科研产出
基于ISSR与SCoT分子标记的赤苍藤种质遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《分子植物育种 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了选育赤苍藤优良品种，本研究利用ISSR与SCoT分子标记技术对24份赤苍藤种质资源进行遗传多样性分析。结果表明，11条ISSR引物共扩增出91个条带，其中多态性带条73个，平均每条引物扩增多态性条带6.6个；10条SCoT引物共扩增出102个条带，其中多态性条带86个，平均每条引物扩增多态性条带8.6个。基于ISSR与SCoT标记的遗传相似系数的范围分别是0.560 4～0.857 1和0.529 4～0.882 4，说明赤苍藤种内具有较为丰富的遗传变异，其遗传多样性的表现与地理位置的相关性不显著。ISSR与SCoT标记分别在遗传相似系数0.72和0.69处可将24份赤苍藤种质聚为3类，两种分子标记的聚类结果基本相同。此外，在此研究基础上通过2条ISSR引物组合（UBC824, UBC827）和2条SCoT引物组合（SCoT-2, SCoT-27）分别构建了赤苍藤种质的DNA指纹图谱。本研究为赤苍藤种质资源的保护与利用、品种的鉴定与分类、选育与改良提供了理论依据。
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广西地方葛根种质资源遗传多样性的SCoT分析
《核农学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为了解广西地方葛根种质资源之间的亲缘关系,本研究以SCoT分子标记对44份广西葛根种质资源的基因组DNA进行PCR扩增,并进行遗传多样性分析。结果表明,25条SCoT引物共扩增出223个条带,其中具有多态性的条带有194条,平均每条引物获得7.76个多态性条带,多态性比例为86.99%。聚类分析表明,44份葛根种质资源的遗传相似系数在0.587～0.982之间。在系数0.65处,44份葛根分为两大类,37号材料单独成为一类;在系数为0.74处,可聚为六类。综上所述,SCoT分子标记适用于葛根种质资源遗传多样性分析,本研究结果为广西葛根种质资源鉴定评价和新品种选育奠定了一定的理论基础。
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广西产拳卷地钱DNA的SCoT-PCR引物筛选及反应体系优化
《中国药房 》 2018 北大核心
摘要：目的:通过筛选引物并优化反应条件,建立以目标起始密码子多态性(SCoT)技术进行标记的广西产拳卷地钱DNA的聚合酶链式反应(PCR)体系。方法:采用改进的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取广西产拳卷地钱药材样品DNA,以凝胶电泳法与紫外分光光度法考察样品DNA的纯度和浓度;以样品DNA为模板,对36条SCoT引物进行PCR扩增反应,并对产物进行电泳、染色、成像以筛选合适引物;以DNA浓度、Mg~(2+)浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度等5个主要因素进行5因素4水平的正交试验,对SCoT-PCR反应体系条件进行优化。结果:所提取的样品DNA条带整齐,无RNA污染、无降解、无弥散荧光,加样孔清晰;260、280 nm紫外波长处吸光度比值在1.8~2.0范围内,样品DNA纯度和浓度均适合后续试验;36条引物PCR结果显示,4号引物所得产物条带整齐、无弥散荧光且亮度最高,故以其为引物进行PCR反应;最佳SCoT-PCR反应体系为30.00μg/mL DNA、2.00mmol/L Mg~(2+)、0.20 mmol/L dNTP、0.40μmol/L引物、0.50 U/mL Taq DNA聚合酶(总反应体积20μL)。结论:筛选得到合适的样品DNA的SCoT-PCR引物并优化了反应体系,可为广西产拳卷地钱的品种鉴定、遗传多样性评价及亲缘关系分析提供技术基础。
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利用SCoT检测菜心F_2分离群体的遗传多样性
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】以菜心抗小菜蛾品种Caixin65和感小菜蛾品种Caxixin69及其杂交后代所得的54份F2∶3家系为实验材料,利用SCo T标记检测亲本及子代分离群体的遗传多样性,为新品种选育和分子标记辅助育种提供基础材料和理论基础。【方法】利用筛选的17条SCo T引物检测54份菜心F2∶3家系及2个亲本的遗传多样性。【结果】17对引物共扩增出条带161条,其中多态性条带共61条,多态性条带百分率为38.80%;平均每条引物扩增出条带9条,其中多态性条带4条。平均多态性位点百分率为45.02%,平均观察等位基因数(Na)为1.1613;平均有效等位基因数为1.3184;平均Shannon多样性指数(I)为0.2723;平均期望杂合度(He)为0.1865;平均Nei遗传距离为0.225。表明多数家系的分子遗传距离相近,F2∶3家系的遗传多样性较低,但少数家系之间已经发生了遗传多样性变化。在Nie遗传距离0.080之处,可以将56份菜心分为5类。SCo T标记没有检测出多数家系间的显著的基因组变化,少数家系呈现出Sco T多态性,表明SCo T标记可以继续用于优异家系选育。【结论】SCo T标记具有操作简单、重复性高、多态性较丰富等优点,通过SCo T检测表明大部分菜心F2∶3家系间遗传距离接近,但少数家系间已经发生了分离,将SCo T标记用于菜心F2分离群体的遗传多样性检测,结合表型筛选将有助于品种选育效率的提高。
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果蔗拔地拉及其芽变株系的SCoT、BPS和URP联合分子鉴定
