DNA条形码(ITS2)在葫芦科鉴定中应用价值的评估

刘镛; 姚辉; 陈振东; 吴耀生; 徐鹏; 蒋东; 《植物科学学报 》 2012 北大核心 CSCD

摘要：探讨在纳入分析数据时,数据信息的选择对ITS2序列作为DNA条形码在葫芦科植物中鉴定能力的影响。首先,建立由葫芦科植物ITS2序列组成的3个资料组,其中Dataset1为实验样本,Dataset2由实验样本及Gen-Bank数据库样本组合,Dataset3为从Dataset2中去除部分序列后所得。通过比较3个资料组的种间、种内的变异、Barcoding Gap及鉴定成功率,评估纳入分析的数据选择差异对ITS2鉴定能力的影响。结果显示ITS2序列在3个资料组属水平上的鉴定成功率均达到100%;种水平上,用BLAST1法鉴定成功率分别为100%、67.8%、90.6%,Nearest Distance法鉴定成功率分别为100%、52.5%、66.5%。可见纳入分析的数据选择有差异时,会导致鉴定成功率的较大变化。3个资料组中,ITS2分析仅有Dataset2的Barcoding Gap不够显著。因此对于DNA条形码分析中的数据纳入标准,值得进一步研究。

关键词： 葫芦科 ITS2 鉴定 应用价值 纳入标准