科研产出
茶树12个酚类物质合成途径关键酶SSR分子标记的开发及应用
《农业生物技术学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：茶多酚是茶树(Camellia sinensis)的主要次级代谢产物,与茶树的新陈代谢、生长发育及品质非常密切.茶树酚类物质的合成涉及多种酶.目前针对茶树酚类合成途径特定酶开发的SSR分子标记引物及应用还较少.本研究基于茶树全基因组序列,以茶树酚类物质合成途径12个关键酶的基因及其侧翼序列开发获得了158对SSR分子标记引物,其中类黄酮3'-羟化酶开发获得的SSR引物最多,有29对,肉桂酸羟化酶最少,只有1对.所开发的158对SSR引物,位于基因间隔区的最多,依次是内含子区、上游区及外显子区,位于5′端上游非编码区的最少.这些引物总计有122个重复单元,其中二核苷酸最多,之后依次为三核苷酸、四核苷酸及五核苷酸,最少的是六核苷酸.从158对SSR引物中挑选68对进行了引物多态性筛选,将获得的13对多态性好的引物开展72份茶树种质资源遗传多样性的研究,共获得105种带型,同一样品的重复样可聚在一起,表明所筛选的引物能很好地区分种质资源,具有较好的准确性.72份茶树种质资源的遗传相似系数为0.8120~0.9849.本研究为茶树基于主要内含物酚类物质开展核心种质构建、新品种选育及品种鉴定等提供依据,同时也可为针对特定基因开发SSR分子标记提供参考方法.
关键词： 茶树 SSR标记 酚类合成酶 遗传多样性 核心种质
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木奶果种质资源的遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《南方农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]对来自广西、云南、海南和广东的63份木奶果种质资源进行遗传多样性分析,并构建对应的DNA指纹图谱,为木奶果种质资源的分类鉴定、保护和利用提供理论参考.[方法]选取3份地理位置相差较远的种质,从75条SCoT引物中筛选出条带清晰、重复性好和多态性丰富的引物,对63份供试种质进行多态性扩增,利用Popgene 1.32和NTsys 2.10e进行遗传多样性和聚类分析,并依据扩增结果构建DNA指纹图谱.[结果]筛选出的6条SCoT引物从63份木奶果种质资源中共扩增出192条带,其中多态性条带188条,多态性比率为97.86%;每条引物扩增的条带数为26~36条,平均为32条,多态性条带数为26~36条,平均每条引物可扩增出31.33条多态性条带,多态性比率为90.00%~100.00%;多态性信息含量值(PIC)为0.9052~0.9527,平均0.9319,Shannon's信息指数(I)在0.2459~0.3878,Nei's基因多样性(H')为0.1476~0.2412,等位基因数(Na)为1.9000~2.0000,有效等位基因数(Ne)为1.2324~1.3700.6条SCoT引物扩增出的多态性条带存在明显差异,单条引物可区分的种质份数为49~63份,平均为58份.供试材料间的遗传相似系数(GS)为0.5781~0.9115,平均为0.7496,在遗传相似性系数为0.7100处被分为5个组,其中A组为2份广西的种质、B组为1份广西的种质;C组为4份云南的种质;D组为海南和广东的全部种质;E组为剩余的50份种质.将进一步筛选出的5条SCoT引物(SCoT32、SCoT66、SCoT68、SCoT73和SCoT74)用于初步构建63份木奶果种质资源的DNA指纹图谱,每份种质均有唯一对应的图谱.[结论]供试的63份木奶果种质资源具有丰富的遗传多样性,种质间的亲缘关系与地域有一定的相关性.所筛选的6条SCoT引物具有较强的多态性,适用于木奶果种质资源的评价鉴定、遗传多样性分析及指纹图谱构建等研究.
