科研产出
基于ISSR与SCoT分子标记的赤苍藤种质遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《分子植物育种 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了选育赤苍藤优良品种，本研究利用ISSR与SCoT分子标记技术对24份赤苍藤种质资源进行遗传多样性分析。结果表明，11条ISSR引物共扩增出91个条带，其中多态性带条73个，平均每条引物扩增多态性条带6.6个；10条SCoT引物共扩增出102个条带，其中多态性条带86个，平均每条引物扩增多态性条带8.6个。基于ISSR与SCoT标记的遗传相似系数的范围分别是0.560 4～0.857 1和0.529 4～0.882 4，说明赤苍藤种内具有较为丰富的遗传变异，其遗传多样性的表现与地理位置的相关性不显著。ISSR与SCoT标记分别在遗传相似系数0.72和0.69处可将24份赤苍藤种质聚为3类，两种分子标记的聚类结果基本相同。此外，在此研究基础上通过2条ISSR引物组合（UBC824, UBC827）和2条SCoT引物组合（SCoT-2, SCoT-27）分别构建了赤苍藤种质的DNA指纹图谱。本研究为赤苍藤种质资源的保护与利用、品种的鉴定与分类、选育与改良提供了理论依据。
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基于ISSR标记的火龙果种质资源遗传多样性分析
《热带作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为明确火龙果种质资源的遗传多样性水平和亲缘关系,以69份火龙果核心种质为研究对象,采用ISSR分子标记进行火龙果遗传分析。结果表明:13条ISSR引物共检测到247个位点,其中多态性位点数为232个,多态性条带百分比（PPB）为93.93%,平均多态性信息含量（PIC）为0.9189;平均观测等位基因数（Na）为1.9084,有效等位基因数（Ne）为1.4606,期望杂合度（He）为0.2750,Nei氏基因多样性（H）为0.2616,香农信息指数（I）为0.4190。火龙果种质资源的遗传距离为0.0707～0.6741。基于遗传距离聚类分析结果,火龙果种质资源分为6大类群,第Ⅰ类群为红皮白肉类型,包括25份种质;第Ⅱ类群有19份种质,全部为红肉或紫红肉类型,包括红皮、青皮、橘黄皮类型;第Ⅲ类群包含类型较杂,包括粉肉、双色类型和水晶系列品种;第Ⅳ大类为黄皮白肉类型;第Ⅴ类和第Ⅵ类群均仅有一个种质,单独自聚一类。研究结果为火龙果种质资源的分类、保存与利用、遗传进化等研究及杂交组合选配提供理论指导和技术支持。
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基于ISSR标记分析油梨种质的遗传多样性
《农业研究与应用 》 2021
摘要：基于ISSR分子标记技术分析油梨种质遗传多样性和亲缘关系,旨在为油梨种质资源的合理利用提供科学依据。选用12条ISSR多态性引物对54份油梨种质的基因组DNA进行PCR扩增,利用Popgene 1.32、NTSYSpc 2.1软件计算遗传多样性参数、种质间的遗传相似系数以及UPGMA聚类分析。结果显示,筛选出的12条ISSR多态性引物共扩增出106条谱带,平均每条引物扩增8.08条多态性谱带,多态性位点比率PPB为91.83%,平均观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon’s信息指数（I）以及多态性信息量（PIC）分别为1.89、1.47、0.28、0.43、0.63。油梨种质间的遗传相似系数在0.66～0.91之间,在遗传相似系数0.72处,可划分为5大类群,供试种质并不完全按照地理来源进行分类。54份油梨种质有较高的遗传多样性,遗传信息丰富,ISSR标记对其多态性检测有效性高,适用于其遗传多样性分析。
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桑毛色二孢根腐病菌遗传多样性的ISSR分析
《南方农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确来源于广西各地桑树根腐病病原菌可可毛色二孢(Lasiodiplodia theobromae Pat.)的遗传多样性特征,为桑树抗病育种提供参考依据。【方法】以从广西各桑树种植区采集、分离的44株L. theobromae菌株为材料,利用真菌基因组DNA提取试剂盒提取参试菌株的基因组DNA;从加拿大哥伦比亚大学公布的ISSR引物序列中随机选择60条引物先对8株菌株的DNA进行预扩增,选用扩增条带数量多、条带清晰的引物对所有参试菌株的DNA进行扩增,统计每条引物的扩增条带数形成0、1矩阵;利用NTSYSpc(Version 2.10e)计算不同菌株间的遗传相似系数,采用非加权组平均法构建系统发育聚类图,并进行聚类相关分析;利用PopGene(Version 1.32)分析不同地理来源和寄主来源菌株的遗传分化程度。【结果】ISSR分子标记结果显示,44株参试菌株(7个居群)的多态位点百分率在92.00%以上;7个居群的平均遗传一致度(IN)和平均遗传距离(D)分别为0.7363和0.3108;44株参试菌株的平均基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)分别为0.3263和0.4841,均高于7个居群的平均值(0.1256和0.1796);对应的遗传分化系数(Gst)、基因流值(Nm)分别为0.6142和0.3141。【结论】广西地区桑毛色二孢根腐病菌菌株具有较高的多态性,菌株间的遗传多样性高于居群,遗传多样性与菌株的地理来源有关。
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晾晒烟种质资源ISSR指纹图谱构建及遗传变异分析
