科研产出
芋全长转录组测序分析及淀粉生物合成相关基因挖掘
《西南农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]获取芋(Colocasia esculenta)全长转录本序列和结构信息,并挖掘淀粉生物合成相关基因和转录本的结构信息,为后续阐明芋淀粉生物合成的分子机制及深入利用芋基因资源提供科学依据.[方法]以荔浦芋1号为试材,采集其3月龄植株的不同组织(叶片、叶柄、球茎、匍匐茎和根)开展混合样三代全长转录组测序,对获得的转录本进行功能注释,通过生物信息学方法分析转录本可变剪接(AS)、可变多聚腺苷酸化(APA)、长链非编码RNA(lncRNA)、转录因子(TF)和简单重复序列(SSR)等的结构信息,通过京都基因和基因组百科全书(KEGG)注释获得芋淀粉生物合成相关的基因和转录本,并对其进行AS和APA分析.[结果]通过对芋叶片、叶柄、球茎、匍匐茎和根混合样开展三代全长转录组测序,共获得全长转录本序列38 043条;通过与参考基因组进行比对,鉴定出新转录本31 058条,其中28 785条获得功能注释;通过对转录本结构分析,共鉴定出9360个AS事件、6436个基因存在poly(A)位点、25 081个SSR位点、304个lncRNA、1911个融合转录本和1608个TF.通过KEGG注释获得芋淀粉生物合成相关基因14个和转录本60条;对获得的转录本进行AS和APA分析发现,6个基因发生了 AS事件,包括内含子保留(IR)、5'端可变剪接(A5SS)、3'端可变剪接(A3SS)、外显子跳跃(ES)和互斥可变外显子(MEE)5种类型,有10个基因存在poly(A)位点,其中7个基因存在2个及2个以上poly(A)位点.[结论]通过三代全长转录组测序分析获得芋全长转录本序列和结构信息,挖掘到芋淀粉生物合成相关基因14个,转录本60条,可作为后续阐明芋淀粉生物合成分子机制及深入利用芋基因资源的科学依据.
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铁皮石斛原球茎多糖DCPP3c-1的分离纯化及结构初步分析
《分析测试学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：铁皮石斛原球茎粗多糖(DCPP)经阴离子交换纤维素柱(DEAE-52)和凝胶柱(Sephadex G-200)依次层析,分离纯化得灰色多糖DCPP3 c-1。其纯度经比旋光度法、柱层析、紫外扫描检测,组分和结构经薄层层析、高效液相色谱、红外光谱及高碘酸钠氧化等试验分析。结果显示DCPP3 c-1为均一组分,相对分子质量为72.4 ku,由甘露糖、鼠李糖、半乳糖醛酸、葡萄糖、半乳糖和阿拉伯糖组成,其分子物质的量之比为1.120 4∶1∶1.046∶23.354∶3.828∶1.046,分子中1→6残基占14%,1→2或1→4残基占40.7%,1→3键占45.3%。红外光谱显示其具有多糖特征吸收峰,并存在α-吡喃糖苷键。DCPP3 c-1是首次从液体悬浮培养的原球茎中分离得到的新型酸性杂多糖组分。
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