关键词： 木奶果 种质资源 SCoT分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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梧州茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析
《茶叶科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：基于SSR标记对梧州六堡镇群体种和南渡镇野生大茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,并筛选出用于该种质资源鉴别的核心分子标记.研究结果如下:(1)17对SSR引物在供试材料中共扩增得到98个等位基因,每对SSR引物扩增的等位位点为3~8个,平均每个位点5.7647个等位基因;(2)从17个SSR分子标记中筛选出8个核心标记组合即可区分每份种质资源;(3)六堡镇茶树种质资源的平均等位基因数(A)、基因型数、基因多样性(H)、多态性信息含量(PIC)分别为4.6471、7.0000、0.6754、0.6283,高于南渡镇野生大茶树种质资源,与栽培种茶树群体接近;(4)聚类分析表明,六堡镇茶树群体部分种质资源单独聚为一类,部分与云南的大叶种茶树,少量与浙江、贵州地方栽培种聚为一类;而南渡镇野生茶树种质资源单独聚为一类,仅有2个六堡镇的种质材料散落其间.综上所述,梧州茶树种质资源丰富,遗传多样性较高,研究结果为进一步开发和利用该资源奠定了基础.
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基于ISSR标记分析油梨种质的遗传多样性
《农业研究与应用 》 2021
摘要：基于ISSR分子标记技术分析油梨种质遗传多样性和亲缘关系,旨在为油梨种质资源的合理利用提供科学依据。选用12条ISSR多态性引物对54份油梨种质的基因组DNA进行PCR扩增,利用Popgene 1.32、NTSYSpc 2.1软件计算遗传多样性参数、种质间的遗传相似系数以及UPGMA聚类分析。结果显示,筛选出的12条ISSR多态性引物共扩增出106条谱带,平均每条引物扩增8.08条多态性谱带,多态性位点比率PPB为91.83%,平均观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon’s信息指数（I）以及多态性信息量（PIC）分别为1.89、1.47、0.28、0.43、0.63。油梨种质间的遗传相似系数在0.66～0.91之间,在遗传相似系数0.72处,可划分为5大类群,供试种质并不完全按照地理来源进行分类。54份油梨种质有较高的遗传多样性,遗传信息丰富,ISSR标记对其多态性检测有效性高,适用于其遗传多样性分析。
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基于SSR分子标记的油梨种质遗传多样性分析
《中国南方果树 》 2021 北大核心
摘要：用23对SSR多态性引物对收集的54份油梨种质材料进行PCR扩增,利用Popgene 1.32计算遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析和主成分分析。结果表明,23对SSR引物共扩增出多态性位点119个,每对引物扩增的多态位点在2～10个之间,平均为5.17个,多态性位点百分比（PPL）为100%;多态性信息量（PIC）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon’s信息指数（I）分别为0.33、1.321 9、0.205 9、0.335 6。54份油梨种质资源的遗传相似系数在0.59～0.97之间,在0.71处可划分为4大类群,Fuerte单独归为第Ⅰ类,Hass、Bacon为第Ⅱ类,第Ⅲ类的种质包括Y1-10、Y3-1、Y6-5、Y10-1,余下47份归为第Ⅳ类,占参试材料的87.04%,主成分分析结果与聚类分析结果基本一致。
关键词： 油梨 遗传多样性 SSR标记 聚类分析 主成分分析
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基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《热带作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱。结果表明:从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得279条谱带,其中多态性条带279条,多态性比例为100%;采用GenAlEx6.5软件计算48份石斛兰的平均观测等位基因数（Na）为2.000,平均有效等位基因数（Ne）为1.202,平均Nei’s遗传多样性指数（He）为0.153,平均Shannon信息多样性指数（I）为0.274,48份石斛兰表现出丰富的遗传多样性;采用NTSYS-pc2.1软件计算得到48份石斛兰间的遗传相似系数为0.6667～0.9211,基于遗传相似系数进行UPGMA聚类,在相似系数0.75处,可将48份石斛兰划分为7个类群。利用2对引物构建的DNA指纹图谱可单独鉴别出48份石斛兰种质资源,该图谱可为石斛兰分类与鉴定提供科学依据。
