科研产出
广西辣椒病毒的sRNA深度测序和RT-PCR鉴定
《园艺学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：采用小RNA(sRNA)深度测序技术,结合RT-PCR技术对广西9个辣椒主产区具有典型病毒病症状的病样进行检测,共发现10种病毒,其中小米椒内源RNA病毒1(Capsicum frutescens endornavirus 1,CFEV 1)、辣椒潜隐病毒 2(pepper cryptic virus 2,PCV 2)、烟草轻型绿花叶病毒(tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)和辣椒黄脉病毒(pepper vein yellows virus,PeVYV)是在广西辣椒上首次发现,且CFEV 1在中国是首次发现.10种病毒在75份辣椒病样中的总检出率为8.00%~66.67%,前5位依次为辣椒脉斑驳病毒(chilli veinal mottle virus,ChiVMV,66.67%)、甜椒脉斑驳病毒(pepper veinal mottle virus,PVMV,62.67%)、黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV,41.33%)、CFEV 1(32.0%)以及PCV 2(26.67%).ChiVMV、PVMV、CMV和CFEV 1在广西7~9个辣椒主产区广泛分布,推测为优势病毒.除桂林外,其他8个辣椒主产区均含以上4种优势病毒中的1~3种,但在桂林,这4种病毒的检出率偏低或检不出,其优势病毒种类是PMMoV和PCV2.广西辣椒病毒病复合侵染率为94.66%,3种(检出率42.67%)和4种(检出率24.00%)病毒复合侵染是主要形式.3种复合侵染中以ChiVMV+PVMV+CMV 和 ChiVMV+CFEV 1+ChiRSV 占比最高(均为 18.75%),4 种复合侵染中以 ChiVMV+PVMV+CMV+CFEV 1 占比最高(16.67%).
关键词： 辣椒 病毒病 小RNA 深度测序 RT-PCR 分子鉴定
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广西产拳卷地钱DNA的SCoT-PCR引物筛选及反应体系优化
《中国药房 》 2018 北大核心
摘要：目的:通过筛选引物并优化反应条件,建立以目标起始密码子多态性(SCoT)技术进行标记的广西产拳卷地钱DNA的聚合酶链式反应(PCR)体系。方法:采用改进的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取广西产拳卷地钱药材样品DNA,以凝胶电泳法与紫外分光光度法考察样品DNA的纯度和浓度;以样品DNA为模板,对36条SCoT引物进行PCR扩增反应,并对产物进行电泳、染色、成像以筛选合适引物;以DNA浓度、Mg~(2+)浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度等5个主要因素进行5因素4水平的正交试验,对SCoT-PCR反应体系条件进行优化。结果:所提取的样品DNA条带整齐,无RNA污染、无降解、无弥散荧光,加样孔清晰;260、280 nm紫外波长处吸光度比值在1.8~2.0范围内,样品DNA纯度和浓度均适合后续试验;36条引物PCR结果显示,4号引物所得产物条带整齐、无弥散荧光且亮度最高,故以其为引物进行PCR反应;最佳SCoT-PCR反应体系为30.00μg/mL DNA、2.00mmol/L Mg~(2+)、0.20 mmol/L dNTP、0.40μmol/L引物、0.50 U/mL Taq DNA聚合酶(总反应体积20μL)。结论:筛选得到合适的样品DNA的SCoT-PCR引物并优化了反应体系,可为广西产拳卷地钱的品种鉴定、遗传多样性评价及亲缘关系分析提供技术基础。
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广西主要蔗区甘蔗宿根矮化病调查
《南方农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】调查广西主要蔗区甘蔗宿根矮化病(Ratoon stuning disease,RSD)的发生情况,了解其分布、危害程度及发生规律,为推广甘蔗健康种苗,有效防控RSD提供科学依据。【方法】2013~2014年在广西9个糖料蔗主产区进行RSD发生情况调查和田间取样,采用PCR对采集的蔗茎样品进行RSD检测,并按不同蔗区、不同品种、不同植期、不同蔗地类型的发病率分析广西蔗区RSD发生状况。【结果】在278个样品中有198个样品检测出RSD,检出率为71.2%;调查的9个主产区均检测出RSD,阳性检出率在58.3%~100.0%;采集的27个甘蔗品种(系)均检测出RSD,其中主栽品种ROC22发病严重,RSD检出率达80.8%;新植蔗的RSD检出率为36.0%,宿根蔗的RSD检出率为75.7%,宿根年限越长,RSD检出率越高;旱地蔗的RSD发病率比水田高18.1%(绝对值)。【结论】RSD在广西普遍发生且发生严重,生产中急需推广甘蔗温水脱毒种苗和选育高抗且综合性状优良的甘蔗品种。
