科研产出
脆蜜金柑果肉转录组SSR分布及其序列特征分析
《南方农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析脆蜜金柑果肉转录组中简单重复序列（SSR）的分布情况及序列特征，为金柑属的遗传多样性分析、SSR分子标记开发及分子辅助育种等提供参考依据。【方法】以脆蜜金柑为试验材料，通过DNBSEQ-G99高通量测序平台对其果肉组织进行转录组测序，高质量测序数据经严格过滤、拼接及组装后，使用MISA对转录组测序得到的Unigenes进行SSR位点检索，并分析其分布情况及序列特征。【结果】脆蜜金柑果肉转录组测序数据经质控及组装后共获得32257条Unigenes,Unigenes总长度为63342722 bp；经MISA搜索，鉴定出22447个SSR位点，分布在11119条Unigenes上，SSR发生频率为34.47%，平均分布距离为2.82 kb。在22447个SSR位点中，以单核苷酸重复类型数量最多（14002个），占62.38%；其次是二核苷酸重复类型（3949个）和三核苷酸重复类型（3980个），分别占17.59%和17.73%。从22447个SSR位点共搜索出116种重复基元种类，且以A/T、AG/CT和AT/AT这3种重复基元的数量占绝对优势（合计占73.99%）;A/T是单核苷酸重复基元中的绝对优势基元，占59.41%;AG/CT是二核苷酸重复基元中的优势基元，占8.87%;AAT/ATT是三核苷酸重复基元中的优势基元，占4.55%。SSR重复基元出现频次从5次到44次均有分布，以出现频次大于10次的SSR重复基元数量最多（10395个，占46.31%），其次是出现频次为10次的SSR重复基元（4997个，占22.26%）。脆蜜金柑果肉转录组SSR位点的平均基序长度为29.63bp，以基序长度在12～20bp的SSR位点数量最多（12692个，占56.54%），呈中度多态性。采用Primer3设计SSR引物，共有17118个SSR位点可设计出引物，成功率为76.26%。【结论】脆蜜金柑果肉转录组SSR位点数量庞大，基元类型丰富，呈中度以上多态性，可用于开发SSR分子标记，为金柑及其他柑橘属植物的遗传图谱绘制、病害抗病分析及种质资源鉴定等研究提供技术支撑。
关键词： 脆蜜金柑 转录组 简单重复序列(SSR) 序列特征 重复基元
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保罗蓝睡莲花器官转录组SSR的分布及其序列特征分析
《福建农业学报 》 2024 CSCD
摘要：【目的】通过解析保罗蓝睡莲花转录组数据的SSR位点特征信息，开发新的与表型相关的SSR标记，为睡莲种质资源评价、新品种选育提供科学依据。【方法】以热带睡莲保罗蓝不同花器官部位（雌蕊、雄蕊、花瓣）的转录组数据为背景材料，用MISA软件检索序列的SSR位点，采用Excel对位点特征进行分析作图，Primer 3.0软件设计引物，TP-M13-SSR PCR筛选引物。【结果】在花器官转录组的39 079条Unigenes中共检测到12 365个SSR位点，位点发生频率为31.64%，平均每5.79 kb出现1个SSR位点。SSR位点的重复类型主要为二核苷酸重复碱基，占SSR位点总数的71.85%，优势重复类型为AG/CT，占碱基总数的61.34%；其次为三核苷酸重复碱基，为26.10%，优势重复类型是AAG/CTT，占比8.30%。SSR碱基重复次数在5～20次，序列长度为12～30 bp，平均长度18.38 bp。引物设计获得9 212对引物，从中随机挑选100对进行PCR扩增验证，筛选出9对多态性好的引物，可将12份睡莲种质在遗传相似系数为0.735时聚为3支。【结论】热带睡莲保罗蓝花器官转录组中的SSR位点分布频率高、类型丰富，多态性较高，具较大的应用潜力。开发的9对SSR引物可将12份种质有效分开，进一步丰富了睡莲现有SSR标记，可为睡莲属植物的遗传多样性分析和分子辅助育种提供科学参考。
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