紫花羊耳蒜SNP标记开发及居群遗传多样性分析

崔学强; 邓杰玲; 黄昌艳; 张自斌; 《北方园艺 》 2023 北大核心

摘要：以广西乐业县4个紫花羊耳蒜地理居群共44份样本为试材,采用特异性位点扩增片段测序(SLAF-seq)方法开发了紫花羊耳蒜SNP标记,利用开发的标记研究了紫花羊耳蒜不同地理居群间的遗传多样性及亲缘关系,以期为紫花羊耳蒜的开发利用及野生居群保护提供参考依据.结果表明:测试样本共获得152 Mb Clean Reads数据,各样本Reads数据在2098129~5169592.样本平均GC含量为35.67%,平均测序质量值Q30为94.19%.通过测序数据分析,共获得1428438个SLAF标签,标签的平均测序深度为13.12×,其中具多态性的SLAF标签有210148个.共开发得到574866个群体SNP标记,每个样本的SNP标记数目介于232156~420019,SNP标记完整度40.38%~73.06%,杂合率为2.51%~5.47%.对群体SNP过滤,共获得52450个高度一致性的有效SNP标记.使用相关软件计算遗传多样性指数,平均最小等位基因频率(MAF)为0.3146;平均观察杂合度(Ho)为0.1601;平均Nei's基因多样性指数(H)为0.4368;平均多态性信息含量(PIC)为0.3126;平均Shannon多样性信息指数(I)为0.5808,表明紫花羊耳蒜居群间遗传多样性较丰富.利用筛选获得的SNP标记构建系统发育进化树,44份紫花羊耳蒜样本资源被分为4个类群,分析发现居群的遗传多样性及聚类结果与其生长海拔高度有一定相关性.

关键词： 紫花羊耳蒜 SLAF-seq SNP标记 居群 遗传多样性