关键词： 石斛兰 iPBS分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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基于SCoT分子标记的金花茶组植物种质资源遗传多样性分析
《中草药 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.10e计算种质间的遗传相似系数,用非加权平均距离法（UPGMA）进行聚类分析,构建系统发育进化树。结果从100条SCoT引物中筛选出13条引物共扩增出566条条带,其中多态性条带549条,多态性比率为97%,平均每条SCoT引物扩增的总条带数和多态性条带数分别为43.54、42.23条,多态性比率为89.74%～100.00%,平均为96.82%;27份金花茶组植物种质间的遗传相似系数为0.367～0.754。聚类分析结果显示,遗传相似系数在0.480处可将27份金花茶种质划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5组,遗传相似系数在0.511处第Ⅰ组被划分为a、b亚组,在0.517处第Ⅱ组被划分为c、d亚组,在0.508处第Ⅳ组被划分为e、f亚组。结论不同金花茶组植物种质间的遗传多样性丰富,SCoT分子标记多态性高,重复性好,可有效用于金花茶组植物种质资源遗传多样性分析,为金花茶组植物种质资源的鉴定保护、分子辅助育种和开发利用提供理论依据。
关键词： 金花茶组 种质资源 亲缘关系 遗传多样性 SCoT分子标记
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基于ISSR标记的火龙果种质资源遗传多样性分析
《热带作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为明确火龙果种质资源的遗传多样性水平和亲缘关系,以69份火龙果核心种质为研究对象,采用ISSR分子标记进行火龙果遗传分析。结果表明:13条ISSR引物共检测到247个位点,其中多态性位点数为232个,多态性条带百分比（PPB）为93.93%,平均多态性信息含量（PIC）为0.9189;平均观测等位基因数（Na）为1.9084,有效等位基因数（Ne）为1.4606,期望杂合度（He）为0.2750,Nei氏基因多样性（H）为0.2616,香农信息指数（I）为0.4190。火龙果种质资源的遗传距离为0.0707～0.6741。基于遗传距离聚类分析结果,火龙果种质资源分为6大类群,第Ⅰ类群为红皮白肉类型,包括25份种质;第Ⅱ类群有19份种质,全部为红肉或紫红肉类型,包括红皮、青皮、橘黄皮类型;第Ⅲ类群包含类型较杂,包括粉肉、双色类型和水晶系列品种;第Ⅳ大类为黄皮白肉类型;第Ⅴ类和第Ⅵ类群均仅有一个种质,单独自聚一类。研究结果为火龙果种质资源的分类、保存与利用、遗传进化等研究及杂交组合选配提供理论指导和技术支持。
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基于SNP分子标记的澳洲坚果种质遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了明确澳洲坚果品种的遗传多样性,本研究利用基因组随机扩增序列SNP多态性及甲基化多态性技术对45份澳洲坚果种质的单核苷酸多态性(SNPs)位点进行了基因分型,分析其亲缘关系与遗传多样性.结果 表明,种质测序中SNPs数量有427 736个,插入或缺失(indels)数量有26 055个,SNPs中发生转换概率与发生颠换概率的比值ts/tv为0.77,1 st ALT为0.79;单一序列中SNPs占3.5%,ts/tv为0.71,indels占3.5%.群体结构分析将45份澳洲坚果种质分为4类群,类群分别用红色、荧光绿色、蓝色和紫色表示.4个类群间基因交流密切,可根据条带颜色的比例判断类群.第1类群有2份种质,第2类群有1份种质,第3类群有4份种质,第4类群有38份种质,利用UPGMA法得到的聚类结果,同样表明45份种质分为4个类群.澳洲坚果种质资源存在很多品系,本研究结果为澳洲坚果分子标记辅助育种提供科学依据.
关键词： 澳洲坚果 遗传多样性 单核苷酸多态性(SNP)
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