科研产出
基于RAD-seq的西番莲系统进化分析及种间SSR标记开发
《农业生物技术学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：西番莲(Passiflora spp.)是中国南方重要的果树,其种间进化关系尚不清楚,且缺乏通用性分子标记.本研究基于酶切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术对西番莲属6个种共10份种质的系统进化、SSR位点及标记通用性进行了研究.结果表明:EcoRⅠ是西番莲基因组简化测序较为适应的酶;依据剩余读长数/读长数,以'紫果7号'(P.edulis)(P4)的部分组装序列为参考基因组,利用检测到的46451个高质量SNPs构建系统发生树,结果显示,蓝冠西番莲(P.caerulea)(P6)、红花西番莲(P.coccinea)(P7)、版纳西番莲(P.xishuangbannaensis)(P8)和大果西番莲(P.quadragularis)(P9)为一支,绿皮百香果(P.edulis)(P5)和哥伦比亚激情果(P.ligularis)(P10)为一支,金陵紫果(P.edulis)(P1)、芭乐味黄金果(P.edulis var.flavicarpa)(P2)、云南黄果原生种(P.edulis var.flavicarpa)(P3)和'紫果7号'在亲缘关系上更近;以版纳西番莲为参考基因组,利用12452个高质量SNPs构建系统发生树,云南黄果原生种、'紫果7号'、红花西番莲、版纳西番莲、大果西番莲和哥伦比亚激情果都单独为一支,金陵紫果和芭乐味黄金果聚为一支,绿皮百香果和蓝冠西番莲聚为一支;在10份西番莲种质的基因组中共鉴定到2614个SSR,其核心基序为AT、GA和AAG等2~6个碱基,重复数为4~16次,并成功开发了2515对SSR引物;利用50对SSR标记评估西番莲各种质间的标记通用率为54.22%,栽培种西番莲(P1~P5)明显高于其他5个种属(P6~P10),而中国云南野生种版纳西番莲的通用率为0,推测是由于版纳西番莲与其他种质的亲缘关系较远,基因组序列上存在着较大的差异.本研究明确了不同种西番莲间的亲缘关系,为西番莲遗传改良提供理论依据,为西番莲分子标记辅助选择育种提供实用的SSR标记.
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基于RAD-seq的荸荠SSR标记开发
《分子植物育种 》 2022 北大核心
摘要：荸荠(Eleocharis dulcis)是一种重要的特色水生蔬菜,为开发用于荸荠遗传学研究的简单重复序列(SSR)分子标记,本研究基于RAD-seq技术对荸荠进行简化基因组测序,并进行SSR标记开发与引物设计。结果显示,共检测到5 039个SSR位点,其中4 127个SSR位点可利用并成功设计引物。在可利用的SSR位点中,三碱基重复基序类型所占比例最高,数量为1 894个,占位点总数的45.89%;其次是二碱基重复基序类型,数量为1 406个,占位点总数的34.07%。随机选取了100对引物进行有效性验证,扩增成功率为93%,从扩增成功的引物中选取83对引物对两个品种进行多态性检测,83对引物共得到232条条带,其中多态性条带为128条,具有多态性的引物为60对,多态性比率为72.28%。通过RAD-seq开发的荸荠SSR标记有效性和多态性较高,为后期荸荠种质资源的高效利用、品种的遗传改良及分子育种提供了基础。
关键词： 荸荠(Eleocharis dulcis) RAD-seq SSR 分子标记
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利用荧光标记SSR构建火龙果种质资源分子身份证
《中国南方果树 》 2020 北大核心
摘要：以145份火龙果种质资源为研究对象,基于从200对EST-SSR引物中筛选出的20对核心引物,通过荧光毛细管电泳技术检测分析扩增产物片段大小,应用基因型编码方法构建火龙果种质资源的分子身份证.结果表明,20对SSR引物共检测到等位基因数(Na)117个和带型(基因型)231个,平均每个引物扩增等位基因数(Na)5.9个,扩增基因型为11.6个,平均有效等位基因数(Ne)为4.03个,平均多态性信息含量(PIC)为0.688.采用个位数字和小写英文字母对不同带型进行编码,成功构建了145份火龙果种质资源的分子身份证,实现不同种质的有效区分.
