科研产出
不同耐寒甘蔗品种的SSR标记分析
《热带作物学报 》 2012 CSCD
摘要：采用197对EST-SSR引物和67对gSSR引物对35个不同耐寒甘蔗品种进行标记,并筛选出36对多态性较好的EST-SSR引物和17对gSSR引物进行遗传多样性分析。结果表明:17对gSSR引物共扩增出87条谱带,平均每对引物扩增出5.1条谱带,PIC值在0.53～0.93,平均值为0.84,引物的DP值在0.54～0.96,平均值为0.87。36对EST-SSR引物共扩增出162条谱带,平均每对引物扩增出4.5条谱带,PIC值在0.43～0.93,平均值为0.79,引物的DP值在0.44～0.96,平均值为0.81。品种间的gSSR遗传相似系数在0.413 8～0.804 6,平均值为0.625 1;品种间的EST-SSR遗传相似系数在0.5145～0.797 1,平均值为0.665 1;因此,本研究中gSSR标记的效果要好于EST-SSR。聚类分析结果表明,35份甘蔗品种可分为7个类群;然而,聚类分析结果并不能反映供试材料的地域特性。耐寒性相对较好的品种分散于5个类群中,说明聚类分析结果并不能把耐寒性好的品种聚成一类;而两三个耐寒性较差的品种能够聚在一起,说明SSR标记对耐寒性较差的品种的聚类起到较好的作用。以上结果为SSR标记在甘蔗耐寒性研究上的应用提供起到一定的参考作用。
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木薯种质资源遗传多态性SSR分子标记的研究
《中国农学通报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为了研究广西壮族自治区亚热带作物研究所从泰国、菲律宾、缅甸、印度尼西亚等国引进的25份木薯种质资源及海南省和广西壮族自治区亚热带作物研究所等选育的65份木薯品种(系)的遗传多样性,应用12对SSR引物对80个木薯种质进行PCR扩增,获得119个扩增带形,扩增产物的片段大小范围在100～300bp之间,每对引物检测等位基因4～16个,平均为10个。根据品系间的遗传相似系数,利用UPGMA法进行聚类分析,以遗传相似系数0.46为阈值,将80个木薯品系分为2类。聚类分析结果表明,引进的国外资源和所选育的种质资源丰富了中国木薯种质库,拓宽了中国木薯遗传育种的物质基础,为进一步进行木薯新品种的选育和种质资源的收集及管理提供了遗传依据。
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斑茅割手密杂种后代真实性鉴定及遗传分析
《作物学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：以斑茅GXA87-36(♀)与割手密GXS79-9(♂)杂交获得的经形态鉴别为真杂种的后代材料GXAS07-6-1(斑茅割手密杂合体)及其双亲为材料,利用体细胞染色体计数以及SSR、SRAP分子标记对杂种进行真实性鉴定,并利用SRAP分子标记对斑茅GXA87-36、割手密GXS79-9及其杂种后代遗传位点的传递进行分析。结果表明,GXA87-36体细胞染色体数为2n=60,GXS79-9体细胞染色体数为2n=64,其杂种GXAS07-6-1染色体2n=62,其杂交的染色体遗传方式为n+n;筛选出3对SSR引物和5对SRAP引物可分辨后代的真伪;利用71对SRAP引物扩增后代和双亲,检测到1095个遗传位点,多态性位点数为800;母本有279个位点,其中有79%传递给其后代;父本有439个位点,其中有73%传递给后代;用NTSYS-pc2.10e软件计算Jaccard遗传相似系数,双亲间为0.474,后代与母本、父本间分别为0.696、0.752,表明后代GXAS07-6-1偏向父本遗传。
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适于SSR-PCR的农作物基因组总DNA高通量提取方法的建立(英文)
《南方农业学报 》 2012 CSCD
摘要：【目的】建立一种新的、通用、快速的农作物基因组总DNA提取方法,为应用分子标记技术研究遗传多样性及变异提供方便。【方法】分别从甘蔗、水稻、玉米、花生和大豆5种作物中提取基因组DNA,用琼脂糖凝胶电泳对所提取的DNA质量进行检测,然后每种作物分别选取两对SSR引物进行PCR扩增,用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增结果。【结果】采用该提取方法,不同作物产生的纯DNA在100.0～160.0g/g,提取DNA的A260/A280比率在1.80～1.95。此外,电泳凝胶未出现可见的RNA污染,每个作物基因组DNA单一条带非常清晰,DNA结构完整,质量较高,适用于分子标记的研究。应用SSR分子标记进行PCR扩增,重复性、稳定性好,经琼脂糖凝胶电泳检测,条带清晰且分辨率较高。【结论】建立的DNA提取方法为直接将叶片剪碎后装入EP管中,加入提取缓冲液进行DNA提取,省去了用液氮研磨的过程。与传统的DNA分离方法相比,新建立的DNA提取方法具有高通量、简单、快速、经济效益高等优点。
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广西新收集野生大豆资源的遗传多样性分析
