引物共检测到205个等位基因,平均Shannon’s信息指数（I）为0.2036,Nei’s基因多样性指数（H）为0.1168,有效等位基因数（Ne）为1.1697,表明睡莲的遗传多样性丰富。Structure软件分析结果显示最优的群体数K值为3,群体间有少量种质混杂;群体结构分析将240个睡莲品种（种）分为3个类群。采用最小距离逐步取样法,按70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%和10%的比例取样,各个核心子集遗传多样性指数总体上变化不明显;最终确立了15%的取样比例,包含36个睡莲品种（种）核心种质,其中Shannon’s信息指数（I）保留率为117%,Nei’基因多样性指数（H）保留率为118%,有效等位基因数（Ne）保留率为102%。t检验结果表明,构建的包含36个睡莲品种（种）的核心种质与原始种质的遗传参数无显著差异,能充分代表原始种质的多样性。
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广西普通野生稻种质资源抗褐飞虱评价与SSR遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]探究76份广西普通野生稻种质对褐飞虱的抗性与遗传多样性,为优异抗性水稻种质资源的合理利用提供参考依据.[方法]对来自临桂、贵港、邕宁、博白、横州、扶绥、玉林和防城港8个居群的76份广西普通野生稻种质资源进行苗期抗褐飞虱鉴定,利用筛选出的62对SSR引物对供试材料进行遗传多样性分析,采用Structure ver 2.3.4进行群体遗传结构分析,并构建聚类图,利用GenAlEx 6.5分析居群间的遗传分化系数和基因流,并进行不同类群的分子方差分析.[结果]广西普通野生稻种质资源褐飞虱抗性鉴定表明,表现为高抗、抗、中抗、中感的材料分别有7、34、31和4份.遗传多样性分析中,76份材料中共检测到669个等位基因,平均每个位点含10.79个等位基因,等位基因数变幅为4~19个,其中稀有等位基因348个,占总数的52.02%,平均每个位点含5.613个;主要等位基因频率变异范围在0.158~0.855,平均为0.373;Nei's基因多样性指数(He)变异范围为0.260~0.894,平均为0.754;多态信息含量(PIC)的变异范围为0.248~0.885,平均值为0.727.8个居群He表现为防城港>邕宁>贵港>博白>扶绥>横县>玉林>临桂,种质褐飞虱抗性与居群纬度和He无显著相关性(P>0.05),居群纬度与居群He的相关系数r为-0.822,达显著水平(P<0.05).遗传结构分析显示,K=3时,供试种质可分为3个类群,与聚类分析结果相似;8个居群两两之间有85.71%的居群间表现为中等程度的遗传分化;基因流分析表明,防城港、博白、邕宁居群之间及贵港与扶绥之间基因交流频繁.AMOVA分析表明,遗传变异来源主要为个体内与个体间,群组间的变异比例较小.[结论]76份广西普通野生稻种质对褐飞虱表现出较好抗性与丰富的遗传多样性,结合现代分子生物学技术鉴定新的褐飞虱抗性基因和优异等位基因,并转育创新抗性新种质,可用于培育多抗优质水稻品种.
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广西乐业野生春兰iPBS遗传多样性分析与指纹图谱构建
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析广西乐业县野生春兰种质资源的遗传多样性，构建其DNA指纹图谱，为野生春兰种质资源的分类和鉴定提供科学依据。【方法】采用iPBS分子标记分析收集于广西乐业县81份野生春兰种质资源和4个春兰栽培品种的多态性位点比率（PPL）、多态性信息含量（PIC）、观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性（He）和Shannon信息指数（I）。从83条iPBS引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物，对供试85份春兰种质的基因组DNA进行PCR扩增，统计凝胶电泳特征性谱带；采用POPGEN 1.32计算各野生春兰种质的遗传多样性指数，并基于其遗传相似系数进行UPGMA聚类；利用引物扩增条带多态性位点构建春兰种质数字指纹图谱。【结果】筛选出的6条引物扩增获得105条清晰谱带，其中，多态性条带95条，多态性比例为90.48%;85份春兰种质的平均PIC、平均Na、平均Ne、平均He和平均I分别为0.8050、1.7923、1.2204、0.2765和0.4590。供试春兰种质间的遗传相似性系数变辐为0.690～0.981,在相似系数0.704处，可将85份春兰种质划分为4个类群，其中，79个广西乐业野生春兰种质分布在第Ⅰ类群，第Ⅱ类群包括4个栽培品种，第Ⅲ和第Ⅳ类群分别只有1份广西乐业野生春兰种质。数字指纹图谱构建结果表明，利用2对iPBS引物（2249和2076）组合扩增的多态性位点即可将85份春兰种质全部区分，由此构建的乐业野生春兰种质数字指纹图谱可为野生春兰种质的鉴定提供科学依据。【结论】81份广西野生春兰种质表现出丰富的遗传多样性，基因交流较频繁，遗传背景相似。iPBS分子标记可用于春兰种质的鉴别及遗传多态性分析。