关键词： 荧光标记 毛细管电泳 火龙果 种质 SSR 分子身份证
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广西稻瘟病菌生理小种鉴定及遗传多样性分析
《西南农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确广西稻瘟病菌生理小种组成及遗传结构,为今后水稻抗病品种的选育和布局提供依据。【方法】利用我国7个稻瘟病菌鉴别品种和SSR对广西2012~2014年分离获得的稻瘟病菌单孢菌株分别进行生理小种鉴定和遗传多样性分析。【结果】2012-2014年分离获得的142株稻瘟病菌菌株分成ZA、ZB、ZC、ZD、ZE、ZF、ZG 7群24个生理小种,其中优势种群为ZB,出现频率67.61%,优势生理小种为ZB_9和ZB_(13),出现频率均为19.01%。运用UPGMA法对其中107个菌株进行遗传多样性分析,在0.88的相似水平上划分为14个遗传宗谱。其中,宗谱L01为优势宗谱,占供试菌株比例为44.86%;其次为宗谱L03、L06和L11,占供试菌株比例分别为19.63%、13.08%和10.28%。对每个遗传宗谱所包含的菌株及对应生理小种进行统计,发现稻瘟病菌遗传宗谱与生理小种之间未存在相关性。【结论】2012-2014年广西稻瘟病菌优势种群为ZB,优势生理小种为ZB9和ZB13,其遗传宗谱与生理小种之间未存在相关性。
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利用SSR标记划分广西骨干玉米自交系的杂种优势群
《玉米科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：利用SSR标记对广西骨干玉米自交系进行遗传多样性分析和杂种优势类群划分,60对标准引物在33份供试材料中共检测出233个等位基因,平均多态性信息量为0.77,自交系间平均遗传相似系数为0.49。研究结果表明,这些自交系来源广泛,且具有较好的遗传基础。按照UPGMA方法进行聚类分析,可以将33份玉米自交系分为Ⅰ和Ⅱ两个类群,Ⅰ类群可进一步划分为4个亚群。杂种优势模式可被简化为"A×B"模式,A群包括Ⅰ-Ⅰ亚群、Ⅰ-Ⅱ亚群和Ⅰ-Ⅲ亚群自交系,B群包括Ⅰ-Ⅳ亚群和第Ⅱ类群自交系。
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广西生产上主要应用的三系杂交稻不育系遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析三系杂交稻不育系的遗传多样性和亲缘关系,为广西杂交水稻不育系的创新和选育奠定基础。【方法】选取均匀分布于水稻12条染色体上的34对SSR引物,对25份广西生产上主要应用的三系杂交稻不育系进行遗传多样性分析和聚类分析。【结果】34对引物在25份不育系材料中共检测到112个等位基因,每对引物检测到的等位基因数为2~7个,平均为3.2941个;有效等位基因数为1.0832~5.8411,平均为2.3170个,Nei’s基因多样性指数为0.0768~0.8288,平均为0.4922;多态信息含量(PIC)为0.0739~0.8067,平均为0.4381,属于中度多态位点;遗传相似系数为0.5565~0.8870,平均为0.6936。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.6400处可将25份不育系材料分成两大类,桂丰A和桂19A聚为第一大类,其他23份材料聚为第二大类,且第二大类在遗传相似系数0.7200处又可以分成四个亚类。【结论】广西生产上主要应用的三系杂交稻不育系的遗传变异程度中等,遗传多样性不高,亲缘关系较近,遗传背景较单一。
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基于SSR分子标记的广西柿种质资源遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】采用SSR标记技术分析广西柿种质资源的遗传多样性,为其资源的分类、鉴定、保护和开发利用提供依据。【方法】设计48对SSR引物,对从广西不同生态气候区收集的93份柿种质资源进行PCR扩增、聚类分析和主成分分析,探讨不同种质资源的遗传多样性和亲缘关系。【结果】在48对引物中,15对SSR引物可从93份柿种质中扩增获得159条带,多态性条带比例为96.86%;各种质间的遗传相似系数在0.478~0.925,平均为0.667。聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.640处可将93份柿种质资源分为A、B、C、D 4组,其中柿栽培种、油柿和君迁子分属不同组中,野柿与柿栽培种间存在交叉现象。主成分分析结果表明,前三主成分贡献率依次为14.18%、5.25%和4.11%,累积贡献率为23.54%;主成分分析可将93份柿种质材料分为四大类,与聚类分析结果基本一致。【结论】广西柿种质资源遗传背景广、多样性较丰富,可为柿资源开发利用和新品种选育提供重要材料;SSR分子标记可作为柿种质资源分类和鉴定的可靠工具。
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SSR分子标记分析60份玉米自交系的遗传多样性
《西南农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：利用SSR分子标记技术对60个玉米自交系进行遗传多样性研究及杂种优势群划分。结果表明:42对引物标记60个玉米自交系共扩增出144个清晰的多态性条带,每对引物可产生2~7个清晰可辨的条带,平均为3.43个,遗传相似系数变幅为0.518~0.978。60个自交系可分为9个类群,分析结果与这些自交系综合性状的差异性表现基本一致。"温带种质×热带种质"是研究中杂种优势利用的主要模式。
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花生种间杂种异源多倍化早期世代性状和SSR变化研究
《中国油料作物学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：以四倍体栽培种花生仲恺花4号为母本、二倍体野生种花生Arachis chacoensis为父本,对其种间杂种F1及人工加倍获得的异源六倍体S0及自交世代(S1~S3)植株的植物学性状和花粉育性进行观察,采用SSR标记研究各世代的基因组变化情况。结果显示随着自交的进行,F1~S3植株的总分枝数、第一对侧枝长和花旗瓣宽变异系数分别达到48.48%、34.56%和13.74%,表现出明显的不稳定性;F1~S3的花粉萌发率分别为0、11.03%、10.58%、16.44%和18.53%,花粉育性随着世代的增加逐渐增强;扩增出的微卫星条带在F l开始发生变化,主要包括为亲本片段的丢失、跳跃式继承和新片段的产生,随着世代的增加表现出稳定的趋势,表明微卫星及侧翼区域变化剧烈而快速,其生物学功能可能与多倍体进化过程有关。
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