基于RAD-seq的荸荠SSR标记开发

何芳练; 董伟清; 邱祖杨; 蒋慧萍; 刘莉莉; 陈琦; 黄诗宇; 《分子植物育种 》 2022 北大核心

摘要：荸荠(Eleocharis dulcis)是一种重要的特色水生蔬菜,为开发用于荸荠遗传学研究的简单重复序列(SSR)分子标记,本研究基于RAD-seq技术对荸荠进行简化基因组测序,并进行SSR标记开发与引物设计。结果显示,共检测到5 039个SSR位点,其中4 127个SSR位点可利用并成功设计引物。在可利用的SSR位点中,三碱基重复基序类型所占比例最高,数量为1 894个,占位点总数的45.89%;其次是二碱基重复基序类型,数量为1 406个,占位点总数的34.07%。随机选取了100对引物进行有效性验证,扩增成功率为93%,从扩增成功的引物中选取83对引物对两个品种进行多态性检测,83对引物共得到232条条带,其中多态性条带为128条,具有多态性的引物为60对,多态性比率为72.28%。通过RAD-seq开发的荸荠SSR标记有效性和多态性较高,为后期荸荠种质资源的高效利用、品种的遗传改良及分子育种提供了基础。

关键词： 荸荠(Eleocharis dulcis) RAD-seq SSR 分子标记