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DNA条形码(ITS2)在葫芦科鉴定中应用价值的评估

文献类型： 中文期刊

作者： 刘镛 1 ; 姚辉 2 ; 陈振东 3 ; 吴耀生 1 ; 徐鹏 1 ; 蒋东 1 ;

作者机构： 1.广西医科大学生物化学与分子生物学教研室

2.中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所

3.广西农业科学院蔬菜研究所

关键词： 葫芦科;ITS2;鉴定;应用价值;纳入标准

期刊名称： 植物科学学报

ISSN： 2095-0837

年卷期： 2012 年 30 卷 06 期

页码： 631-638

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 探讨在纳入分析数据时,数据信息的选择对ITS2序列作为DNA条形码在葫芦科植物中鉴定能力的影响。首先,建立由葫芦科植物ITS2序列组成的3个资料组,其中Dataset1为实验样本,Dataset2由实验样本及Gen-Bank数据库样本组合,Dataset3为从Dataset2中去除部分序列后所得。通过比较3个资料组的种间、种内的变异、Barcoding Gap及鉴定成功率,评估纳入分析的数据选择差异对ITS2鉴定能力的影响。结果显示ITS2序列在3个资料组属水平上的鉴定成功率均达到100%;种水平上,用BLAST1法鉴定成功率分别为100%、67.8%、90.6%,Nearest Distance法鉴定成功率分别为100%、52.5%、66.5%。可见纳入分析的数据选择有差异时,会导致鉴定成功率的较大变化。3个资料组中,ITS2分析仅有Dataset2的Barcoding Gap不够显著。因此对于DNA条形码分析中的数据纳入标准,值得进一步研究。

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