科研产出
澳洲坚果bHLH基因家族成员MibHLH48的结构与功能分析
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：bHLH （Basic/helix-loop-helix）转录因子具有螺旋-环-螺旋结构,在植物中参与调控植物体生长发育、信号传导和抗逆生理等过程。澳洲坚果含有丰富的具有药用和保健价值的营养物质,但其产量和品质问题影响了澳洲坚果产业在中国的发展。为分析bHLH家族成员在澳洲坚果产量形成中的结构与功能,本研究采用电子克隆技术对MibHLH48进行组装拼接,并利用生物信息学方法对其结构进行分析预测。结果表明,MibHLH48 cDNA全长为1 838 bp,开放阅读框的长度为669 bp,共编码222个氨基酸;MibHLH48蛋白存在bHLH结构域,定位于细胞核、无信号肽、无跨膜结构的稳定亲水的bHLH家族蛋白。同源分析表明MibHLH48与荷花NnbHLH48氨基酸序列同源性最高。系统进化分析将MibHLH48与拟南芥AT3G-57800.1 （bHLH060）、AT2G42300.1 （bHLH048）聚为一枝。利用转录组数据分析MibHLH48基因在‘桂热一号’和‘695’澳洲坚果品种枝条、花和叶片中的表达模式表明,MibHLH48在‘桂热一号’品种花中的表达量最高,‘695’品种花中的表达量最低。推测MibHLH48与澳洲坚果产量形成相关。研究结果为研究MibHLH48基因在澳洲坚果中花发育的机理和产量形成机制的作用打下基础。
关键词： 澳洲坚果 MibHLH48 电子克隆 生物信息学 产量
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普通烟草NtODB基因的电子克隆、表达及生物信息学分析
《生物工程学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：ODB基因在植物同源重组依赖性的DNA双键断裂修复过程中起重要作用,对植物诱变育种具有潜在的应用价值。克隆烟草NtODB基因并分析其表达特征为丰富ODB基因在同源重组DNA修复过程中的作用提供证据。为得到烟草NtODB基因序列,采用电子克隆技术获得该基因cDNA序列并克隆验证。进一步使用生物信息学方法分析该基因表达特征,对预测蛋白的理化性质、信号肽、高级结构等进行预测。生物信息学分析结果表明,NtODB基因开放阅读框包含579个碱基,蛋白含192个氨基酸残基,NtODB蛋白具有碱性和亲水性,主要定位于细胞质内;实时荧光定量PCR检测结果显示NtODB基因在不同组织中呈现组成型表达特征;亚细胞定位检测提示NtODB主要表达于细胞膜和叶绿体。NtODB基因的克隆与表达分析及其蛋白高级结构和理化性质的预测,可为进一步丰富ODB基因在同源重组依赖的DNA修复系统中的作用机制提供证据。
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陆地棉MS5同源基因的电子克隆及序列分析
《江苏农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：高等植物MS5基因的异常表达可导致雄性不育的发生。本研究利用EST数据库,在陆地棉隐性雄性不育系洞A中通过电子克隆获得1个棉花MS5同源基因,命名为GhMS5。采用RT-PCR方法验证GhMS5基因的cDNA序列,并利用在线分析平台和生物软件对该基因进行生物信息学分析。结果显示,RT-PCR验证编码区序列与电子克隆序列一致;获得的GhMS5基因cDNA长1 631 bp,包含一个长1 437 bp的完整开放阅读框,编码478个氨基酸;其分子量为53 240,等电点为9.25;GhMS5蛋白质具有典型的TPR保守结构域;此蛋白质不存在信号肽及跨膜结构,可能定位于叶绿体,二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主。表明电子克隆能用于棉花基因的分离。
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