关键词： 野生春兰 iPBS 遗传多样性 DNA指纹图谱 广西乐业县
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基于ISSR与SCoT分子标记的赤苍藤种质遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《分子植物育种 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了选育赤苍藤优良品种，本研究利用ISSR与SCoT分子标记技术对24份赤苍藤种质资源进行遗传多样性分析。结果表明，11条ISSR引物共扩增出91个条带，其中多态性带条73个，平均每条引物扩增多态性条带6.6个；10条SCoT引物共扩增出102个条带，其中多态性条带86个，平均每条引物扩增多态性条带8.6个。基于ISSR与SCoT标记的遗传相似系数的范围分别是0.560 4～0.857 1和0.529 4～0.882 4，说明赤苍藤种内具有较为丰富的遗传变异，其遗传多样性的表现与地理位置的相关性不显著。ISSR与SCoT标记分别在遗传相似系数0.72和0.69处可将24份赤苍藤种质聚为3类，两种分子标记的聚类结果基本相同。此外，在此研究基础上通过2条ISSR引物组合（UBC824, UBC827）和2条SCoT引物组合（SCoT-2, SCoT-27）分别构建了赤苍藤种质的DNA指纹图谱。本研究为赤苍藤种质资源的保护与利用、品种的鉴定与分类、选育与改良提供了理论依据。
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紫花羊耳蒜SNP标记开发及居群遗传多样性分析
《北方园艺 》 2023 北大核心
摘要：以广西乐业县4个紫花羊耳蒜地理居群共44份样本为试材,采用特异性位点扩增片段测序(SLAF-seq)方法开发了紫花羊耳蒜SNP标记,利用开发的标记研究了紫花羊耳蒜不同地理居群间的遗传多样性及亲缘关系,以期为紫花羊耳蒜的开发利用及野生居群保护提供参考依据.结果表明:测试样本共获得152 Mb Clean Reads数据,各样本Reads数据在2098129~5169592.样本平均GC含量为35.67%,平均测序质量值Q30为94.19%.通过测序数据分析,共获得1428438个SLAF标签,标签的平均测序深度为13.12×,其中具多态性的SLAF标签有210148个.共开发得到574866个群体SNP标记,每个样本的SNP标记数目介于232156~420019,SNP标记完整度40.38%~73.06%,杂合率为2.51%~5.47%.对群体SNP过滤,共获得52450个高度一致性的有效SNP标记.使用相关软件计算遗传多样性指数,平均最小等位基因频率(MAF)为0.3146;平均观察杂合度(Ho)为0.1601;平均Nei's基因多样性指数(H)为0.4368;平均多态性信息含量(PIC)为0.3126;平均Shannon多样性信息指数(I)为0.5808,表明紫花羊耳蒜居群间遗传多样性较丰富.利用筛选获得的SNP标记构建系统发育进化树,44份紫花羊耳蒜样本资源被分为4个类群,分析发现居群的遗传多样性及聚类结果与其生长海拔高度有一定相关性.
关键词： 紫花羊耳蒜 SLAF-seq SNP标记 居群 遗传多样性
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29个兜兰属物种的表型多样性及亲缘关系研究
《植物遗传资源学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：兜兰属植物花型奇特、色彩绚丽、观赏期长，极具观赏价值和经济价值。兜兰属的分类存在较大争议。本研究对迁地保存的29个兜兰属物种的27个表型性状进行了多样性分析和相关性分析，并在此基础上分析了29个兜兰属物种的亲缘关系。结果表明，兜兰属植物表型性状多样性十分丰富。17个数量性状的遗传多样性指数（H’）变化范围为0.7834～2.0318，其中遗传多样性指数大于2.0的强变异性状是花自然长度和花自然宽度，遗传多样性指数小于1.0的弱变异性状是着花数；10个质量性状的遗传多样性指数变化范围为0.5098～1.1241，其中花瓣形态和唇瓣主色多样性指数较高，均超过了1.0，较小的是假雄蕊底部有无凹缺和花药特征。从多样性分析结果可以看出，29个兜兰属物种的表型性状种间差异较大，具有较高的多样性。17个数量性状的变异系数（CV）在18.22%～59.09%之间，其中花瓣长/花瓣宽和花葶长变异系数均超50%，说明兜兰种间表型性状的离散程度较大。相关性分析表明不同种各个表型性状关系密切且复杂。主成分分析筛选出5个特征值大于1的主成分，累计贡献率达84.176%，能够反映兜兰表型性状的绝大部分信息，且花部器官的性状和指标对表型多样性影响很大。亲缘关系分析表明，29种兜兰被分为6大类群，与前人其他分类方法结果相似，但也存在一定的差异。
