科研产出
甘蔗叶绿体DNA微卫星在禾本科中的进化分析
《基因组学与应用生物学 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为开发甘蔗属内及近缘属叶绿体微卫星,或称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记,以甘蔗叶绿体SSRs(chloroplast simple sequence repeats,cpSSRs)及其侧翼序列为参照,应用BLAST程序对18种禾本科植物进行多序列比对,分析甘蔗cpSSR在禾本科中的进化。结果表明,cpSSRs及其两侧翼区域是进化过程中发生突变的热点区域,禾本科植物cpSSRs的数量在进化过程中处于动态变化的过程,但在亚科水平上保持动态平衡;在禾本科叶绿体基因组不同结构位置中反向重复序列(inverted repeat,IR)中的cpSSRs在进化过程中稳定程度最高,小单拷贝(small single copy,SSC)中的cpSSRs稳定程度次之,大单拷贝(large single copy,LSC)中的cpSSRs稳定程度最低;编码区中cpSSRs的稳定性远远高于非编码区,非编码区为cpSSRs突变发生的主要区域;应用编码区cpSSRs信息构建系统进化树结果最为精确,在涉及亚科以上水平的进化分析时使用非编码区的cpSSRs信息可能会造成结果有误。
全文链接
请求原文
广西普通野生稻的遗传多样性及分布特征
《中国农业科学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：【目的】对广西境内普通野生稻居群遗传多样性进行研究,明确广西普通野生稻遗传多样性分布与地理特征的关系。【方法】利用36对分布于水稻12条染色体上的微卫星引物对来自广西14个区域(县级行政区域)的27个居群690份普通野生稻材料进行遗传多样性分析。【结果】所有个体平均等位基因数A=9.86,有效等位基因数Ae=5.05,总遗传多样度Ht=0.74,基因分化系数Gst=0.49,说明广西普通野生稻遗传多样性丰富,且居群内与居群间的多样性对总遗传多样性的贡献相当。通过不同区域遗传多样性检测和聚类分析,在遗传一致度为0.5处可把广西普通野生稻分为3个类群。【结论】结合广西的地形及野生稻居群的分布情况,3个类群的形成与山脉的阻隔、水系的分布以及地质结构等影响基因传播途径的特征关系密切。
中国桔小实蝇种群的微卫星多态性分析
《昆虫学报 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：为了研究桔小实蝇种群的遗传结构,本文采用微卫星分子标记技术,对中国南方9省区、越南和泰国的11个桔小实蝇地理种群共224个个体的遗传多样性水平及种群遗传结构进行了研究。用9对微卫星引物共检测到48个等位基因,平均每个微卫星位点的等位基因数为5.33个。GENEPOP分析结果表明:11个桔小实蝇种群在9个微卫星位点上的多态位点百分率平均为94.45%。种群的Nei’s基因多样性指数平均为0.4371,Shannon信息指数平均为0.7870,表明桔小实蝇种群具有非常丰富的遗传多样性。Nei’s遗传多样性分析发现,各地理种群间产生了一定程度的遗传分化,种群间平均遗传分化系数Fst=0.2370。种群间一定程度的遗传分化可能是由地理隔离和基因流障碍(Nem=0.8049)所引起。UPGMA聚类分析可知,中国的桔小实蝇地理种群可分为华南支和西南支两大分支,华南分支包括福建、台湾、广东和海南4个种群,西南分支包括四川、云南、广西、贵州和湖南5个种群。由此推测,中国桔小实蝇种群结构的形成与演变是在地理演化与经贸交流加强这两种因素的影响下不断进行的动态过程。
全文链接
请求原文
桂东南地区普通野生稻遗传多样性研究
《植物遗传资源学报 》 2005
摘要：利用25个微卫星位点对广西壮族自治区贺州、崇左、防城港3市8个居群301份普通野生稻材料的遗传多样性和遗传结构进行研究,结果表明桂东南地区普通野生稻遗传多样性丰富,平均等位基因数A=10.2400,有效等位基因数Ae=5.0221,平均期望杂合度He=0.7641,实际观察杂合度Ho=0.4840。根据固定指数(F=0.5653)计算出的异交率(t=0.2777)表明,普通野生稻的繁育系统是典型的混合繁育系统。对其遗传结构分析表明,总的遗传变异中有34.59%存在于居群间(Fst=0.3459)。进一步研究发现大多数居群偏离了Hardy-Weinberg平衡且杂合体不足(Fis=0.2680,Fit=0.4817)。最后根据各居群的遗传变异特点和遗传多样性比较,建议居群QT、YJ和TJ需要优先保护。
关键词： 普通野生稻 微卫星 遗传多样性 居群遗传结构 原生境保护
全文链接
请求原文
广西武宣濠江流域普通野生稻居群遗传多样性及保护研究
《植物遗传资源学报 》 2005
摘要：选用平均分布于水稻基因组的2 4对SSR引物,对沿河分布最长的广西武宣濠江流域的12个普通野生稻居群343份材料的遗传结构进行研究。结果表明:(1)该地普通野生稻遗传多样性丰富。2 4个位点共检测到2 0 6个等位变异,平均等位变异数A =8 70 83,有效等位变异数Ae =3 7117;(2 )该地普通野生稻居群具有较高的遗传分化和一定频率的基因流。群体遗传分化系数Gst=0 2 6 5 9,基因流Nm =0 6 90 1,表明2 6 5 9%的遗传变异存在于居群间;(3)SSR标记使普通野生稻居群中一些稀有等位变异得以显现。2 0 6个等位变异中,6 5个等位变异仅出现在1个或2个居群中,且频率较低,其中12个等位变异只出现在居群B中;(4)通过聚类分析和主坐标分析(PCO) ,下游居群A和B遗传关系较近,中游居群C比较独特,单独成为一类,中游居群D、E、F和G遗传关系较近,中游居群H、I和J及上游居群K和L遗传关系较近。根据上述分析结果,建议对濠江下游和中游具有代表性的居群(即居群B、D和H)的普通野生稻进行重点保护。
关键词： 普通野生稻 微卫星 遗传多样性 主坐标分析 原生境保护
全文链接
请求原文
SSR等位变异数对普通野生稻居群遗传结构分析的影响
《中国水稻科学 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：运用矩阵相关检测及聚类分析比较相结合的方法,在对广西玉林普通野生稻居群进行遗传结构分析中,从260至60每降低20个等位变异进行梯度取样,研究了不同SSR等位变异相似系数矩阵与总等位变异相似系数矩阵之间的相关关系。结果表明:1)当等位变异数为200时,居群内个体间的遗传关系与总变异数为277时个体间遗传关系的相关系数高达99.5%,达到极显著标准;如果将等位变异数梯度降低到10,则所有4个群体分别在等位变异数为180、190、210和200时与总变异数为277时个体间遗传关系的相关系数达到99.5%。2)当等位变异数减少到60时,其相关系数也达到95.0%的显著相关。3)所有4个群体在其相似系数达到99.5%时的聚类图与总变异数为277时的聚类图基本一致,只有个别样品在聚类图中的位置略有变化,但其相似系数为95.0%时聚类图与总变异数为277时的聚类图差异非常明显。因此,在进行普通野生稻居群遗传结构分析时,选择均匀分布于基因组的SSR引物并得到200个左右的等位变异时就能精确地获得居群内个体间的遗传关系。由于水稻SSR引物在野生稻居群遗传结构分析中的平均等位基因数约为4,所以,50对引物即能反映居群内个体间的遗传关系。
首页上一页1下一页尾页
