科研产出
檀香NDH脱氢酶基因的克隆、定位与启动子分析
《广西植物 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为研究檀香NDH脱氢酶基因的功能和调控机制,该文以檀香心材为材料,利用RACE技术克隆SaNDH 6基因的全长序列,利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术分析其组织和激素处理后的表达模式,在拟南芥原生质体观测其亚细胞定位,利用PlantCARE分析SaNDH6起始密码子ATG上游2 kb的启动子序列,同时运用PlantRegMap预测可能与其结合的转录因子.结果表明:(1)SaNDH6编码303个氨基酸,为疏水蛋白,亚细胞定位于叶绿体.(2)进化树分析表明,檀香SaNDH6与木本植物NDH6进化关系较近.(3)PlantCARE分析发现,SaNDH 6启动子中除含有ACE、AE-box、Box 4、G-Box和GT1-motif等大量光响应元件外,同时还有茉莉酸甲酯(MeJA)反应元件CGTCA-motif和TGACG-motif,赤霉素(GA 3)响应元件P-box,以及防御和胁迫响应元件TC-rich repeats等.(4)PlantRegMap分析发现,有76个转录因子可能与SaNDH6启动子结合,其中ERF家族最多,达40个.(5)SaNDH 6在檀香的根、心材、叶片和愈伤组织中均有表达,其中在叶片中的表达量较高;用1*10-4mol·L-1的MeJA和GA 3分别处理檀香愈伤组织后,与处理前(0 h)相比,SaNDH 6的表达均在3 h后显著升高.综上结果表明,檀香SaNDH6为核基因编码的蛋白,受光和激素等诱导表达,SaNDH6可能参与檀香逆境胁迫反应的过程.
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橄榄叶绿体基因组密码子偏好性特征
《福建农林大学学报(自然科学版) 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：利用CodonW程序和EMBOSS在线软件对橄榄叶绿体基因组进行密码子偏好性分析,并研究其密码子偏好性形成的影响因素.结果表明,橄榄叶绿体基因组有效密码子数(ENc)、密码子GC含量(GC)和密码子第3位上的GC含量(GC3s)分别为50.36、0.385和0.305,CGT、CCT和GGT等可作为橄榄叶绿体基因的最优密码子.中性绘图分析、ENc对应分析、偏倚分析和同义密码子相对使用度对应性分析发现,橄榄叶绿体基因组密码子偏好性不是单一因素影响的结果.橄榄叶绿体基因组密码子偏好性较弱,整体上偏好使用A和T,这种偏好性可能受突变压力、自然选择和其他因素的共同作用.
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低温胁迫对不同抗寒性甘蔗品种幼苗叶绿体生理代谢的影响
《作物学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：土培桶栽抗寒品种GT28与不抗寒品种ROC22,测定正常(28℃)和低温(4℃)条件下甘蔗幼苗叶片的质膜透性、叶绿素荧光参数等相关生理指标。结果表明,低温与正常条件下相比,两品种幼苗叶片的膜透性显著增大,且ROC22增幅较大;初始荧光(Fo)、非光化学猝灭系数(NPQ)显著上升,最大光能转化效率(Fv/Fm)、反应中心激发能捕获效率(Fv'/Fm')、光化学猝灭系数(qP)、PSII实际量子效率(ΦPSII)均下降,以ROC22降幅较大;叶绿体希尔反应活力、Mg2+-ATPase、Ca2+-ATPase活性下降,叶绿体中丙二醛(MDA)含量增加,以ROC22变幅较大;超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)、谷胱甘肽还原酶(GR)活性均上升,GT28的增幅比ROC22显著。上述参数与品种抗寒性密切相关,GT28比ROC22抗寒性更强。
关键词： 甘蔗 低温胁迫 叶绿体 叶绿素荧光 ATP酶 活性氧
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低温胁迫对甘蔗叶绿体蛋白质及其相关基因表达的影响
《中国农业科学 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：【目的】从蛋白质水平和mRNA水平揭示低温胁迫对甘蔗叶绿体的影响,为探讨甘蔗抗寒机制提供参考依据。【方法】以桂糖28号(GT28,抗寒性强)和新台糖22号(ROC22,抗寒性弱)为材料,对其进行9 d、15 d和24 d不同天数的低温胁迫,以及叶绿体蛋白质电泳分析,再通过实时荧光定量PCR技术分析相关基因受低温胁迫后的表达情况。【结果】电泳分析结果表明,低温胁迫后两个甘蔗品种的蛋白质条带都随着胁迫时间的延长减弱,且ROC22的降解幅度大于桂糖28号,其中分子量为39.92 kD、32.95 kD以及22.87 kD处的蛋白条带下降较为明显。质谱分析结果发现,它们分别是ATP合酶γ亚基、放氧蛋白1和光系统II 23 kD蛋白,分别由atpC、psbO和psbP基因编码。克隆出它们的基因片段长度分别为937、996和721 bp。其中psbO基因片段是个完整的开放阅读框(ORF),GenBank登录号为JQ898540。实时荧光定量PCR分析结果表明,psbO基因和psbP基因受低温的诱导,在胁迫15 d时达到最大;而atpC基因受低温抑制。【结论】低温胁迫促进了叶绿体蛋白质的降解,且ROC22的降解幅度大于GT28。低温抑制atpC基因的表达,但却诱导了psbO基因和psbP基因的表达。
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甘蔗叶绿体DNA微卫星在禾本科中的进化分析
《基因组学与应用生物学 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为开发甘蔗属内及近缘属叶绿体微卫星,或称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记,以甘蔗叶绿体SSRs(chloroplast simple sequence repeats,cpSSRs)及其侧翼序列为参照,应用BLAST程序对18种禾本科植物进行多序列比对,分析甘蔗cpSSR在禾本科中的进化。结果表明,cpSSRs及其两侧翼区域是进化过程中发生突变的热点区域,禾本科植物cpSSRs的数量在进化过程中处于动态变化的过程,但在亚科水平上保持动态平衡;在禾本科叶绿体基因组不同结构位置中反向重复序列(inverted repeat,IR)中的cpSSRs在进化过程中稳定程度最高,小单拷贝(small single copy,SSC)中的cpSSRs稳定程度次之,大单拷贝(large single copy,LSC)中的cpSSRs稳定程度最低;编码区中cpSSRs的稳定性远远高于非编码区,非编码区为cpSSRs突变发生的主要区域;应用编码区cpSSRs信息构建系统进化树结果最为精确,在涉及亚科以上水平的进化分析时使用非编码区的cpSSRs信息可能会造成结果有误。
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甘蔗叶绿体分离及其蛋白质提取方法研究
《南方农业学报 》 2011 CSCD
摘要：【目的】探索甘蔗幼苗叶片完整叶绿体的分离纯化及其叶绿体蛋白质提取方法,为深入研究甘蔗叶绿体蛋白质组学奠定基础。【方法】以甘蔗品种ROC22幼苗叶片为材料,通过差速离心法制备粗叶绿体制品,分别利用蔗糖密度梯度离心和Percoll梯度离心进一步分离纯化完整叶绿体;提取叶绿体蛋白质,并进行电泳分析。【结果】两种密度梯度离心法均可获得纯度和完整率较高的叶绿体,但蔗糖密度梯度离心法具有分离时间较短、成本较低,分离的叶绿体完整率、纯度和含量高等特点,并且提取的叶绿体蛋白质电泳条带清晰,蛋白质数量多且较全。【结论】与Pecoll梯度离心法相比,蔗糖密度梯度离心法更适宜于在亚细胞水平上进行甘蔗蛋白质组学研究。
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