《基因组学与应用生物学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：前期我们获得了果蔗拔地拉的4份自然芽变株系,本研究旨在揭示果蔗拔地拉及其自然芽变株系在DNA水平上的分子差异。综合采用基于单引物扩增反应的三种分子标记技术(SCoT,BPS和URP)的20条单引物对果蔗拔地拉及其自然芽变株系进行分子鉴定。结果表明:(1)在随机使用的20条单引物(3条SCoT标记单引物,5条BPS标记单引物和12条URP标记单引物)中,BPS9、URP6R和URP17R这三条单引物均扩增失败,未能扩增出任何条带,剩下的17条单引物总共扩增产生了89条条带,17条单引物中平均每条单引物扩增出5.24条条带;(2)3条SCoT标记单引物和5条BPS标记单引物均未能扩增产生出明显的可重复差异条带,只有URP标记单引物URP38F能扩增产生一条由亮度强弱及有/无同时存在引起的可重复差异条带,该条带大小约625 bp,该条单引物及其所产生的约625 bp大小的条带可用于果蔗拔地拉及其自然芽变株系的分子鉴定,能有效区分果蔗拔地拉及其自然芽变株系在DNA分子水平上显示出来的微小的遗传差异。
关键词： 甘蔗 果蔗拔地拉 芽变株系 分子鉴定 SCoT BPS URP 分子标记
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菜心种质资源遗传多样性的SCoT分析
《南方农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】利用SCo T标记分析菜心种质资源的遗传多样性,为其分类和利用提供理论依据。【方法】搜集熟期和株色各异的33份菜心种质资源,利用筛选的12条SCo T引物对其进行遗传多样性分析。【结果】12条引物从33份菜心共扩增出83条带,引物多态性百分率变化范围为2.63%~57.89%,平均多态性百分率为36.00%;每条引物多态性条带变化范围为4~9条,平均3.4条;扩增片段大小为500~1500 bp。观察等位基因数(Na)为1.065,有效等位基因数(Ne)为1.254,Shannon’s信息多样性指数(I)为0.217,期望杂合度(He)为0.149,平均Nei’s遗传距离为0.428。AMOVA分析发现,81%的变异来源于品种内,19%的变异来源于品种间。聚类分析结果表明,在Nei’s遗传距离0.24处可将33份菜心分成两大类,第一类包括14个早熟品种、2个中熟和1个晚熟品种;第二类包括10个中晚熟品种和6个早熟品种。【结论】SCo T标记的分类结果与熟期分类结果较一致,多数菜心品种可根据熟期和SCo T标记归类;SCo T标记具有操作简单、重复性高、多态性较丰富等优点,可用于菜心遗传多样性研究的初步批量检测。
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SCoT分子标记技术在木薯遗传多样性分析中的应用
《热带作物学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：应用SCo T标记对不同来源的28份木薯种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明:从36条引物中筛选出19条重复性好、条带清晰的引物对28份木薯材料进行PCR扩增。共扩增出171条带,其中多态性条带123条,平均每条引物扩增多态性条带6.5条,多态性条带比率为71.9%。经NTSYS-pc2.10e软件计算分析,28份木薯种质间遗传相似系数在0.631~0.930之间。利用UPGMA法进行聚类的结果显示:在系数0.68处,木薯材料分为2大类,品种BRA354单独成为一类;在系数为0.734处,28份木薯种质资源主要聚为5大类,聚类结果与材料来源有一定相关性。SCo T标记能在木薯种质间检测出一定程度的遗传多样性,可为木薯遗传育种提供新的技术支持。
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利用SCoT标记分析花生栽培种*A.chacoensis组合异源多倍化的早期基因组变化
《中国农业科学 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：[目的]研究花生属异源多倍化过程中基因组变化行为,揭示花生属多倍体进化的分子机制.[方法]采用SCoT标记对四倍体栽培种仲恺花4号和二倍体野生种A.chacoensis的种间杂种F1及早期多倍体世代(S0-S3)基因组变化时间、类型和频率进行分析.[结果]18条SCoT引物共扩增出126个位点,其中多态性位点117个,多态性比率达92.86%,在供试材料中检测出了丰富的DNA多态性;与扩增出的109条亲本条带比较,F1-S3分别丢失亲本条带28、30、10、11和10条,其中,来自父本特异性条带为16、12、7、9和9条,各自新增条带9、3、10、14和8条,说明SCoT产物早在Fl即开始发生变化,变化类型包括亲本条带的丢失、跳跃式继承和新条带的产生,在丢失的亲本条带中以父本条带为主.[结论]ATG翻译起始位点及其侧翼区域在花生种间杂交异源多倍化早期迅速发生广泛而剧烈的变化,其生物学功能可能与多倍体的进化和稳定有关;SCoT标记作为一种简单、有效和实用的新型功能型分子标记技术,可以为花生属及其它物种多倍体进化中基因组遗传变化研究提供技术支持.
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36份菠萝种质的遗传多样性SCoT分析
《西南农业学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：利用SCoT标记研究了36份菠萝种质资源的遗传多样性。从86条引物中筛选出18条重复性好,条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出209条带,其中135条具有多态性,多态性带比率为64.99%。经NTSYS软件分析,36份菠萝种质间遗传相似系数在0.63～0.93之间,说明SCoT标记能够揭示菠萝种质间较高的遗传多样性。UPGMA聚类分析显示,SCoT标记能将36份菠萝种质完全区分开,并分成五类。
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