科研产出
四倍体野生种花生Ty3-gypsy类反转录转座子RT基因的分离及序列分析
《分子植物育种 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：本研究从四倍体野生种花生中分离了Ty3-gypsy类反转录转座子的反转录酶（RT）基因序列，分析了其序列特点和差异，为研究其转录活性和功能奠定基础。根据Ty3-gypsy类反转录转座子RT基因的保守区设计简并引物，PCR扩增四倍体野生种花生（Arachis monticola）（PI468199）的DNA，目的条带经回收、克隆和测序后，进行生物信息学分析。结果显示，目的条带大小约为430 bp，共有29条AmRT2-X基因序列被分离出，这些序列长度变化范围为397～433 bp,AT所占比例范围为55.66%～65.97%，核苷酸序列间相似性在45.1%～97.2%之间，存在较高异质性；29条AmRT2-X基因序列被聚类划分为8个家族，家族A是包含序列最多的家族；翻译成氨基酸后，有10条AmRT2-X基因序列发生了无义突变；氨基酸序列间相似性在22.3%～98.6%之间，呈现高度异质性；绝大部分AmRT2-X基因序列的保守基序一致；系统进化树显示，所有RT基因序列被分为6类，其中，Ⅰ类包含20条AmRT2-X基因序列，Ⅱ类中的4条Am RT2-X基因序列与来自拟南芥、多花黑麦草、火龙果、牡丹、果梅、枣、山桑、白皮松等物种的序列之间亲缘关系较近；通过比对花生EST数据库，发现2条具有转录活性的四倍体野生种花生Ty3-gypsy类反转录转座子。本研究为Ty3-gypsy类反转录转座子全长序列的分离及其功能的研究提供一定基础。
关键词： 花生 Ty3-gypsy类反转录转座子 反转录酶 异质性 四倍体野生种
全文链接
请求原文
四倍体野生种花生Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因的克隆与分析
《山东农业科学 》 2019
摘要：克隆与分析四倍体野生种花生的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因序列,可为研究其转录活性、功能及调控提供序列基础.使用根据保守区设计的简并引物对,利用PCR技术对四倍体野生种花生(Arachis monticola)的基因组DNA进行扩增,经回收、克隆和测序,对目的序列进行生物信息学分析.结果显示,目的条带大小约260 bp,克隆获得了32条逆转录酶序列,序列长度范围为257~269 bp,A+T所占比例范围为54.47%~68.77%,A+T与G+C比例为1.20~2.20.核苷酸序列间相似性范围为46.4%~98.9%,存在较高异质性,表现为缺失突变与点突变;氨基酸序列间相似性范围为6.3%~100%,有12条序列发生了终止密码子突变,呈现高度异质性.绝大部分序列的保守基序一致,但各序列间的保守基序也存在一定差异,呈现一定程度的异质性.32条序列系统聚类为4个家族,家族Ⅰ和家族Ⅲ分别占总序列数的31.25%和37.50%.对四倍体野生种花生与其它物种植物同一类型逆转录酶的氨基酸序列构建系统发育进化树,结果显示所有序列被分为6类,其中,Ⅰ类和Ⅱ类分别包含15条和9条四倍体野生种花生逆转录酶序列,表明四倍体野生种花生逆转录酶序列具有比较高的保守性;同时四倍体野生种花生逆转录酶序列与葡萄、拟南芥、马铃薯、野茶树、辣椒、甜菜、烟草、番茄、绿豆以及欧洲云杉等具有较近的亲缘关系,表明它们之间可能存在横向传递.本研究获得的逆转录酶序列为基于LTR逆转座子的花生属分子标记开发和应用奠定了基础.
关键词： 花生 四倍体野生种 Ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 异质性
全文链接
请求原文
首页上一页1下一页尾页