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新引进果蔗品种宿根矮化病菌检测
《西南农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：采用PCR和巢式PCR技术对6个新引进果蔗品种黔蔗08-1497,黔糖5号,云南红皮,广东黄皮,黔蔗08-688,黔糖3号和广东主栽果蔗品种黑皮果蔗(Badila)进行宿根矮化病菌检测,并对其中广东黄皮、云南红皮、黔糖3号及黑皮果蔗(Badila)的巢式PCR第二轮扩增产物(编号依次为Lxx-Gd-gz1、Lxx-Gd-gz2、Lxx-Gd-gz3及Lxx-Gd-gz4)进行核苷酸序列测定及分析。结果表明,PCR检测,仅黔蔗08-688甘蔗宿根矮化病菌检出率为20%(1/5),其余6个果蔗品种的宿根矮化病菌检出率均为0%;巢式PCR检测,黔蔗08-1497及黔糖5号宿根矮化病菌检出率为0%,广东黄皮检出率为75%;云南红皮、黔蔗08-688、黔糖3号及黑皮果蔗(Badila)检出率均为100%。Lxx-Gd-gz1、Lxx-Gd-gz2、Lxx-Gd-gz3及Lxx-Gd-gz4基因组相应区段核苷酸序列同源率为100%,均与巴西、澳大利亚、美国路易斯安娜州、中国云南、中国福建及广东湛江株系核苷酸序列同源率均为99%。表明该病菌遗传稳定性极高,变异极小。
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西瓜与枯萎病菌非亲和互作相关基因的分离及表达分析
《植物病理学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：从整体水平阐明西瓜对西瓜枯萎病菌1号生理小种的抗病分子机制和抗病相关基因的表达特征,以高抗枯萎病菌1号生理小种的西瓜品种"卡红(Calhoun Gray)"为试材,接种西瓜枯萎病菌和蒸馏水的根尖组织作为测验方(Tester)和驱动方(Driver),构建西瓜枯萎病菌胁迫的SSH-c DNA正向文库。利用反向Northern斑点杂交技术对文库中克隆进行杂交筛选。随机测序300个阳性克隆,序列比对分析,利用RT-PCR技术分析抗病相关基因的表达特性。259条EST成功测序,167条与已知基因具有较高的同源性,占全部ESTs的65.5%,其中与抗病和防卫相关的有64条23种,占24.7%;卡红对枯萎病菌1号生理小种的抗性相关基因主要涉及抗病信号传导、抗病防卫、转录因子、次生代谢合成和细胞保护等方面;Aquaporin和Peroxidase基因在接种后表达量均增加。Calhoun Gray对枯萎病菌侵染作出的反应是全方位多方面的,抗病相关基因主要集中在系统获得性抗性反应中,获得了一些Calhoun Gray与野生西瓜PI296341在与枯萎病生理小种1互作中差异表达的基因,为深入研究西瓜与枯萎病菌互作的分子机制以及关键基因的功能分析奠定基础。
关键词： 西瓜 枯萎病 抑制消减杂交 表达序列标签 RT-PCR
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广西蔗区甘蔗花叶病病毒种群分析
《南方农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确引起广西蔗区甘蔗花叶病的病原,为甘蔗抗花叶病育种、种质筛选及病害防控提供科学依据。【方法】从广西主要蔗区采集不同品种显症或不显症甘蔗叶片,提取RNA后采用甘蔗花叶病毒(SCMV)、高粱花叶病毒(Sr MV)、玉米矮化病毒(MDMV)和约翰逊草花叶病毒(JGMV)特异引物进行一步法RT-PCR检测,将目的片段克隆并测序;病毒CP基因序列在Gen Bank数据库中进行比对分析。【结果】在收集的48份样品中检测出Sr MV阳性33份,SCMV阳性2份,SCMV和Sr MV复合侵染1份,未检测到MDMV和JGMV。花叶病的发病率为75.0%,其中,Sr MV、SCMV及两种病毒复合侵染的发病率分别为68.8%、4.2%和2.1%。台糖系列及其他引进品种的甘蔗花叶病感病率较高,桂糖系列品种的感病率相对较低。【结论】甘蔗花叶病已在广西大部分蔗区发生,其致病原以Sr MV为主,SCMV零星发生,由SCMV和Sr MV复合侵染的甘蔗花叶病发生机率较低。广西蔗区可能存在其他种类病原病毒引起的甘蔗花叶病。
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广西及广东惠州沙糖桔黄龙病亚洲种检测初报