《大豆科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用23对SSR引物对广西新收集的200份野生大豆资源进行遗传多样性分析。结果表明:23个SSR位点共扩增出137个多态性带,每个位点等位变异数目范围为3～11个,平均为5.96个;Simpson指数分布范围为0.503～0.834,平均为0.689;Shannon-weaver指数分布范围为0.407～1.444,平均为0.683;遗传相似系数分布范围为0.266～0.969,平均为0.720,广西新收集野生大豆材料表现出丰富的遗传多样性。聚类分析结果显示,200份材料分为三大类,各地区材料之间存在着明显的遗传差异,但有些同一地区内的材料也表现出了明显的遗传分化。
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24份木薯(Manihot esculenta)种质的遗传多样性研究
《热带作物学报 》 2010 CSCD
摘要：采用产量性状和12个表型性状聚类分析以及SSR标记技术,对不同产地来源的24份木薯(Manihot esculenta)种质遗传多样性进行了研究。结果表明,依据12个表型性状在欧氏距离系数为39.353处可将供试的24个木薯种质分为3类,一些品种的表型性状与地理来源之间存在相关性;利用18对SSR引物对24份木薯种质进行多态性分析,共检测到154条带,其中多态性带145条,每一个位点上检测到5～12条,平均8.6条。材料间相似系数在0.510～0.967之间,平均相似系数为0.695。以相似系数0.78为结合点,可以将材料分为三大类。不同国家和地区来源的材料不能明显聚类,不同淀粉含量、干物质量分数的品种却聚在一起,且没有发现与淀粉含量、干物质量分数相关的特异性条带。农艺性状的聚类结果与SSR聚类的结果有很大的差异,说明木薯在长期的演化和自然选择过程中发生了显著的表型变化。
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广西和广东优质常规稻的SSR遗传多样性分析
《广西农业科学 》 2010
摘要：为探讨广西、广东近年育成的优质常规稻品种(系)的遗传多样性,以均匀分布在水稻基因组上的16对SSR多态性引物对101份优质常规稻进行遗传多样性分析。结果表明,16对引物均表现出多态性,共检测出55个多态性位点,平均等位基因Ap为3.4375,有效等位基因数Ae为2.0492,平均多态信息含量PIC为0.4760;聚类分析结果表明,不同水稻品种(系)间遗传相似系数变幅为0.6802～0.9798,说明SSR标记能够揭示不同材料间较高的遗传多样性,将101份水稻品种(系)完全区分开,为两广地区水稻品种资源的研究利用提供理论依据。
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广西邕宁普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)种群遗传多样性及核心种质构建研究
《安徽农业科学 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：[目的]研究广西邕宁普通野生稻种群的遗传多样性和核心种质构建,为普通野生稻种群保护提供依据。[方法]从水稻12条染色体上均匀选取24对SSR标记对243份样本进行遗传多样性分析。[结果]结果表明,24对引物均表现出多态性,多态位点比率为100%;24个多态位点共检测出103个等位变异,平均等位基因数A为4.291 7,平均有效等位基因数E是2.511 2,平均期望杂合度He为0.573 2,平均多态信息含量PIC为0.572 0。根据聚类结果分析,从243份材料中筛选出31份核心种质,包含了24个SSR位点检测到的所有的遗传变异,其平均期望杂合度He是0.595 8,平均多态信息含量PIC是0.586 3,基本上可以代表广西邕宁普通野生稻种群的遗传多样性。[结论]广西邕宁普通野生稻资源具有丰富的遗传多样性,建议对该地区普通野生稻种群的遗传多样性进行重点保护和利用
关键词： 邕宁 广西 普通野生稻(OryzarufipogonGriff.) SSR 遗传多样性 核心种质
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用SSR标记分析广西香稻与南亚香稻的遗传多样性
《广西植物 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：利用16对分布于水稻12条染色体上的SSR引物分析78份来自南亚的香稻资源和18份广西种植的香稻的遗传多样性。结果表明:在南亚的香稻资源中,每对引物检测到的等位基因数为3~13个,平均每个位点的等位基因数为5.31个,广西的香稻资源中,每对引物检测到等位基因数2~9个,平均每个位点的等位基因数为3.44个;南亚香稻资源平均多态信息含量(PIC)为0.55,广西香稻资源平均PIC为0.41;南亚香稻资源平均基因多样性(Hs)为0.60,广西香稻资源平均Hs为0.47;说明了南亚香稻资源比广西香稻资源具有更为丰富的遗传多样性。聚类结果表明,大部分的南亚香稻资源或大部分的广西香稻资源各自聚为一类,说明大部分南亚和广西的香稻种质资源存在遗传差异性和地理远缘性。
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