《福建农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】较为准确地揭示晾晒烟种质间的遗传关系,提高晾晒烟种质资源的利用率和育种效率。【方法】利用ISSR分子标记技术对36份晾晒烟种质资源进行遗传多样性分析。【结果】从100个ISSR引物中筛选出7条多态性好的引物,扩增出113个条带,其中91条多态性条带,多态性条带比例有80.5%;ISSR标记有效等位基因数(Ne)的平均值为1.64,Nei′s基因多样性指数(H)的平均值为0.37,Shannon′s信息指数(I)值的平均值为0.55,表明ISSR标记具有较高的多态性检测效率;聚类分析结果表明36份晾晒烟种质间的遗传相似性系数(GS)为0.74～0.91,品种间遗传多样性水平较低,以0.78处作为截值可以划分为5个组;数字指纹图谱可以较为有效地将供试材料进行区分。【结论】ISSR标记适合用于构建晾晒烟的DNA指纹图谱,可以为晾晒烟的品种鉴定提供科学依据。
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广西特色蕉类种质资源遗传多样性ISSR分析
《西南农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：利用ISSR分子标记技术对广西特色蕉类种质资源的遗传多样性进行分析。结果表明,从合成的35条ISSR引物中,筛选出13条条带清晰、多态性丰富及重复性好的引物,共扩增出96条条带,其中91条为多态性条带,平均多态性百分率达到93.69%。65份特色蕉类种质资源的遗传相似系数在0.479167~1.000000之间,平均为0.804726。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.71时,可以将基因型为ABB的大蕉及粉蕉与其他基因型的蕉类种质资源进行区分;遗传相似系数在0.74时,能够把大蕉和粉蕉区分开来。而在相似系数为0.76附近,大蕉种质资源聚成3类,在0.92附近时,粉蕉种质资源可聚为4类。
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早熟马铃薯ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选
《广东农业科学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为得出马铃薯ISSR-PCR最佳的反应体系,采用正交试验设计,对r Taq DNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、d NTPs和引物进行5因素4水平筛选。结果表明,马铃薯ISSR-PCR的最佳反应体系为:总体积25μL的反应体系中含有r Taq DNA聚合酶0.5 U、Mg2+浓度为2.5 mmol/L、模板DNA用量为75 ng、d NTPs浓度为200μmol/L、引物浓度为0.8μmol/L。这些因素对PCR反应的影响大小顺序为Mg2+浓度>r Taq DNA聚合酶用量>d NTPs浓度=引物浓度>模板DNA用量。应用该最佳反应体系对39条ISSR引物进行筛选,得出15条条带清晰、条带数多、重复性好的引物。并通过退火温度梯度试验得出筛选引物的最佳退火温度。
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金福菇菌株遗传多样性的ISSR分析
《西南农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：应用ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记技术对13个不同来源的金福菇(Tricholoma lobayense Heim.)菌株进行DNA指纹图谱分析,利用筛选出的7条ISSR引物对金福菇基因组DNA进行ISSR-PCR扩增,共扩增出DNA谱带73条,其中多态性谱带72条,多态位点百分率为98.6%,金福菇各菌株间的遗传相似系数变化范围为0.3425~0.8082。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.5时,可将13个金福菇菌株划为2大类群。
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中早熟马铃薯品种(系)遗传多样性ISSR分析
《南方农业学报 》 2014 CSCD
摘要：【目的】采用ISSR分子标记研究中早熟马铃薯品种(系)的亲缘关系及遗传多样性,为南方冬作区中早熟马铃薯育种亲本选择提供参考。【方法】利用筛选的8条ISSR引物,对33份广西各地应用的马铃薯品种(系)进行遗传多样性分析。【结果】8条引物共扩增出46条条带,其中有29条呈多态性,平均多态性带比率为63.0%。33份马铃薯品种(系)的遗传相似系数在0.63045~1.00000,平均相似系数为0.80967。聚类分析结果表明,在相似系数0.79000附近,33份马铃薯品种(系)可分为四大类,第一大类有4个品种(系),分别是DE03-34-6、JL03-786、中薯19号和中薯18号;第二大类仅有中薯6号;第三大类包括龙脊1号和DE03-79-1两个品种(系);余下的26份品种(系)聚为第四大类。在分类中,部分亲缘关系较近的品种如中薯13号和中薯14号、中薯18号和中薯19号可聚为较近的一类,说明ISSR分子标记能够正确地按马铃薯的亲缘关系进行分类。【结论】供试马铃薯品种(系)间存在较丰富的遗传多样性,可根据聚类分析结果中的遗传距离选择亲本,为南方冬作区中早熟马铃薯育种亲本的选择和杂种优势利用提供参考。
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