科研产出
基于小RNA深度测序的烟草脉坏死病病原分子鉴定及其全基因组序列分析
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]明确引起广西河池市南丹县烟草呈现斑驳花叶、叶脉坏死等症状的病毒病原,为烟草病毒病的综合防治提供理论依据.[方法]2022年5月,从河池市南丹县采集5份表现叶脉坏死、花叶等症状的烟草叶片样品,采用小RNA深度测序技术、反转录PCR(RT-PCR)、摩擦接种、分段克隆、系统进化及重组分析等方法对样品进行鉴定及遗传进化分析.[结果]小RNA深度测序获得与GenBank数据库中马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)不同分离物具有较高核苷酸相似性(99.00%~100.00%)的5条序列,将5条序列拼接后获得1条全长为9708 nt的全基因组序列;通过鉴别寄主苋色藜(Chenopodium amaranticolor)单斑分离的方法获得单一病毒,利用该分离纯化后的病毒单斑接种普通烟K326和本氏烟,其中K326的新叶产生坏死症状,而本氏烟的新叶呈不规则深绿色病斑症状;分别提取K326和本氏烟的叶片样品总RNA,通过RT-PCR检测、分段克隆的方法获得病毒分离物的全基因组序列,结果显示2个烟草品种中的病毒序列与小RNA深度测序获得的序列相似性达99.90%;将序列在GenBank中进行BLAST分析发现,研究获得的序列与已登录GenBank的PVY各分离物具有较高的核苷酸相似性,其中与我国黑龙江省马铃薯分离物PVY HLJ26(MF134425)的核苷酸相似性最高,为99.01%,表明研究获得的病毒序列为PVY分离物,命名为PVY-GXnd1(OP131591).重组分析发现,PVY-GXnd1是由PVYO-139(U09509.1)、PVYN-Mont(AY884983.1)和PVYN-605(X97895.1)重组而来的新PVY分离物,重组主要发生在3个区域,分别是1~498、2415~5816和8555~9373 nt,覆盖PVY的P1、P3、6K1、CI、6K2、Vpg、Nib和CP蛋白编码区,包含了PVYN-Wi和PVYNTN株系的2种不同重组结构特征,表明PVY-GXnd1株系更接近PVYNTN-NW株系;基于PVY编码区构建的系统发育进化树分析表明,PVY-GXnd1与我国黑龙江省分离物PVY HLJ26处于同一小分支,具有较近的亲缘关系,而该分离物归属于PVYNTN-NW(SYR-II)株系,与重组分析结果一致.[结论]侵染广西河池市南丹县烟草引起叶脉坏死症状的病毒PVY-GXnd1为一株PVYNTN-NW(SYR-II型)重组株系.
关键词： 烟草 小RNA深度测序 马铃薯Y病毒 重组 叶脉坏死 广西
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广西番茄花叶病毒和番茄褪绿病毒的分子鉴定
《中国农学通报 》 2023 CSCD
摘要：为明确引起广西番茄呈现褪绿斑驳和花叶症状的病毒病原，采集4个疑似病毒感染的番茄样品，利用小RNA深度测序、RT-PCR、序列分析、遗传进化树的构建等方法对样品进行鉴定及遗传进化分析。研究结果发现，小RNA数据中的41条contigs分别被注释为番茄花叶病毒（tomato mosaic virus,ToMV）和番茄褪绿病毒（tomato chlorosis virus,ToCV）;RT-PCR证实了s RNA的结果，且所有样品均存在ToMV和To CV的复合侵染。通过拼接获得ToMV和ToCV RNA2的近全基因序列，ToMV近全基因序列为6383 bp，命名为ToMV-GX;ToCV RNA2的近全基因序列为8031 bp，命名为ToCV-GX。进化树分析发现，本研究获得的ToMV-GX与ToMV中国山西、内蒙古、呼和浩特3个分离物处于一个分支，说明其具有较近的亲缘关系；ToCV-GX与ToCV中国台湾、广东分离物处于一个大分支，说明具有较近的亲缘关系。上述结果证实，引起广西番茄呈现褪绿斑驳和花叶症状的病原是To MV和ToCV，本研究是ToMV和ToCV复合侵染广西番茄的首次报道。
关键词： 番茄花叶病毒 番茄褪绿病毒 广西 小RNA深度测序 遗传进化分析
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