《中国南方果树 》 2014 北大核心
摘要：采用柑桔黄龙病亚洲种(Candidatus Liberibacter asiaticus)的16SrDNA特异引物fD1/fD2和OI1/OI2c,对采自广西沙糖桔主要产区及广东惠州的234份沙糖桔叶片样品DNA进行NestedPCR扩增,扩增产物在1%琼脂糖凝胶电泳上检测。结果表明,广西南宁、桂林、柳州、百色、崇左、梧州、来宾、防城港、东兴及广东惠州的沙糖桔部分或大部分感染了柑桔黄龙病亚洲种病原,检出率分别为35.7%、66.7%、70.0%、74.5%、54.5%、29.7%、88.9%、20.0%、33.3%、95.0%。
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柑橘黄龙病病原DNA提取方法比较
《南方农业学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：[目的]筛选出一种快速高效获取柑橘黄龙病病原DNA的提取方法,为黄龙病亚洲种病原的检测奠定基础.[方法]选取5份疑似黄龙病症状柑橘叶片样品,分别采用4种试剂盒(快捷型基因组DNA提取系统、新型植物基因组DNA提取试剂盒、植物基因组DNA提取试剂盒、快速DNA提取扩增套装)及CTAB法提取柑橘叶脉基因组DNA,并用柑橘黄龙病亚洲种的16SrDNA特异引物fD1/fD2和01I/012c进行PCR扩增,DNA提取产物及PCR扩增产物在1%琼脂糖凝胶电泳上检测.[结果]快捷型基因组DNA提取系统获得的DNA质量最好,植物基因组DNA提取试剂盒和CTAB法提取DNA方法提取得到的DNA质量较好,新型植物基因组DNA提取试剂盒所获得的DNA质量较差,快速DNA提取扩增套装所获得的DNA质量最差.除陕速DNA提取扩增套装外,其余4种DNA提取方法均扩增出黄龙病亚洲种病原.[结论]快捷型植物基因组DNA提取系统试剂盒操作简单快捷,耗时短,提取的DNA效果较好,能够满足黄龙病病原PCR检测的要求.
关键词： 柑橘 黄龙病 试剂盒 CTAB DNA提取 PCR
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复合侵染甘蔗的病原病毒RT-PCR检测
《中国农学通报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：根据甘蔗花叶病毒(sugarcane mosaic virus,SCMV)、高粱花叶病毒(sorghum mosaic virus,SrMV)和甘蔗黄叶病毒(sugarcane yellow leaf virus,SCYLV)外壳蛋白(CP)基因序列分别设计合成3对特异引物SCMV-F/R、SrMV-F/R和SCYLV-F/R,以表现花叶和黄叶复合症状的甘蔗叶片总RNA为模板,分别进行3种病毒单一RT-PCR检测,在SrMV和SCYLV特异引物RT-PCR反应体系中分别扩增到约850bp和630bp特异性片段。序列测定及同源性比对结果显示,850bp片段测序所得序列与浙江象山、临平和余杭SrMV分离物(GenBank登录号分别为AJ310194、AJ310195和AJ310198)对应序列同源性95%,630bp片段测序所得序列与广东、广西、福建SCYLV分离物(GenBank登录号分别为GU190165、GU190162、GU190159)对应序列同源性99%,表明该样品同时感染SrMV和SCYLV。在此基础上建立同时检测SrMV和SCYLV的一步双重RT-PCR体系,可检测1×10-6g病叶组织中的病毒,田间样品检测效果良好。
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广西黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)黄瓜分离物的RT-PCR检测及CP基因序列分析
《激光生物学报 》 2010 CSCD
摘要：利用黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber Green Mottle Mosaic Virus,CGMMV)的特异性引物对来自广西一温室栽培的黄瓜病样进行RT-PCR检测,结果扩增得到了与预期大小相符的目的片段(650 bp)。序列分析表明,该目的片段包含有CGMMV完整的CP基因序列、部分运动蛋白基因(MP)及3'端非编码区(3'-UTR)序列,其中CP基因全长486 bp,与已报道的CP基因序列同源性为91.2%～99.4%。经系统发育分折,明确该GX-CS分离物与日本、法国、印度等分离物属于CGMMV同一类群,并推测该分离物与广西的葫芦(GX-BG)分离物具有相同的起源关系。
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