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国内甘蔗种质资源表型性状的遗传多样性分析
《热带作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：对我国甘蔗种质资源表型性状进行分析,研究其遗传变异规律,为甘蔗遗传育种亲本的选择、核心种质群体的构建提供理论依据.以来自国内 8 个不同地区的 160 份甘蔗品种/亲本为材料,参照《甘蔗种质资源描述规范和数据标准》进行表型性状评价.结果表明:大部分性状表现出丰富的遗传多样性,20 个质量性状的多样性指数在 0.07~1.40之间,平均为 0.84,以芽型最大,茎形最小;5 个数量性状的变异系数(CV)在 8.74%~38.26%之间,平均为 17.69%,有效茎的变异系数最大(38.26%),株高的变异系数最小(8.74%),多样性指数(H')分布在 1.46~1.83 之间,平均为1.64,株高的多样性指数最高(1.83),有效茎的多样性指数最低(1.46);不同地区供试材料的平均变异系数为 13.56%~22.33%,来自海南的品种群体的变异系数最大(22.33%),数量性状的离散程度最大;来自福建的品种群体的变异系数最小(13.56%).以 4 个数量性状为基础的聚类分析将 160 份种质材料分为 7 类,其中,第 5 类占总资源量的 90.62%,该类群资源具有高产高糖的特性.该研究结果为甘蔗种质资源的利用、亲本选择及品种选育等提供重要参考.
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罗汉果遗传多样性与群体结构及核心种质研究
《中草药 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：目的 分析罗汉果Siraitia grosvenorii种质遗传基础,以为其资源保护、品种改良和性状遗传结构解析提供依据.方法 采用SSR荧光分子标记对325份罗汉果及其近缘物种资源进行亲缘关系鉴定,并且进一步分析罗汉果遗传多样性、群体结构和构建其核心种质.结果 优选出的15对SSR荧光引物共检测到185个等位基因(平均为12.33个),平均香农信息指数(Shannon's information index,I)为 1.67,多态性信息含量指数(polymorphism information content,PIC)≥0.54;325份种质亲缘关系聚类在遗传距离0.95附近被划分为赤瓟、翅子罗汉果和罗汉果3个亚群,其中罗汉果亚群发现大量几乎无遗传差异个体,共鉴别获得140份具遗传差异的罗汉果初级核心种质.这些初级核心种质遗传分化系数(genetic differentiation coefficient,FST)为0.140,群体间、群体内、个体内遗传变异分别占总变异的14.0%、19.0%和67.0%,野生、地方和栽培种平均遗传距离分别为0.802 1、0.576 8、0.422 0,I分别为1.798、1.092、0.603;Jaccard遗传距离聚类分析在遗传距离0.8处被划分为9个亚群,群体结构和主成分分析均被划分为4个亚群.通过10%~70%比例随机抽样法,构建了 32份核心种质,其采集地点占原始种质的94.12%,等位基因数与原始种质的符合率为96.13%,I值为1.944 9.结论 优选出的15对SSR荧光引物多态性高,能有效鉴别罗汉果及其近缘物种赤瓟、翅子罗汉果.罗汉果初级核心种质存在中等程度遗传分化,遗传变异主要来自群体与个体内部,野生种与地方种遗传多样性高,栽培种遗传多样性低,存在4个明显基因库.构建的32份核心种质能充分代表原始种质地理来源与遗传多样性.
关键词： 罗汉果 SSR荧光标记 遗传多样性 群体结构 核心种质
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基于SNP标记揭示广西糯玉米地方品种的遗传多样性与群体遗传结构
《植物遗传资源学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了挖掘优异糯玉米种质资源，提高糯玉米育种效率，本研究利用10K玉米基因芯片对207个广西糯玉米地方品种和6份参考自交系进行全基因组扫描，解析广西糯玉米地方品种之间的遗传多样性与群体遗传结构。结果表明，广西糯玉米种群总体的遗传多样性较高，平均期望杂合度（He）为0.31，平均观察杂合度（Ho）为0.23，多态信息含量（PIC）平均值为0.25，最小等位基因频率（MAF）平均值为0.23。种群水平上，桂中区域的遗传多样性水平最高（He=0.32,Ho=0.24,MAF=0.24,PIC=0.26）。群体遗传结构分析将地方品种划分为4大类群，种群间遗传关系和类群归属与地理位置不完全相关，品种间总体遗传相似系数偏低，遗传多样性丰富。分子变异方差分析结果显示99%的遗传变异来自种群内。群体间遗传分化系数（FST）为0.008，群体间分化程度较低。研究结果确定了广西不同区域糯玉米地方品种多态性及亲缘关系，为广西糯玉米种质改良和指导新品种培育提供理论依据。
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