基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根真菌分子鉴定方法比较

农颖杰; 卢昱帆; 许诗萍; 高日芳; 宋娟; 张金莲; 韦翔华; 陈廷速; 《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD

摘要：【目的】比较基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根（AM）真菌分子鉴定方法，为提高AM真菌在种水平分子鉴定的准确性提供参考。【方法】对从柑橘和甘蔗等广西地区主要作物的根际土壤中分离出的AM真菌菌株（编号为A6、B3和GY3-1）进行形态学鉴定，再通过巢式PCR分别扩增AM真菌的18SrDNA、28Sr DNA及含ITS1、5.8SrDNA和ITS2的序列（简写为ITS1+5.8S+ITS2），分别将其测序结果与GenBank数据库进行比对，并构建系统发育进化树，再结合形态学鉴定结果比较基于3个r DNA序列分析分子鉴定方法的准确性。【结果】菌株A6、B3和GY3-1的形态特征分别与幼套近明球囊霉（Claroideoglomus etunicatum）、黏质隔球囊霉（Septoglomus viscosum）和摩西斗管囊霉（Funneliformismosseae）一致。基于18SrDNA序列，将菌株A6鉴定为近明球囊霉属（Claroideoglomus），菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉（F. moessae），菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉（S. viscosum）。基于28S rDNA序列，将菌株A6鉴定为幼套近明球囊霉（C. etunicatum），菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉（S. viscosum），菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉（F. moessae）。基于ITS1+5.8S+ITS2序列，将菌株A6鉴定为幼套近明球囊霉（C. etunicatum），菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉（S. viscosum），菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉（F.moessae）。而综合3种分子鉴定结果，菌株A6、B3和GY3-1分别鉴定为幼套近明球囊霉（C. etunicatum）、黏质隔球囊霉（S. viscosum）和摩西斗管囊霉（F. mosseae）。【结论】3种方式均可用于AM真菌的在种水平上的分子鉴定，以18S rDNA与28S rDNA为主的鉴定方法相对简单且快速，更适用于对AM真菌在属水平的鉴定；以ITS1+5.8S+ITS2为主的鉴定方法步骤较繁琐，但鉴定至种水平的准确性较高。3种方法的分析结果在一定程度上可互相补充，加强对AM真菌分子鉴定结果的准确性。

关键词： 丛枝菌根真菌 rDNA 系统发育进行树 分子鉴定